mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTGGTTTTCGTTTCTTA AGACAACGGGGGCTCTTAAAACC TATTAAAATATGAGACAACGGGGGCTCTTAAAACCTGTTCTTTATATTCTTTGTGATTTTCGTAGCTTTTTTTGACTTTGGGTTCTTTGGGTTTATTGATTTTCGTAGCTTTTTTTGACTTTGGGTTTGTTGGTTTTCGTTTCTTAAATTTAAAA AGTTTAAATAAGTAGGCTAATTTTGTTATTTATTGTTGGTTTTTTTGTGGTTTTATATATTTCGGGAGAAGGTGTGTTTTTATTTAGGTTGAAATTAGTGTTTATTGACTTTAAAATAGGCATTTTTTTCTTCTCGAATAATTGTCCACTTTCTCTCGAGAAAAAATACTTTGAATGTGTTATCATTGGGGTACCTATTTTTCCTTATTAAAAGTTACAACTTTTCCGCAGAAAAATATTTGTGTTTTTTGGACATTTTTTTTGGGTTTTTTTGTGTTTAAAAAGTTGTTTTTATCCTTCTTTTATTTTATTCTTATGATTCTTAAAAATAAATAAAAAATACTTGAAAATTCTTATTAAAATATGAGACAACGGGGGCTCTTAAAACCTGTTCTTTATATTCTTTGTGATTTTCGTAGCTTTTTTTGACTTTGGGTTCTTTGGGTTTATTGATTTTCGTAGCTTTTTTTGACTTTGGGTTTGTTGGTTTTCGTTTCTTAAATTTAAAATCTTATCGATAAAGAAGAAAGAGAAAGGCTGTCGCCTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTGGTGTTTTGGTTTTATTTTGATAGTTTTAGTTTCTTGTTTATATTTTGGAGTGTTTTTCTTATGGGTGTAGGGCTTAGAAGCCATAAACCTTGTTTTTTTAATCTGTTGTTTGTTTATTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGCGA 3 2 3' arm Schmidtea_mediterranea mirnest 100 100 -26.9 ..((.((((.(((((.((((((((((....(((((((.((........((.((.((...(((.(((((.....((((...))))....)))))...))).)).)).))........))...)))))))...))))))))))))))).)))).)). (-26.9)