Detailed information on CNT0003475


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q5YLB4|GYRB_NICBE, E-value = 2e-06

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs
: nothing found

Most similar lncRNAs
:
CNT0034943, E-value = 2e-08 (P. patens)

Expression of CNT0003475

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (32 aa)
MLIFHDYVEQLFQTREHCSFRLNIFVFKFKEK*

>peptide 2 (36 aa)
MSKCMGSLRYVYNYPFQVVQVGCDERENMRISLERA*

>peptide 3 (53 aa)
MMPLWTCPHQPHFHSHHTQLNMLHSLSAHTTLLSSNSKLQMWKDKFLKVPQIL*

>peptide 4 (32 aa)
MLLLFFFFFLQSSFDSQENPSPIRFPRKFILV*

>peptide 5 (36 aa)
MITPSDFETTRLLAQALIRLLNFENLHKLVKNNTTS*

>peptide 6 (40 aa)
MRPEQLWETTMDPDQGRLLKQFVVKDAIKGSVVFSFLKGA*

>peptide 7 (39 aa)
GHPLLSFGASGIKKPFSEVALQTRESALFFSVILNPRRY*

>peptide 8 (39 aa)
MHKALALILVNHRDTCDISLSLCCSGFFIHMDGTIHSVN*

>peptide 9 (35 aa)
MVQRPDGKFNCSCCLHVCLHKSRMTSLARHIYELT*

>peptide 10 (98 aa)
MQNPQGKPNKLFFFSSCVFSLKNPRLIPKKIHPPFDFQENSSLFDFRENPCKTPKENQKNCFFFFAPCVFWICPRGLFAFVPLDLKFTNPKSTIFELG*

>peptide 11 (31 aa)
ATRFSHLGPRASRSPFLKLPSRRENPPYFSL*

>peptide 12 (32 aa)
MGAIMTQVVPILNIYGAHQDMLYPTLTYISQL*

>peptide 13 (32 aa)
MYLKALIYVGLIMTYMISNLDICRTNLNKRVS*

>peptide 14 (90 aa)
MFSCWHIDLLTRITKLLPPYLFINLPIRSYVMENFLVVPMMFFSLYHQVCLTMNKCKVIQDCCRNLIIEICWCRLRIAFSFDRFRNHLPG*

>peptide 15 (72 aa)
MMINLFTCSHDATMDMPTSATFSLSSHTTQHASLTFSTHHFIVLKFQAPNVERQVLEGSSDFIRISSLCIEK*

>peptide 16 (58 aa)
MLQDGGKRLGYRYIHEQLNLSLCILCYSLFLISLYIMSFFYIEKLGTTLNKFIDLCFN*

Sequence

>CNT0003475
GGGCCACCCGCTTCTCTCATTTGGGGCCTCGGGCATCAAGAAGCCCTTTTCTGAAGTTGCCCTCCAGACGAGAGAATCCGCCCTATTTTTCTCTGTGATT
CTCAATCCTCGCAGGTACTAATCTAATCATGTTATTATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATCCTCGTTTGATTCCCAAGAAAATCCATCCCCCATTCGA
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TTTCAGGAAAATTCATCCTTGTTTGATTTTCGAGAAAATCCATGCAAAACCCCCAAAGAAAACCAAAAAAATTGCTTTTTTTTTTTTGCTCCTTGTGTTT
TCTGGATCTGTCCTAGGGGTCTCTTTGCTTTTGTGCCATTGGATTTAAAATTCACGAACCCTAAATCCACGATTTTTGAGCTAGGCTGAAAAACACAACC
TTTGCTTGCAAATCATGATCAGATAACCAAATAGCATCTTATGTTTTTTTTAAAAATAAAAATAAAAATTGGACAGATTTTGTATCCTGTGTCCGAGCTG
GACTAGTAGGAAATATTGGGAAATTTCTCGAAAAATAGGTAAAAATACAGATAAATACATGCTTGTTGGGTTTCAAATCAAATGGGTTCTTCTTCCATAG
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GTTTGGGTTTTTCTTTTTCTTGGTTTATCTTTAGTTTACAAGAAACAGGAGTGAAGTAAAGTAGGTTCTTGATTTTTGTTTGGTACTTTGGTTTCTCATT
TTGAAACGTACATTTTATCTTTCCTCTTCTGCTTTGTTTGTTTCCAAGAAAGTGATCTAGGTTTAATATGCACTATGTTTTCTTTCTTTTTCTCAGTGTC
TGTTTGGTTTTCATGAAGCAGGAATGAAGTACAGTGTGTTCTTGATTTTTGATTGGTTTCCAAGAAAGTGAAGGAAAATGATATGGCTTGTTATCATTTT
TTTTTTCTTCATGCCAGAATGATTAATAAAAATGATATATAGAAGGGTTTCACAACTAAGCTCCTTGTTTATTTTGGTTGGTGTCTTCTGAAAATTATCT
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TGCTAAATTTCTGACTGGAGTATGCATAAAGCCCTTGCATTGATTTTGGTAAATCATAGAGATACTTGTGATATTTCTTTGTCCTTATGTTGTAGTGGAT
TTTTTATTCATATGGATGGCACAATACACTCTGTAAACTAATCATTCATTAGGTCAATTGTTGTATATAGTCTTTTGTCTTAGTTTTGATTTTGAGAATC
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TGTAGGCTAAGAATAGCCTTCAGCTTTGATAGGTTTAGAAATCATTTACCTGGATAGCCACATAACTCATAAGCATCTTGTCAGGGCTCTCTTTGCTGAA
ATGAGCAGGTTGAGAGGGGAAAAAAGGTATATTATTGTCATAGTACTGATGCAGAACTTAAAATATCTTTAGTGTCCCTTACCCCCGGTTGCATCATACA
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TATGAGCTGACCTGACTGTGCACATGGCATATGTTGGATAGGAAAATACATGTCCATATGTTTTCATAGTGTCAGGATAAACATATACCAAACAAACAAT
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AATTAAGCTGGAGATCCCCACTCCAACTTGTCTTAGCATTCAATGTAGGCATGCACTCATGTTTAAAATAGGTTCCAAGTGCATGTCATTTTATCAATGC
ATTTATTTTCAAAACAAGCTTAAATGAAATATCATTGTATTTGATGTTACGGCAAAGTCTAGGCTACGAATATTAACCAACCCTGTAGGGAACTGAATGT
GAAATTGCATGTCTATATATGATGATATTAAATCACTGTTTTGAGGCTTTCATTCTAATTTATGTGGATGCAATCCAGGTTTAGGGGAGATGAGGCCTGA
ACAACTTTGGGAAACCACAATGGATCCTGATCAGGGAAGGCTGCTAAAGCAATTTGTTGTCAAGGATGCTATAAAAGGAAGTGTTGTCTTCTCATTTCTT
AAGGGTGCTTAGGTAAAAGAAAAACATTTGGCTTTTTATGTTGTTCTTATCTATTCTCATATATAGTTTAAAGAAAATATCATTGTATTTTTTTTTATCT
AGAATTATATGATATTACTGCCAAGTCCAGGCGGCCAATTAACTAACCCTGCAGGGAACTGAATGTGAAATGACTAGTCCATATTTTTGTTATCATATTC
TGGGAAGCAATGTTGTATGTTAATATTTCATGACTATGTTGAGCAACTATTCCAGACACGTGAACATTGCAGCTTTAGGTTGAATATTTTTGTTTTCAAA
TTTAAGGAAAAATAGGTTCTGTACTCCCACTAAATTAATTCCTAAAAGAAATGTCCAAATGCATGGGATCCTTGAGATACGTATATAATTACCCTTTCCA
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TTGTTAATGGTTGAGAGCATGAGATTCGTGGGGTTGCAAGCTGATTGTGTGTGACTGTTAATGGTGGAGAGGTAAGTTGATAGTGCATGGCTATGAGACA
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TGCTTATTGAAGCAACACACATCAGCCATTGAAATACCATCAACATGCATTAGCCATTGAAGACACCATCAGCATGCATCGGGTTTTAAAGAGATACATC
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TTAATTATGAATTCATGTTGAAAATAGGATCATGATGTGTTCACTTTTTAGTTGTGATTTCATGTAGAAATTTGTTAGTGATTCTCCCTATCTTTGGTTG
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CAGCACACACCACTTTATTGTCCTCAAATTCCAAGCTCCAAATGTGGAAAGACAAGTTCTTGAAGGTTCCTCAGATTTTATAAGGATAAGTTCTCTTTGT
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GCTTTAATTAATAATCAAATGTATATTAAATATGTTTTGATTATATGTAAAATCATGATAATTTGATTGTCATTATCATTCTTAAATAATATCAAATTGA
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AATCTTGACATTTGTAGGACTAATCTTAACAAAAGAGTGAGTTAACCTTGACATAAGATTAAGTAATCTTGATATAAGTTGAATCCAACCTTAACATATA
TGAAAGAAACATTGACATATCACATACTAATAAGATTTCATCATTTGCAAAAATGGAGAAAATCTTAACATATGTATATGTCAAGTTACCTTTAAACTTT
TCTTGACACTGGCATAGATAACATATATGAACAATAACCTACCTTCACAGATATACCTTACATTGACAGTGAAAAACTGTCAACGAAGGCTTTTTTTCTT
GTAGTGGTCTTAGTCGAGCAAGCTAAGCATTGGG

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 5

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
VIT_02s0012g02500.t01 Putative uncharacterized protein protein coding CNT0003475 1168 529 UTR5 Trans
VIT_02s0012g02500.t01 Putative uncharacterized protein protein coding CNT0003475 481 280 UTR3 Trans
VIT_07s0005g03820.t01 Putative uncharacterized protein protein coding CNT0003475 1172 534 CDS_UTR Trans
VIT_10s0003g04810.t01 Putative uncharacterized protein protein coding CNT0003475 1177 529 UTR5 Trans
VIT_10s0003g04810.t01 Putative uncharacterized protein protein coding CNT0003475 489 280 UTR3 Trans