miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse



Basic information from miRBase
hairpin accession number: MI0002223
Located between position 3117083 and 3117187 on chromosome scaffold_7 strand -
mature miRNAs for MI0002223:
         ptc-miR166f (MIMAT0001929): TCGGACCAGGCTTCATTCCCC

References
[1]Dezulian T, Palatnik JF, Huson DH, Weigel D, http://genomebiology.com/2005/6/11/p13 (2005)., "Conservation and divergence of microRNA families in plants"
[2]Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, Putnam N, Ralph S, Rombauts S, Salamov A, Schein J, Sterck L, Aerts A, Bhalerao RR, Bhalerao RP, Blaudez D, Boerjan W, Brun A, Brunner A, Busov V, Campbell M, Carlson J, Chalot M, Chapm, Science. 313:1596-1604(2006)., "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)"




>promoter (3kb upstream pre-miRNA, by PMRD):
TTATTTTCAATCTGAATAGAGAAATTTAATATTGATTAATAGTGTTGACTTTTCGATAGATTAAGATATATGTGATTCAT
TGTTTTGTTGATTTGTAATGGCTTAAACTTGTTGGTATATATACATGGAATGTAACCCATTAATACATATATAAACATTA
AAGTTCAAAATTTCTTTCAAATATCAGCTTATAATTTTATAATTTGTTTTTCATTTTTTAGCTTTGTTGTCTTTATATAT
ATATATTTGAGTGTATAGAAAAAAACACGCACATATTAAAAGCCCGTTTGATATTATAGTAGTGGTTACTTTTCAAAATA
TACTTTTTGCTTGAAAATACATTGAAATAATATTTTATATATATATATATTAAAATTTATTTTTAACATTAGCTTATCAG
AACAATCTAAAAATATTAAAAACAATTTAATTTGAAATAAAAAAAAATTAAAAAATTAATTTTTTAAAGATACTTTTAAA
ACAAGCAGGTTATGTCAATTACTATGTACATTATTCTTGTTTTTTTTTTGTGATTTAAAAGTGTTTTTTTAAAAAAATTA
TTTTTTCTTTGCTTCACAGTATTATTTTTTGTATTTTTAGATATTTTGATTTGCTGATATAAAAAATATTTTTTAAAAAA
TAAAAAATAATTATTTTAATATATTTCTAAATAAAAATTATTTATATAATAATAAATGTAGTGTATTAGATGATGAGATA
GCTGAAAAATAAATTACCAGATGAGATCATAAAGCACATCATCACCATCCATCATTAACACATAATTGCAAAAAAAATAC
CTAGTTTTCAATCAATTAATATTTTAATATCCTTTAAACAAGAAATTGGAAAAACAAATAAAACCCCAGCTCAGCGGTCC
CCACCCATGATCCCTAATTAATTCCAATCTTACACGTCACTCTCCTATGGTACAAAACCCACAGAATCCACTTGCTCCTG
TCTCCTCCTCTAGTAGGACCCACGCCACAGAACTCCTCTCTCTGCATTAAATACTGTCACGTGGCGGTCGGTGCCTGGAT
CATAGAATCCGACCCGCCGAACTGTTTGGACATTTTGACCGCTGATTTTTCTTCTTCTTTTTTTAATAGCAGTAATTTCT
CTGTCTTCCTCGTTATTCGGGCTATTTTTATTTTTCCTCGGCCCCCACCCTAGGCTCCCGCTGACACCGACATGTCGGGT
TTCAAGGTAGTCTATTTATATCCGTTAGATCCTGAGGTTGAGCGGCTGGGATTTTATATTCCTTGAAACGCCGTCTTTGC
CATGACGTGTTTCTAGGAAGAAATTGTTTCATGTCTCTGCTTTGCCCTAAATAACAACTCTGTAATATGTTTTTATTATT
TTTTTCTTGGTAATAAAAAAAGATAGTACTAATTAATAACTACAGTCTAGACAGGTTCATTATTATGTATTTGGACCGAG
AAGAGGTCAGTCAACGACTCAAGCAATTCCTCTACGTGGGCAGTAACCTAATCAAGAAAAAAATATCTTAATTCTCCAGC
TTTACGTGGAATTGAGTTTTGAAAATTGTAGTTAATTTATACCAAAGCCATGAAAGCAAAGATTTTAAGTTTCAAATGTA
TTGAATTTCCAGAACCATGATTTACTTAGTAGCTAATATCTTTTCTGAAAATTTTAAAAAAGTCTTACAAATTGCATGCA
TCAAGATATCTCAAGATGATTCTAATTCACGTACAATATTCATGATATCTTACAAATTGCTGAAATGTGTAGTAGTTGAA
GAAAGTGTTTTGAATGGAGAAATCGGTGAGGTCTTGGAATGAGTAGTGGTGTAGTTGAAAGGGGACGGCTTGAAATAACA
TGACGAAGGGAAATTTCGCAGAACTCAAGAAAAGTTTCCATTTGTGAGACAAAAAAAATTCCCTTTGAAATATTTGTAAA
TCAAAACGGGTATAGAGAAGAAAATGCAGAGCTATAATGAGAAAATTAAGAAGAAAATAATACTGGTCCCATACATAATT
TATCGTGTATGAAAGGATGAATGATGAGTCAGGCGGGGTGGCCGTGCGGGTATTGGACAGTACACAGGAAGAGTTGAAAG
AAAGAAGGAAAGTGGGGATAGGTAAAGCTTAGAAAAAATAATAAGGTAATGATGATAGAATCGCATTAAAGCCAGACTTG
TCTTCTGTCCAGGCTAATTTATTTTAACTCCCCATTTTGTCTTCATCTCTCTGTCTTCTCTATACATGCTCAATAATTAA
TTAATTAATTAATTAATGATGATGATGATAATACCACATAAAAAAACAGTGCACTAATGGTGTTTTAATGCTTTTTTAAT
TTTTAAAAATGATTATGAGAATAATTTGTGAGGAAACAGGTCGTAGCATGTAACAGGTCGGGTGATTTACCGGTAGTAAC
AATACTAGCATCAGAATTCAGACATGCTGACTGATGACCTAGGAAATGTAAGAAATTAATTGGAGTTACATGCTTTTTGG
CGTTTGTAGGGTGTGGATACAGGCAGCTGTTTTAGCTATAGGTTTGTCTTACCTTTTCTTTCTTAAATAAAGAAAGAAAA
CAAGAATCTCAACACTGATTAAAACCCCTTTTTTTCCCAATTTAAAAGTTAAGCAATTTATTTTTTTAGCCTCTTAATGC
AGAAATTAATAATAATAATAAAGACAAAGAAAGAAAAACAGAGAGAGACTCGTATCACTATGCTAAAGTACATTGGTAAT
TACAAGACAGCACTGTAGAGGTAGTAGCAAGCACGACTACCTACGTTGTCTTTGCTTAATTAAACTGCTATATTTTCCTC
ACTGAGACCAGAAAAGAAAAGGGCCATCTTGCATTAGGAATTAACACAGCCCATTTTCTTAGAATTTTTTTTTTTTTATA
TTAGTATTTCAATGCCTCTCTCTCTACTCTCTCTGCTTTTATATACACCACACCACTATATATACAAGTCAAAACACCAT
ATGGGTTAGGCTTTCTATGCAGGGGAAGAAAAGGTGTGTG