mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGCATGTGTGTGTGTGT TATACATATGTATGCACTAGAG GTGCAAATGTTTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTTTAATTTCCTAAAATTAAATTATACATATGTATGCACTAGAGTTAT CAAATAAATGTCTTTTTTTGTTATTGTTTTTTTTTTTCTTTATTATTTGTTTCTGTCTTCTATTTTCGTATTTTGTGCCAGTAATTTTTCAATCAACATTTATTAATTTATTGTCTCTCTCTCTCTCTCTTTAAAAGTTAAACAACATAAATAAATTTTAATTTTAAAATACACTCTCTTTTTCTCTACGTGTGCGTTTCAACAGAAAAAAAGAATTCGCATTGAGTGCAAATGTTTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTTTAATTTCCTAAAATTAAATTATACATATGTATGCACTAGAGTTATATCATTTTAGTCTTATAGATAATAATTAAATTGTACGCAATGATTTCAATTTACATTCCTTTAAGGATTTTGCGGAAACGATCCAAAACAATGTTGGCATGTTTTTCGGTAAAGATGAAAGCTGGTCTGAAACGTATAGACAAATCACCGCAGCCACCAGTTTGTAGACCATGCAATTTGAATTTATTGATAATGTCGTCACGAGTTTGGGAGTTCTTGCAGTTGAAAGCTAAGTAGGTACCACGACCTCTGGTTGAGTTGATAATGGTGGGGAATTCCTTTTCTAATTCCAAAAGGCCAGATTTTAAAACCTTGCCGGATCTTTTCACTTGATCCAATAGGTTTTCTTGCTTGATGGTCTTAAGGACTTGTTCGAGCATGATAATTTTTTGCGGGTTACCCATCCAGGTGTTGAAAATACAATAGGCTTCTTTGGGTCGGAAACTGGTATTGTGGAAATACTCACCCGATGCATTTTCTTCTGAAGGTAACAACATCTGGAGGAGATTCAAATTTGAGTGTTCGTGGCACCACTTTTTACCTTACCACCCCACCTGTTGTACTTATCATAACAAGCCTGCCGTTGCTTTCAATGCGTGTGTCTTGAATAATTCTGGGGAGCTCCTTTGTCCCCCCCACTTGAATGGTCAACTTTAACCAACAAAGGATATCTTTTTGGGATTTTTAACAATTCTT 2 1 5' arm Cochliomyia_hominivorax mirnest 100 100 -21.3 ((....)).(((..(((((((((((((((((((((((((....)))))))).)))))))))))))))))..))).... (-21.3)