| mature miRNA: TACTCCCTCCGTCCCTAAATA species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|7559713|gb|AW684977.1|AW684977 NF023H02NR1F1000 Nodulated root Medicago truncatula cDNA clone NF023H02NR 5', mRNA sequence TACTCCCTCCGTCCCTAAATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTCAATCGTGCTCATAACCATTAGAGTGTAGTGTCTTATCTATAATTACACATCTAATTCACGCCAACTTTCGACCAAGTTAGCAACCAACTTTCAAAAAATTGGTCAACAAAAGTTAATGTATTTAGTTCAAAAATTGTATCAAATACATCAATTTATGTTAACTAATTTTTGCTTATATATTGGGACGGAGGAAGTATATAACAACCCTTTCCCATAACTTAATTAAGTGTGGAACAAANATTTTAGTTTCTATTTCTAGTTAACGATGAAGCACATAAAGAGCCGTGATTCCATCCACATCATCTTGGTTTAAATTTCTCCTTACACCTGCCCAATAGGGATACATAGCTGAATTTTGGTCAGTACTGTGTGCAAGCCCTAAAAGGTGACCCATTTCATGCAAAGCCACAGTTTCCAAATCAAATNGTTTTGTCNTAGCCGTTGGTCTTTGGAAGGGATTANATTCCTTCCCCCAACAATCCAGCATGAANACCAAANTTATCCTCAAAACTTGNGGGATTGTTGGTCCAGTTTTCNTCTCCATCAAAGTGGAGTCTT | |||||||||
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gi|157984300|gb|EX532572.1|EX532572 MTGland_B038_2007-06-05/MTGlandB038_F05_019_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TACTCCCTCCGTCCCTAAATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTACGGCCGGGCCCTCCGTCCCTAATTATAAGACCCTTTTGAGAATTTTTTTTGTCCCTTTTTATAAGACCCCTTTGTTATTTCCAACTACATTAATTATTTCTTTACATACATGCCCCTATTTATTATACATCTTTTTCTTCAATCAACAATAAATATCATGTTGAAAAAATAAACTAACCTTCTTTCTTAAAGGATAAAATTGTTAAAACAATAGTGATTACAAACAACTTTAATACAAATATTCACTATCTTAATTCCCGCGATTTCGGCAAAAGGGTCTTATATATAGGGACGGAGGGAGTACATGCAAGGGTCGAGGTTCGAACCCCGGACATCCTATTTCTCCATATTTAAAATGTGTGAACTCCAGCCACTAGGCTACTTG | |||||||||
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gi|157979559|gb|EX527831.1|EX527831 MTGland_A033_2007-06-18/MTGlandA033_G01_002_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TACTCCCTCCGTCCCTAAATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CACGTGGCAGAAGTTGCACAGTCNGCNACNGCCACNTGGCANAACCCATGCCATATCATCAAAAATGTGGGGCCAGGGNCATTTTTCNAACNAAAAAGTTTTTNCNGGGANGTTTTTNNAACATTTTTTTTTNCNGGGACNAAAATNAAAACNGACCCNAATTACNAGGATGAAAATCATATTTAAACCTAAAATATATTATTTTTAGATGCTTTACCTAAAACATTAATCTAGAATCGTGATGATTCTGCATAAAGATTGAAAAATACTCCCTCCGTCCCTAAATAAATGACCTAGTTGACTCTGACACACATATCAATGCATATGTTTTATCTTTGATATCTTCAATTCTCTACTAAAAAAAATTATAAAATTTAATATTTTAAAAATACTCATCGAGACGAATCCAACAACATCTTACATGATATTATTTATCTTTGTGAATTAGTATAAAAGTATAGTCAAAGTATGTCAAGTCAATTATGTATATTGTCAACTGGGTCATTTATTTAGGGACGGAGGGAGTATGTTTTATGAAAATAACCAAGTTTTTAGACGTGTGTTTTTGTCCTANGTCATCCAAAAATAGAAAATCGTTGCACGGAACGAAGTTGACAAAGACAATGATGAACAAAACAAATTTTAGAATGTTGATTATCTCGAGAAGAGTATTATATGAATTATGTCACATTTACATAACACCACCATTTTTATTATCAATGACCGGTCTCCCTAACCGTCACCTCCTTCTCCACCAACGTAAAAGTCTATAACATTTTCACGACCGCCCCTTATCAATATCAGTCCCCTTTCCATCATCNNGGGGTTCTATGTCGGTTGCACCACCACCTTTTCCGTANCTGGAAATNGGNTTGACATATCCAGCACCACCCCATGTTCTACCGCCGCCAACCTTTCCACCACCNNCGCCTTTCCA | |||||||||
gi|27405632|gb|CA918702.1|CA918702 EST636420 MTUS Medicago truncatula cDNA clone MTUS-2A10, mRNA sequence TACTCCCTCCGTCCCTAAATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CATCTATTGCGGGACGGAGGGAGTATAAATTATAGTTGAGGCATTGAATAAACCTATGCATTAGAAATGAAATTTTGTTAAAATATCTTATATTAGTATATACTATATTATGATTTATTAAATAAACCTAATAATTAAAGCAGTTGGCAGCAAGGAAATTAGCAACAGTTATGCTTGAAGTCTTTTTCTTCAGAGCCATACTACACACAGTTAACCACCTTTCCCCAAGTTTGACTTGTAGTTGAATGAATATATGGTACTATAGTTTGATACCATTAATCTCCCACTCACATCTAATCCATGCACAATGCAGGAGCCTCTCCTCAGCCTTCTCTCCAGTAATGGAGAAACACATTCAATAAGTAAACCATTACTCAAGGATCAATATGTCCTTGATCTTGCTCCTCCATCACTGTCTCAATCAAATTCACCTCTTATCATCAATGAAGCGAGGAAACCTTCTTTTATTAACCTCATAGCCAACTTGAGCATCAAGAAAGCGAAGATTATTCATCGCTCTCGCTCTGCTCCATCAGTATTATTCACCAACATGGGAGTAGATTTTCATGAGCCATCTGATCATGGACCTGGCAGCAGAAGCTTAGTTGAGCAAAGCAAAATTGATCAGATCGTCACTTTAGCTTCCTGGGCACTTTCTGATCTCTGTCTAAT | |||||||||
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gi|13780898|gb|BG645786.1|BG645786 EST507405 KV3 Medicago truncatula cDNA clone pKV3-47H9 5' end, mRNA sequence TACTCCCTCCGTCCCTAAATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AACTTTTGTTGACAATTTTGCTTACATTTTGGGACGAAGGGAGTAAATATATAATGATCTCAATAAACATTAAAATAAAAACAATCATTTAGGTTGTGATGGACATAAGTATACTATATAATACAAGAAACTGAGTGCAAACAAATATATAACATTAAACATTAACCGGTGGGTCGGAAACCGGTGCGAAAGCTAAAAAAAAAAAAATATATAACGTTAACCGTCACTGTGTATATATATAGAGAGAGAATTCTTTCAGGATCATAATAACTACCTGGGAATGGGATGTGAGTCATTTTCCTTTAATTTATTTGACTATGTTTCTTTTCCATTACGTCAGTATGTATTCATTGTTTCTGTATGCTAGTGTTTGGGATGGAACTCTTCTTGTAGCTAGACCAATACTCAGCTACCAGCTTAGAGAATGAAGAGTTGGTTTCCATTAGCTTTGAAGGCTCATCATATTCCACCAGTTTCCCATAAGATAGGATCATGACCATGTCACTGTCTATTACAGTTGGAATTCTGTGAGCAATGGTTATTACAGTGCATTCTGCAAATTCTTGTCTAATTACTCTTTGTAGAATGG | |||||||||
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