| mature miRNA: AAATACTCCCTCTGATCACAT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|157981458|gb|EX529730.1|EX529730 MTGland_A058_2007-06-26/MTGlandA058_A04_016_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AAATACTCCCTCTGATCACAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ANNCNNTAAANATATTTTTTTTTATTTTTTTTGTGTTTTTCTTCAATATAATACTCCCTCCGGTCCNATTTACAATAGACAGTTGACTTTTAGATACATTGAATAATGTATGTATCTAGTCAAGAAACTAAACCAAATACATAAATTATTCAATGTATCTAAAAAATAAATTGTCTCTTGTAAATAAGATCGGAGGTAGTATTTTTTTTTTACCTTGTAATGCGTTTTAAATAAATTTGACCAAAAGCATTTATAGCTAATTATAATTTTTTTAAAACGTTTTTATATACAAATCACAAACGCATCCAAATGATTAATGGTCTCCAGTAAATAAATAAAGTTTCCTTTTATTGACTAATAAAACACATGCACCATTTATCCCGTGAGCTTAACTCAGTTGGTAGAAATATTGCATATTATATGCAGGGGNTGGGGTTCGAACCCCGGACACTTCACTTCTCCACAATTTTTTTGTGCGAGCTCTAACCACCAGACTACTTGAAAAAAAAAACTCATGCACCATTTTTTTTAAGGAAACTAATATATATATTATTGCCAAACANAGAGGGATGAATTTATTGCAATTCAAAAAGTATCACGTTCAAATTTGTTTCTCCACAATCAGCCATTTAATTTCAATAAATTCCAAAAACTTTTATTTTTTCGGTCAAATAAAAACTGCACACCTATCCCCGTGAGCTTAGCTCAGTTGGNNGGGATATTGCATATTATATGCANGANNCGGGGTTCNAACCCCNGACACTCCACTTCTCCANANTNAANTTGNGTGAGCTCTAGCCNCTANGCTACTTGAC | |||||||||
gi|157980785|gb|EX529057.1|EX529057 MTGland_A049-_2007-05-31/MTGlandA049-_E05_020_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome M AAATACTCCCTCTGATCACAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTACGGCCGGGGNATGGAAACTTGAAAAGTGNCCATTGAAAAAAAAGAAGAGAATATCTAGGTCCCTTATGAAGTTATATAATTCACACNNNTTCCTCCGTCTTTGTTGAAAGAAAACGGAGAAAATACTCGCCTTGCCTCTTCATTCTATTATANNNNTAGTAAGGGAAATACTAATAATGTCATTAGGGCTAAGGATACTTGTTAAAAAGTTTAAAATGAAAATTTTATCTTAAAATTGTATATTTAATATAGGCCAAATACATCCCCAGATACTTTAAGTTTTATATTTATTTTAGATAGGTCCTTTAAATTTTTAACGTTTCAGATAGATCCTTTAAGTTTCATCGTTACAGGGACATTTGTTATTATAACCCTAATGGCTAATAGTAATAACCCCACCCCATAAAGGCCAGCTGTATCCGACATAGTCCTCTCAACCAATTGCAGTAGTTATGTGGCACACAGGGTACAACGGGCCCAATTATATGATATTTCTTCCAGTTTTATTTATAAGAAAAATTTGATTTTTTAGATTCATTGTGTAATTAATGTATCTTGTCTAAAATATAGATCAAATACATTATTTATACAATAAATCAAAAAAGTCAAATATTTCTTATAAATATGATCGGAGGGAGTATTTTGTGAAGCCAAATTGGCTAAATGGTGACCAATTCCAATTGGATGCATAGATTACTACTAGTAATTTAGTCAACNAAAGCAACTTATGACTTATGACCTGAGGAGGAAGGGAGGGACTACTACNTGATAGTTACATGAGAGGGGGTGANCCTATAATATCACTAAGTAGCTGCTACTTGCCAATTATATGCTTTCNTGATGACTAGATTGGTATATGTCACTTGCTATTGGTTGCTTTATAAACACAATGCATTTCNANNGCTGTATTGNATGCTTTTGTTTNTGTTTTCNTTTGTTTACTCCNATTGNAATCNAATANAAATAGAACNTTNCTATGATGAACTCCNAGANANTAAAGCTTTNATTG | |||||||||
gi|148765753|gb|ES612447.1|ES612447 MTGland_A020_2007-05-03/MTGlandA020_D08_029_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AAATACTCCCTCTGATCACAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTACGGCCGGGNNCTCGATGTATATATATTTTTCATTATATTGATGCATTACAAATAATAAATTGACGAAGATATTAGTCAGTATTTCAAATATATTACCAAATCAACATCTATGATAGATTATCATAAGTCTTCTTAAATAATTATAATCCACAACACCTTCACATGTCTACTTGGAATTGCTTCCAAGCGACAACGCCGCCACATTGGATAAATATAAACTCATGCGTAGATTTTTATATAAGTCTGCTTGAATTAGTTTTAAAGTGACGACACTCCCACATTGGGAAAAATAAATCCACAAAAGTATATACTTCAACCGGTCATATTTATAAGCAACTTTTCCTTTTTCAAATTCATTAAATAACCGATGTATCTCGATTATAATATAGTCTAAATACATCAGTTATTTAATGAATCTGAAAAAATAAGTTACTTATAAATGTAATCGAAGAGAGTATTTTCATTTCAAAACATCATTGTATTATTTTAAGACAATGAGTAATCCACAATGTACCATATTATATCCACAATATACCATGTTATATTTGACGGTAAATATCTCATGAGTTTAATAAGTGCCCCAAAAATATACACATATCTACTTAGATTATTTTTAAACGATAACAATCTCTATTGCTCTTGTTTCACTTATGCATATCATCTATGCATCTTCATGGATTTCTCAACTTTGTCACTAATAATATTACTAAATATTATTCCACAATAAAATAAAATCNTCAAAATAAACATCNCCATAAACAAGTATAAATAGTAGTATCAGTATATATAATGAAAAAAATTATAACTCNNCCTANNNNCAATAANANACTCAACTAAANNNNAATCATCNA | |||||||||
gi|157979104|gb|EX527376.1|EX527376 MTGland_A028_2007-05-21/MTGlandA028_A10_040_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AAATACTCCCTCTGATCACAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TATTTTTTTGGTTTCCCACATACAGGAGGAAACCATGTTTGAGGCAACGTCGAAAACTAAATGTGGACACCACTCTCTGAGGAGATTCGAGCTTTTGATAACCGAACAATATACCTGGTGATAACCTCCTCTTTTCGTGACCTCCAAGTAAAACAGGTACAAGTCAAGGGATGTTTTTCGGACATCATATCTGCCAAATAGAATTGGAAAAAGAGGTGCATGATGATTCATACATTTTATATATCCATAAGAAAAATTAGTTTAATTAGTATACACCGAAAGTGTAAGGTTGTTTTACACATAAATTGCACGTCCATTAATGAATACTTCCTCCGGTCACATTTATAAGCAACTTTTACTTTTTTAGATTCATTAAATAAGTGATGTATCTAGACTATATTATATTCCAGATATATCAGTGATTTAATGAACCTAAAAAAGCAAAAGTTGCTTATATATGTGATCGGAGGGAGTATGACAAGTCGTGTTTTGATATTCATTAATCGATGTGGAAATAAAATAATTTAGTGTATTCTAATTAAATTCTTTTATTTTTCAAATAATTTCATGAAAAATTACATATAATAACATTTCATGTTTCATATTTGACATCATTTCTACAACACATGAAAAAACCAATAGACCAGAAAAAGACATTTGAATGCATGAATTCTTTTAGCAACCAAAACAGAACAGTAAAGAGAATGACATGCAAACGC | |||||||||
gi|157981732|gb|EX530004.1|EX530004 MTGland_A061_2007-06-22/MTGlandA061_F05_019_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AAATACTCCCTCTGATCACAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTNCGGCCGGGGTGGNGCCATTGCAAACAGTGAGATCAAGGGTACAATTTGTGAAGATATCATCACTTGGACTTATATTTTGTTTGTCTGTGGTTGGAGGGAATATTTCTCTAAGATATCTTCCTGTGTCTTTTAATCAAGCTATTGGTGCTACGACACCGTTTTTTACGGCGGTTTTTGCTTATCTTATGACCCTTAAGAGGGAGGGTTGGCTTACTTATATGGCTCTTGTACCTGTTGTTACTGGTGTTATGATTGCTAGTGGGGTATGTCCTCTTCCTTATCTCTTGTCTTTCATCTCTTGTATTATGGTAGCAATTTAAAGAGTTTTTGTTTAAGTGATTTGGGTTTTTGGAGATTCGTTAGGGTCATGGAAAACCTCAACGGTCAATGCGTCACCAGAAATACATATAGATTATCCACCAAGCCAACAAACTTCAATTAATTGACAAATATGAAGAATTGAATTATTATGATTTATGATATATAAATGCCAAGAAAACACGCAACTTTCAAACGAAAAATAGAGAAAATTGGTGACAGATTTGGTTTATGTATAAATTAAGGTGTACAAAAGTCACGTTTATAACCAAGATTTGCAACGGTTATAAAATGGTGCGGTTATTTAGTTGGTGTCGTTTAGTTGGCAAAACATGTTGAATTTGTGGATGGGACGGGGACCCNAATGTTCAATCCTAAAAAAAACTCACNATTAAAAATGAATGCGTAATTTGAATCTTGTTTTATAGGTCTCTTAAAATGTTCAAAAATCTCTCGAATTTATCGGATCCTAACTTCATATGTAACTTTTAATCGGCTTATTTTAAAAAGTCNATCAATTTAAGTGGTTGATAAAATTGACACATTANCATAAACAGCAACAAAAAAAAATTCNTTGGTTGTAACTTCATATGTAANNCTCNNGTCCTTTTTTTTTTTTTGGNCNNNAANCTAGNGNCTANAATNNTCTNNAGNGGGGNNNNNGGG | |||||||||
gi|148766194|gb|ES612888.1|ES612888 MTGland_A025_2007-05-07/MTGlandA025_G12_042_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AAATACTCCCTCTGATCACAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACNGCCGGGGNNTTGTATTTATCTTTTAAAAAATTTAAATAGAACATTGTTCTTTAAAAAAAAATACATTTTATTTTATTACGGGCCTCTTTTCACTTACAGAGCTGAACCTCCAGATTCNTAAGAACGGCCCTGCTACCAAGCAGGGCCCCTGGTGTTTGATTCTTGGCTACAATCCTGCCTTTGAGCTACTAAGCTTTTGATCGTTTAATTTTATATATAACTTCATAGTCAAATGTCCACCTCTTGTAAAAATTAGTAGCCCCTATGTGATTCTCCTGGGTTCCGCTATACTTGTCATCGTTACGCTGCGTGGTAACCATTGAGTTTCTCATCTATGTGACTAAGAATTTTGTCTTGATTAATTGGTTGTAATTTGTGACTAGAAAACATTGGGATATACTTAGTATATATTGTTGACCAAATATATTTGATATTAAATAAATCTCAAAAGTAATTTTTTTCTTATAAATGTGATCGAAGGGAGTAATTCTTTTATTTATTTATGAAAGATAAAAATTGATAATCAAACTATATATGGGCATCTAAATTTATCAATTGATTTCATTTTAAAAAAGTTATAAAACAAAATATGATAGTTTTTAACATTTTATTTATCCATCTACTATCAAAAAAGTTAAAAATATTGTAATCAAATTTAATTTGTTTGACTCTTCATTGATTATTAATGATCCTCCAAAACATTTTTAACCCTTGGAAATGTGTTTGAGATATATCTCTAANGAGTCTATATGCAAAGAATTGTTTTTTGAAAGAANTNGTCTAANT | |||||||||