| mature miRNA: TTACTCCCTCCGTCCCAAATT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|157978989|gb|EX527261.1|EX527261 MTGland_A026_2007-05-17/MTGlandA026_E03_012_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CNTNACGGCCGGGANGGNANNTAAGANAGTGGATATTTGTATTAAAGTTGTTTGTAATCACTATTGTTTTTACAATTTTATCCTTTAAAAAAGAAGGTTAGTTTATGTTTTCAACATGTTATTTATTGTTGATTGAAGAAAAANATGTATAATAAATAGGGGCATGTATGTAAAGAAATAATTAATGTAGTTGGAAATAACAAAGGGGTCTTATAAAAAGGGACAAAAAAAATTCTCAATAGGGTCTTATAATTAGGGACGGAGGGAGTATATATTATGTAACTTTAACTTTTTTAATTTTAAGATAAATTGGTAATCAGGGCCGGCCCATAGCCCGTCGAGGCTGGGCGACGACACCGGGCCTCCAATTTTTTGGGGCCCAAAATATTTTTTTTTATATGTAAGACACAAAAATAATGATTATATATCTTTTAAAAGCAAAATTATTTAATTTGTACAGCTTGCTTTAGTGACATGACCATTTTTTGTTGAGTGTGAGGTCATGTGTTCAAGACCCAGTGTGATTTTTAATTATTTTTTTTAAATAACTTATTTATTTTTTTGGGGCCCAGATTTTTTTTTTTTGCATCCCTTATAAAATTAAAACCGGGCCTATGAATTTGTTAAAACGGCCTTGTTGGTAATATCAATAAGGGTATGTCATGGAAAAAATGCACTTAATAATGCATCTAGTAANNTGTATAGGAATTTATAATTAANAACNAAAGGAATATAAAGTTTAAATTTTAATTTTTTTTTTATCACAATAACACCNANNTTTTNNNANANCTANACNA | |||||||||
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gi|157980473|gb|EX528745.1|EX528745 MTGland_A045_2007-06-23/MtGland_A045_E07_028_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACGGCCGGGGGGGNNGGTCCCAAACCTCATTTCTTTGAAATTGATTTAGTTCTTCTTGCATAACTAAAAGCCAATACTCATCAAGAATAACTTATTTGGTTGATTTAGGCTTAATTTGTGAGACAAAAGAAAAATAATTATAGAATTTGCTTATTTGTGAACACATGTTGTTTTCTCTATTGGCTTAATAGCAGTTTTCGCCTCTTTCACGAAGTTGCNATTTTGCCCCCATAAGGAAAAAAAACTACAAAACCGCCCCCTAAGTTTTGGCCCCCCAAGGCAAAAAAATACTCCCTACGTCCCTTGATAAATGACCTAGTTGACAATATGCATTATTGACTTGATATACTTTGACCATACTTTTCTACTAATTCACAAAGATAAATAATATCATGTAAGATGTTGTTGGATTCGTCTCGATGAATATTTTTAAAATATTAAATTTTTATAATTTTTTTTAGTAGAGAATTGAAGATATCAAAGATAAAACATATGCATTGGTATGTGTGTCAGAGTCAACTAGGTCATTTATTTAGGGACGGAGGGAGTAAGATAAAAAATAACATGTGACACTTCACATAGGGTGCCACGTCAGCGTAGACCAAGTCAAAATTGACCTCGGGGACCAAAACTGCCACATGCGCAAAACTTAGAGGGCTTTTTGTAGTTTTTTTTTCTTAGGGGANCAAAATTGCAACTTTTAAAAAAATTTGGGAGCGAAAACCACTATTAAACCTTCTCTATTTATGTCTCCCATGTATGGTCTTTAACTAATCTCCAATTGTGATATGACTCATACTTGGAGCTAGATTCTCCATCTTCAATGTTGTCCTCCTTTTATTTTGGTTCATAATTGGAAGCTTTCTTTGATGACTCTTAAATCTTTTCTTACTTGTCGTTAAGNATCTCAATTGTANNAATACCTGCATTTTNNTAAAANTGCCTTTTNCNTNATNNTGGGGATGANANNNATCNNTGCNNCATGANNANNTTNTNA | |||||||||
gi|157979628|gb|EX527900.1|EX527900 MTGland_A034_2007-05-23/MTGlandA034_F03_011_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TACGGCCGGGGTANCATGTAATATTATTATCAAAGGAGTTTAATCATCATGTATTCGCTTCTTTATGTATCTTTCCAAAATAAAAAATGTACCGTTTGATGTAAAATAATTTTAAAAATTTATTAAAAAAATTAGATTGATGTYCAATGAGAATTCGCCATTTGGTCACAAACATATTTCGTAATCAAAATTTAAAAATAATGGTAAAGATTGATATCTCATTANCGTAATATTCTCTCCGTCCCATAATANCTGAGTCATTTACAAAAAAATATTGTTCTAGAAAAATTGACTCATTTCATTTTTCAATACAATATTAATTACTTTTTTCCAATTATAACATTAATTAATACCACTTTCACCACTCCCAATTCAATATATTATACTTTGCAGTTATGATAAAGAAGAATACACCAACAATTTTTTGACAAAAGAATACACCAATAGTTGACAAGGGTACTCAAACCCATTTTTTTCTCTCTCTTTCACTTATACACTTTTTCTTAATAAGTATGAAATGAGTCAAAGGCCCCGTTAAAATGGGACGGAGGGAGTAATATATATCACTTTTCTAAGGAGAAAACAAAGTGAACAAGTATTAAAGAGGAGTATCACATTCAAACCAAAATTTCTTATTACGAGGCAATGCAACTTGTGCACGACAATTCGTCGTCCTAGCTCACTCGTGTCGTTCCATAAACTTATACAACAATCAAATTNNNNTTGTTCGCCAAAGCTGANTTGAGCTTGTCACAANNNAAACNACANTGNATAGNNNNNANNNNATTTTGAATTTACTTGGAATTCAAGTTAGTAAAAATTTAACCA | |||||||||
gi|157985004|gb|EX533276.1|EX533276 MTGland_B047_2007-06-23/MtGland_B047_E08_028_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTAGTATTATTACATTAAACTGATTTAAGCCTGTGGCTTAACTATGTGACTGAGAACACTGGCGTTTATGTCCCAATCCTATTCCCCACAACACTGCATTACAGTCTCTATGTTGGAGCCAGCTGAAATTATTCCAAACTTTCATAATTAATTAATTGATCATATACATGCTTAGTATAATTACTAATCTGTTGTCGGAAACGTATACACAATTGACAGAACTTTTTGATCTATCATTTTTGTTCTTGTGAGTTTATCTTCTTACTTTAGTACTACTTTAGTAAATGCCACCCTAGATTTACTATTCTAACAATTTTATGACAATAATTTAACCAAAGTTTGTCTGCTATAAATTCAAAAAACAAAAATTAAGAAAATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTGGGCATTTCACACGTATTAAGAAATGTAATTAATATTGTGTGGGAAAAAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTATCCTCAATAAATGATATGGGAAAGATAAATGAAGGAATTGAAAGAAGATAGAGTAATAAATAGTTAAGAATATAATATGAAAAGTAACATTAATTTTTCATTGATATTGTAAAGCGATTTATAATTTGGGACAAATATTTTTTTTAAAATGACATACAATTTAGGACGGAGGGAGTAAGTGGCATGGAGCTATTACTGAATTAGGATTCTTCCACAAGATTACTTGGAATTGCTGCCTTTCTTGTTAGGGGCAAAAACTTTTTTTTGGAATCATCAAATGCAAACTTTAAAGCAACGAATTTAATTGTAGCTAACTACCATTCATATCCTAACTTTAAA | |||||||||
gi|7566137|gb|AW691401.1|AW691401 NF040H05ST1F1000 Developing stem Medicago truncatula cDNA clone NF040H05ST 5', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACCGATTTGTGTAGTTTATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGTGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTTTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGTTTACTTAATAAGTGTGGAATTTGTGTTTTTTGTTTATAAATTACGACGGAGGGAGTAGGAACTAAACTAGAAAATTCTGTGATTATTGTAGAAAGATTAAAAACATATCT | |||||||||
gi|7566987|gb|AW692251.1|AW692251 NF049C11ST1F1085 Developing stem Medicago truncatula cDNA clone NF049C11ST 5', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGTGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTTTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGTTTTCTTAATAAGTGTGAATTTGTGTTTTTTGTTTATAAATTAGGACGGAGGGAGTAGGAACTAAACTAGAAATTCTGTGATATTGTAGAGATTAAAAACATATTTAACCCTTTTAAAATTTAATCTATATTTAAT | |||||||||
gi|148765680|gb|ES612374.1|ES612374 MTGland_A019_2007-05-07/MTGlandA019_D10_037_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GTGCAATTTTGACCTAATTTACTTTGACCATATNNTTCTACTAATANACAAAGATAAATAATATCATATAAGATGTCGTTAGATTCGTCTCGATGAGTATTTTCAANATATCAAATTTTCATAATTTTTTTCCNANNTATTATTCAAGATATTTAAACTTAAAATTACGCATTGGTATGCGTAATTGGGTCAACTGTGTCACTTATTAAGGGACGGAGGGAGTAACTTTTTAGAAAAAGTGATGTAATTATTACTTAATCAAAAGTCAAAACTTATATNNTCAAGATAAATTTTCTATTTATAGATTC | |||||||||
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gi|14874326|gb|BI268427.1|BI268427 NF006B05GS1F1044 Germinating Seed Medicago truncatula cDNA clone NF006B05GS 5', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTAAGTATATGTTTTGGGATTCAATTCATCCTACAGAGAAGGCATACCACAACCTCTTCTTGGCTTTCCAACCCACCATTGATTTCATTGTCAACAACTAGAATAATGAATGAGTTCCTTCATATATACTCTTTCCATCCCAAAATATAAGCAAAAATAAGTTAATATAAATTGATGTATTTGGTACAAATTTTGAACAAAATGTATTGACTTTTGCTGATTAATTTTTGGACGGAGGGAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
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gi|209568687|gb|GE351261.1|GE351261 MEUAZ61TR JCVI-MT2 Medicago truncatula cDNA 3', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TAATGTACCAGGGACAAGTGCAAAAGATGTCATGGATATGGTCCTTGTCACTCAATACTTTGACACTTTGAAAGAAATTGGGGCTGCCTCCAAGTCTTCTGCTGTGTTCATTCCACATGGACCTGGCGCTGTTCGCGATGTTGCTAGCCAAATTCGCGATGGACTTCTCCAGGGTTCTCATCAGTAGCTTCTATTCCTCCCACTTCATATCTGATTTGTATGGAAGTGTTGTGATTTTTTAATGTTTTATGTCTCTGCAGTATGATATACTCCCTCCATCCTATAATAACGGAGCCATTTGTAAAAAAATATAGTCCCAAGAATCTTGACTCATTTCACTTTTCAATACAACATTAATTACTTTTTTTCCAATTATAACTCTAATTAATACTACTTTCACCACTTTCAATTCAATATTTCTACTTTACATTTATCATAAAGAAGAATGCACCAATACTTGACAAAGACACTCAAAACTATTTTTCTCTTTCTTTTCTTTATACACTTATCTTAATCTGTGTGAAATGGAAAATTGGCTCAGTTAAACTGGGACGGAGGGAGTATGATTTTGTGTTAGAGTAAACTGCTAACTTGATCCTCCAAATATTACAGTATCAACTATCAGTTCTGCAAAGATATATTTTGTCATTAAGGTAATCCTTCAACAATTTAAAACCATGTCACATATTCTATTATGGAAAATGGTGACACAAAAATACTAATTTGGTAATTGTTTTGTATCTTTGTGGGATCGATTTGGTAATGAAGTATTTGAAGAACTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
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gi|7565293|gb|AW690557.1|AW690557 NF035H05ST1F1000 Developing stem Medicago truncatula cDNA clone NF035H05ST 5', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GAGAGAGAGAACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAAGGTTATAATAGAAAAAGTAACATTAAAGTTGCATTGGTATTGTAAAGCGACGTACAATTTAGGACAAATTTTTTTCCCTAAAGCGACATACAATTTGGAACGGAGGGAGTAGATAACTTCGTACGCACAAATTTTAATGATGTTATTCGAACAGCTGTTTTCAGTACTCAAACAGTACGACAAAATAAGGAGCCTTCTACTAAAAAATACAAAAAATAAGCAACCTTGTATGCTTCCAGCAATTATGTGATGATTAGTAAGAAGAAAAATGCTACAAAGCAACGCCTAAGTTGTCTCACTTCTTGACCTCTTCATACTCTGCCTCTGGAGCCTGATCACCACCACCTGGAGAACCTCCATCAGAGGAACCTCCACTTGACCCACCTGACATATGCTGACCAATCTTTGACACGGCTTTGTTAGCAGCATCAAGTTTTGTCTTAATTTCATCAACACTTTCTCCTTCCATAGCCGTTCTCAAATCTGAGACCGAGTTTTCAATTTCCTTCGCAACCTCACTAGGAATCTTTTCCCTATACTCCGCTCAAACTCTTTTCAATCAGAGTAGATTGATGTGTCAGCACTATTTCTTGATATC | |||||||||
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gi|11908836|gb|BF643711.1|BF643711 NF057H08EC1F1076 Elicited cell culture Medicago truncatula cDNA clone NF057H08EC 5', mRNA seq TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AACCAAACCCCTCGAGGAAATAAAAAGTAAGAGAAAGATCAATTATTCAATTGAAAACCTTTGAAAGTACTTATGCCAAGTATGATAGGGTAATTTTCTTTTAATTTATGATGGAGAGAGTAATCTATTACTACTATCATCGCATCGAATTGAGGGTTTTGATCTGAAACCAGTATTTGTGAAGAGAGAAGAACGTAATGGATTTATCAGCAGTGAAAACCGCATTGTAATCCAAATCTTACGACAAAATTGCTGATATCTGCGATAATCTAATGCTTCAGTTTCGTTACTTTCTTTCACTCTCACTCAGGTTGCTGCCAACGGTGTTGCTTTTCACGACGAATGGCCCTACGCTGTTCATCTTCTGGCTCACTTCTATGTTCATGACACCAACAGTGCTCGTTTTCTATGGAAAACAATACCTTCTTCAATCAAAGAAAGCAACCCTGAAGTCAATGCTGTGTGGAAAATTGGGCCACAGCTTTGGTTAAGGAACTAT | |||||||||
gi|20273481|gb|BQ137355.1|BQ137355 NF065H12ST1F1000 Developing stem Medicago truncatula cDNA clone NF065H12ST 5', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTTTTGGCAACCAAGCTCGAAATTTTTTCCTCACTAAAGGGAACAAAAGCTGGAGCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCTAAAAAATATGAAAAATGAGGTTTGGGAATTCGGAATAGCCCATAAACAATAGATACATGCAAACTTGTACAATTCTCCAAAATATAACCTTCCATCAAAATTAACATAATATATCTAAAAAATGGCTTGCTGCCCATATCATACATTAAAAAATTACTGAGATAAACTCTGTATACATCTCACACAGATAATGACCAATGACTATATTTGGACTTAATGTCACCTATATTTGGGGTGGAGGGATTAGCAACAAAAATTCCAATAATAATATTATTTGAATTATTAAAGAAATTTCAGTTTGCCATTGGAAAGAGAATCCTTAACAAGCTCCATATGACATGAAGCTTTTTGTGCTCCACGTCAACCCAGAACAGGAGCCATTGGACCCTAAAGTTGATAGCGAAGTGAAAGATAAACAGTTACACAGGATAGTAAGGAGCACTAAGTAGCGGATAAGAGGAAGCGATGCCTCTGGTAAAGTGTTCCGCCCAACTACCAAGTTCCATCCTTTAGGTCTCCTGAAAGATGGAGACTTCGAGAACGAGGAGACTAATCACCATAGTAATGCTGTGCAAAGAACCATGGGCTCTTTCTACAAACAAAACCTTTTTTTTTGGTTCCACCCTAAAGCCTAAAGTTGGCGGTTGTGTTGGAATGGGAAAAACCA | |||||||||
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gi|11905724|gb|BF641566.1|BF641566 NF068B04IN1F1032 Insect herbivory Medicago truncatula cDNA clone NF068B04IN 5', mRNA sequence TTACTCCCTCCGTCCCAAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTTTTGTAATACCGATTTGTGTAGTTTATTTATACTCTTGAGTACAATGGATTCAAAAAAAAGCAATCCTCATTCTAGGCCTATTTGCTATGGTTCTTATTTCCTCTAGGGTTTCAGCGAGGGTCTTAACTGAGACTTCCTCTAATACCAAAACGGGTGAACTATATAATATTTTTCATTTTTCTTTATTCATGAGAATTTATTTATAAGTATTTTGTATTTTTTCCTCTTTTGAATTTTATAAGTATGCTTGTAAGTAATGTTGGATGATTATTTTGGAGAGCCTGATTATGTGGNGGGATGTCCTTTATGCTAGGTACGGGTCTATGATGGCTTTGTCTCTTTTGGGCATTGTTCTTGGTTAGGGGAGTCTGACCTATGGCTCATTCATTCTCTCTCATCTCATCTAACTAATTTATTTTAATCATCATCCAATATTTTTTTTTCATCTAAAGGCACAAAAAATTTAATCTACACAATTTTTTTTCCATGAAACTTATTCCAATAAAAACACAAAAAATTATATCTCAAACTACTATGTTTTTGTTTTCTTAATAAGTGTGAATTTGTGTTTTTTGNTTATAAATTAGGACGGAGGGAGTAGGAACTAAACTAGAAATTCTGNGATATTGGANAGATTAAAAACATATTTAACCCTTTTTAAATTTAATCTAT | |||||||||
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