RetrogeneDB ID:

retro_ttru_1840

Retrocopy
location
Organism:Dolphin (Tursiops truncatus)
Coordinates:scaffold_94064:75251..75614(+)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSTTRG00000010299
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_ttru_1840
ATGAAGCTGCTCACCCACAACCTGCTGAGTTTGCCTGTCCAGGGAATTGGGGCCTGTGGCTTCGCCCTGTGCCTCCAGAC
CACTGAAGTCCGCATTAACCCTGTGGAGTCCAACCCCGACTTTGTGGCGGGAATGATACCTAAAGTGGAGTGGGCAGTGC
TTCTGGAGGCTTCAGACACCTTGCATCTCTTCAAGGTGCCCAAAAAGCCAATTCAAGGACATGAACATAAGGAGAATTTT
CTGAGAAATATGCACCATGTGCTGCTAGAGGTGGATGTGTTGGAGGGCATCCTGCAATGCCCAGAGTCTGGATTTCTATT
CTCCATCAGACGTGGGATCCCCAAAATGTTGCTGAGTGATGAG

ORF - retro_ttru_1840 Open Reading Frame is conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 78.51 %
Parental protein coverage: 96.8 %
Number of stop codons detected: 0
Number of frameshifts detected 0


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalMKLLTHNLLSSHVRGVGPRGFPLRLQATEVRISPVEFNPDFVARMIPKVEWAALLEAADTLHLVEVPKEP
MKLLTHNLLS..V.G.G..GF.L.LQ.TEVRI.PVE.NPDFVA.MIPKVEWA.LLEA.DTLHL..VPK.P
RetrocopyMKLLTHNLLSLPVQGIGACGFALCLQTTEVRINPVESNPDFVAGMIPKVEWAVLLEASDTLHLFKVPKKP
ParentalIQGYEHDERFLRKMHHVLLEVDVLEGTLQCPESGRLFPISRGIPNMLLSDE
IQG.EH.E.FLR.MHHVLLEVDVLEG.LQCPESG.LF.I.RGIP.MLLSDE
RetrocopyIQGHEHKENFLRNMHHVLLEVDVLEGILQCPESGFLFSIRRGIPKMLLSDE

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






Tursiops truncatus was not studied using RNA-Seq expression data.
Tursiops truncatus was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_ttru_1840 retrocopy.
Tursiops truncatus was not studied using FANTOM5 data.
retro_ttru_1840 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Tursiops truncatus does not belong to any of the species groups (eutheria, teleost or neognath), studied for retrocopy-based homology. For more information about studied groups, please go to help section.

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 16 parental genes, and 501 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG00000010299 2 retrocopies
retro_ttru_1342, retro_ttru_1840 ,



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