miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002239
Located between position 3575879 and 3575969 on chromosome scaffold_5 strand +
mature miRNAs for MI0002239:
         ptc-miR167e (MIMAT0001945): TGAAGCTGCCAGCATGATCTG

References
[1]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
AGAAGAAGAAAATAAAAATAAGAAGAATTATCATATTCATGACCACTTCAATGATAGCTGGGTTATATGATACTTTTACA
TGCCTCTTGCCTTGCTGTGGAATTCCTCACAATCTCTTGTCTTGCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGG
GTTATATCTCCCCTCCTCATGATTTCTTTTGATTACATCAACTAATTACTAATTAATTACCTTCAACAAGAAAGCAAATA
TTTGCCCCCATGTCCCAACTATATATTGAAAGCGGCTCTTTGAAATATTTATGTTGTTTTAGTATTTTTTTTATTATTTT
AATGAATTAGTGTTAAAAATAATAAATAAATAAATATTATTTTTATGTTTTCTAAAATAAAAAACATTTTAAAAGATAAT
CAATCAGCTCTTAATAAAATAAAAGAGTGATCGTTTGGGAACGCGGTCCAACCCGCGTTCCCAAGAATTTTGAATTTTTT
TAGTATTTTTGTATCGTTTTAATGCGCTGATATCAAAAATAATTTTTAAAAAATAAAATAAATATTATTTTAATATATTT
TTAAATAAAAAATACTTTAAAAAATAACCACAACCACATTCAACTATACACACCCAAAAAATTAAAAAAGTTTGGGACCA
CCCAAGGTTGCGGTTAGGATGGCAAGTGTTCAAAGCCATACATCCTAGCTAGGTCAAATCATTCAACTCGTACTCTTATA
TAGAATTCTAAATTTAATTTGATTGGGGTTTCAAAGTGAACTAAGACAGATCAACTACAATGAAAACCTGTTTAATCTAG
TGAGATTTCTAGTGATTCAATTTATTCGGTCAAACAGATCAACATCAAAGAAAAGAAAAGAAATTATCGAAGCATTATCT
TTCTTAATAAAAACAATTTATTTATGGCTTACAAATTAACCTAATATGATCCAATAACTGAGAAGTATAATAACTATATT
AGATAACCATTCCTTCTTCTTTACGTTGTGCTATTAAGAAGGGATTCTCGACTTCAATTTAAGCAAGAGCTTAATTAATT
TGCTCACTTGGCTAATTACGAGCAGTAAAGTATTAGTTGTGCTAATCAAAGACTTCGCATACCCTCTGTAAATCTGGGGA
AAAAAATGAAAAAAATAAAAAACCAAGAAGGAAAAGGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAGTCCCAGTTGTCTTTAAA
CAAAATGGCAACACTCTAATTATGGATACCAGATGGTCGGCTGTAAGATATGTCTGAATCAACCACACAACATGTAAACA
ATTAAGAAAAAAAAAAAAAAAACTTTCTGCCACTCCATAAAGAAGAAAGTAAAGGCATGGATATATAAAATTAAAGGTAT
CATGCATGCTTAATCAGCTACAGTTGATTAGGGTTTATGACTTAGAGCCGCCGGTGATCGGTTAATGGGAGCATCTATGT
ACAATTATTAGTGTAAGGCAAATTCCCTACCATACAATCGAATGTCTTGAACCTCCTAAACAACTTGATTAAGAGAATAA
ATTAAAGGATGAAAAGGAGCAGCAGCAAGTCCAAATCACAACCAACTCTGATCATCAAAGCGTAAGCAATCTCTTTTCTA
ATCTCCAAAGTCGAAGGCATCACTTTACAGGCTAATGTTCCATGTGTTACCTCCCAAGTGGTATACAAGTTCTTCAAAAT
AATTGCTTCCAGTGTGCGGCTGGCACCAATGAAAAAGCAGACCGATCTAGCTAGTAGGCATATGCAGGTATATAATTAAG
GAATTGTGAGGAATAAACAGGTTACCATCATTGATGAACGAACGAATTAAGGGCCATGTAGAAAAAGCAATCTTCCAAGT
AAATTATGCACTCCCCCATCAAGAGAAAAGATGGGTTTTGATAGGCTAAGGTGCTTTTTCCTGTTTTTCCTTTCTTTTGC
TTTATGTGTCAACCTTATGGAACAGCTATGAAGCCATGCAAACTGGTCCCCTGTATGCTACTTGCGTTTCATGCTCTTTT
TGGTTCATAGTTGATGCTTACTTTATAACAACCCAGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGAGGTGTCATCAATGGAAG
GGTCTTCCAGCTAAAGTTACAGGAGGCAGCTCTTGGGAAATTTAGAAAACCTCACTAACCTCTCTGCATGTGGTGGCCTA
GGCGTGACAATATTCAATTTTTCTTTTTGGGACCACCCTATATTTTTTTCTTTCTCTGAGTTCTACTTTTCAATTTTCCT
TTTAGAGCTTTTTTTCCCTTTTCCTGTTTAGTTTAGTTTCCAACATACTTGTCTGCTCAAGATCTGACCCGGTTTAGGGC
TAAGATAGTACTGTATTACTGGGTCAATTATTTTGTCTAAAACAGCATAGTTTATTTTTCTTAATTTTTTTGAGTTGGTC
GGACTGAGTCTCACCTGAATTATATCAAGTAAACCAACCAGATTGTGGACAATCTGCTAAGACATCTAAATTCGACGAGT
TATTATCCAAAATAATTTGAAGTAAAACCCGGCTCGAGTCAGATTCCAAATCGTTAAGTCAGATTTTTAGTTGCTCTTAC
TGTATTATTAAATGATACAGTTAAAAGCGTGGCCTAGCTAGTTGTTCAGCAGATGTATTCCACAAATTATCGTCCATAGT
GCCAAACATATTTTAAGAAAATAATTAATTTATGTAGAATAATGGATCAAGTATTATTTAAAAAATATATTGTTTAATAA
AAAAATATCTCCACCGTTTAAAATTAGAAAAGAATTGTATTGTATGATGGTTAATTTATGGCATCCTAGAATCCTAGTCA
CATAAAGAAAATAGTGGGGTTGCAAGCAACTGGAGGAAGTAGCTAGAGATTTAACTCCTCTATAAGTATTCCTCTCTACT
TGTATATATCCTCCCATATCCTTCCTTATCTATGAAACCTTCAACCAGAAGAAAGATGAAGAGGCAACTTCAAGCCCTAA
ACAAGTGCATCGCCGCGAGCGGATAGACCTAATCATGCAC