« Back to Amborella trichopoda search


Detailed information on CNT0023995


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs: nothing found

Most similar lncRNAs:
CNT0006299, E-value = 2e-10 (V. vinifera)
CNT0044297, E-value = 6e-07 (A. thaliana)
CNT0035276, E-value = 3e-12 (P. patens)
CNT0020781, E-value = 1e-05 (Z. mays)
CNT0000589, E-value = 1e-05 (G. max)
CNT0030567, E-value = 1e-08 (O. sativa)
CNT0038248, E-value = 1e-05 (S. moellendorffii)
CNT0036309, E-value = 2e-07 (C. reinhardtii)

Expression of CNT0023995

ERR364329: 149.735 RPKM

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (54 aa)
MCRERNNVNKLLNAAKTGRRKLQLEYCLKKLKIKCTWFCIISTTFSYYISSECG*

>peptide 2 (39 aa)
MMCLLNGSCHDIKQRVFLYSYRTRGLDFSTVFLVGIDGV*

>peptide 3 (36 aa)
MIKILRNQTLEWLSLVPTSRFQFPLMTPLWFLRQAP*

>peptide 4 (37 aa)
MMVPVCVRGCAIVRERRWGVLIMQCVREVGGGVNYAY*

>peptide 5 (74 aa)
MKDQRIASQIPLSLQTLVCRLRPHNTNKSKQTQIVFLSLSLSHTLCPGSCKEQWVAMDGLLFILVLPDLKKASP*

>peptide 6 (57 aa)
MVYKLLLSFLMRERRIMNFAVWIMHDGPCVCARVRNCEREKVGGVNYAVCERGGGGC*

>peptide 7 (40 aa)
MVYEFVCRAGSLQVMIVVAVGLSTVFGLVFHDVFIEWVLP*

>peptide 8 (510 aa)
MLRKRSRAVSSKPNLMADYVSDTASVTEKFNKPSSSSFFGSPRLFTGFGTKGFSESDTATSPTSILDSKPFTGFGSHFWPDTKQLSSPRSNFEQRRALEK
MDSKGIGLGIVDSLTTENNDKDSKKPDARMVVFGSHLKISIPPYDPTLVSQASPLNLADSSPFLSKPRFDPSTPDLFGEAQFGCPENSRETQFGYSNSSS
SVPFSPSNHFGPANPTSSSETGFMFSNSLPFSPKHIFYSVASANSSETQLGGLNSLSSSPFSHENPAYSSETRFGKSNSNSSLPLSPQNVIISPRRTNFS
GAQIGNSSESTERPIVHSTSKGSLLFSPKNLVDSASFVNSSGTGLVYLNSNGSQGSSFQLEKRVIDSKDRVNSMEVSSPLSVGSPRVFTGCLSASEMEQS
EDYTCIISHGPNSRTTHIFDNCVVESPFVGSFSTKKENWAVYENQSTYPSHDFLSICFACKKKLGQGEDIFMYRGEKAFCSRECRSLEMMFDEGPENCFS
DSSVSSNAGV*

>peptide 9 (45 aa)
MDPIQGQPTYLITVLWRAPLLGLSLRRRRIGPSMKINRLTLPTIF*

>peptide 10 (66 aa)
VFKFCASKRNPLKTLALAESLPLVVVFPKPLSPDSHAEENRPFVSHLCESMAVLQFMIFCHMGLDH*

Sequence

>CNT0023995
GTCTTTAAATTTTGTGCCTCGAAAAGAAACCCCTTAAAAACCTTGGCGCTTGCTGAATCACTCCCTCTAGTGGTGGTTTTTCCAAAACCACTCTCCCCTG
ATTCACATGCAGAAGAAAACCGCCCTTTTGTCTCTCACCTCTGCGAATCCATGGCGGTTTTGCAGTTCATGATCTTCTGTCACATGGGTCTTGATCATTG
ATATAAACTTTAAAAAGTGGGAAACATTTTCAGGTGAAAGCTCCATAGTGGTTTTCAAAAGCGGTTTGGGTTTTGACAATGGTGGTTTCTCAGAGCTCCC
TTTCTCTCTGATTCCCATGCACCTTGTCTAAAAAAACCCACTTTTCCTTTTCTGCTCTCTCTGCAAAATCCATGGCGGTTTCGCAGAAGCCCCATTTGTA
AAATAAAAAAAAAACCCCATCTTTTGTTCTGTTTCTGGTTTGCGCTTTGGGTTTCCCAATATCTGTTGGGAAAATCATGGTGGTATTGGAGGTCCCTTTC
AGTTTATGGATTTTGGGTTTTCACAAAGAATACCAGGACGTTTATTTCGAATAAAAAAGAAAAAGGGGTTCTAATGTTGAGTAGAAGATCAAGCCATGTA
ACCAGGTCTTCACTGCACTCCATGACTTTGTGTCCATAAGAGACATTGGAAAGTATGCTTAGAAAGAGATCAAGGGCTGTAAGCAGCAAGCCAAACTTGA
TGGCTGATTATGTTTCTGATACAGCATCTGTAACTGAGAAATTCAATAAGCCATCTTCCTCTTCTTTTTTCGGTTCACCCAGGTTATTCACAGGCTTTGG
GACGAAGGGTTTCTCTGAATCTGATACAGCAACAAGCCCTACTTCCATTCTTGATAGCAAACCTTTCACTGGCTTTGGAAGCCATTTTTGGCCCGATACT
AAACAGTTGTCGTCTCCAAGGTCAAATTTTGAACAAAGACGAGCCTTGGAGAAGATGGATTCTAAAGGGATTGGTCTTGGTATAGTTGATTCTCTCACTA
CTGAGAATAATGATAAAGATTCTAAGAAACCAGACGCTAGAATGGTTGTCTTTGGTTCCCACCTCAAGATTTCAATTCCCCCTTATGACCCCACTTTGGT
TTCTCAGGCAAGCCCCCTAAATTTGGCAGATTCATCGCCTTTTTTGAGCAAACCTCGCTTTGATCCCTCAACTCCTGATCTTTTTGGAGAAGCTCAATTT
GGTTGCCCTGAGAATTCTAGAGAAACCCAATTTGGGTATTCGAATTCTAGCTCCTCTGTTCCGTTTTCACCGAGTAACCATTTTGGTCCTGCAAATCCCA
CAAGTTCTAGTGAAACTGGATTTATGTTTTCGAATTCCCTGCCCTTCTCGCCCAAGCATATCTTTTACTCCGTGGCTTCTGCCAATTCTAGTGAAACCCA
ACTTGGTGGTTTGAACTCTCTGAGTTCTTCTCCTTTTTCGCATGAAAACCCTGCATATTCTAGTGAAACGCGGTTTGGGAAATCAAATTCAAACAGTTCT
TTGCCTTTATCCCCACAAAATGTGATCATTTCACCACGGCGCACTAATTTTAGCGGAGCCCAGATTGGGAATTCATCTGAATCCACTGAAAGACCCATTG
TTCATTCAACTTCAAAGGGTTCTTTGCTGTTTTCTCCTAAGAATCTGGTTGACTCTGCTAGTTTTGTGAATTCTAGTGGAACTGGGTTGGTTTATTTGAA
TTCCAATGGTTCTCAAGGGAGCTCATTTCAGTTAGAGAAGCGGGTGATTGACTCGAAGGATCGGGTTAACAGTATGGAGGTTTCTTCACCTCTATCTGTG
GGGTCTCCTCGGGTTTTTACCGGGTGCCTTTCGGCTAGCGAGATGGAACAATCAGAAGATTATACTTGCATAATATCTCATGGACCCAATTCAAGGACAA
CCCACATATTTGATAACTGTGTTGTGGAGAGCCCCTTTGTTGGGTCTTTCTCTACGAAGAAGGAGAATTGGGCCGTCTATGAAAATCAATCGACTTACCC
TTCCCACGATTTTTTGAGTATTTGCTTTGCCTGCAAAAAGAAGCTAGGCCAAGGGGAGGACATCTTTATGTACAGAGGCGAGAAGGCATTTTGCAGTCGG
GAATGCCGTTCCCTGGAGATGATGTTTGATGAAGGACCAGAGAATTGCTTCTCAGATTCCTCTGTCTCTTCAAACGCTGGTGTGTAGGCTTAGACCCCAT
AATACAAATAAGAGTAAGCAAACTCAAATTGTCTTCCTCTCGCTCTCTCTCTCTCACACACTCTGTCCTGGTTCCTGCAAAGAGCAATGGGTAGCCATGG
ATGGTCTTCTGTTCATATTAGTTCTCCCGGACTTAAAAAAAGCCAGTCCTTGATATGAGGCACGCCTTTAAGAGACTTAAAACTCGTACAATATTTTCTT
GGGCTTCCTAATGGTGTATGAATTTGTCTGTAGAGCTGGTTCCTTACAAGTGATGATAGTGGTTGCTGTTGGTTTGTCCACAGTTTTTGGATTAGTGTTT
CATGATGTGTTTATTGAATGGGTCTTGCCATGACATAAAGCAGCGCGTCTTTTTGTACTCTTACCGGACTCGTGGCTTGGATTTCTCCACAGTTTTTTTG
GTTGGTATTGATGGTGTATAAACTTTTGCTGTCCTTTCTCATGAGAGAGAGAAGAATCATGAATTTTGCAGTGTGGATTATGCATGATGGTCCCTGTGTG
TGTGCGCGGGTGCGCAATTGTGAGAGAGAGAAGGTGGGGGGTGTTAATTATGCAGTGTGTGAGAGAGGTGGGGGGGGGTGTTAATTATGCATACTGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGCTTTTGGTTTAGCTAGTGGAAAACAGATTGTTTGTGCATAGTGAAACTGGTAAGAAGAGTTTGAGACTGATTTTGTTAGTTAGTTA
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGAGATATTATTGTGTGAGAGAGAGAGCATTGGGTTTAGGTAATGGAAGACAA
ATTATTTGGGCATAGTTGAGACTGGTAAGAAGATTTGAGAGGTTTTGTTTATGAATGATGAGATTATTAAGGAATCATAATGGGTGATTTCGTGACGTTA
AAGATCCCGTCTCCATTCAACGTTTAAGGTCCCACCAAAAGAGCCAAGACAAAATATTGAGATGATGTTAAGAGCCATTTTATGTGTTCCCTTGAATTAT
TTCGTGTGATGTATCATGAATGTGTAGAGAGAGAAACAATGTTAATAAATTATTGAATGCTGCCAAAACAGGGAGGAGAAAACTTCAATTAGAGTACTGC
TTAAAAAAACTTAAAATCAAGTGTACTTGGTTTTGTATAATATCTACGACTTTTTCTTATTATATATCTTCTGAATGTGGTTGAGGATTTCTTTGTGCTC
CTTTTTAATATTCTTTTTTCACGAGGTTTGGAAAGTTGGTTTTGGCACTTGAATCTTGTCAGTGTTTTTGTTTGGAAAGAGACAG