Detailed information on CNT0008534


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q8RWF4|NIPA8_ARATH, E-value = 2e-80

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs
: nothing found

Most similar lncRNAs
:
CNT0023666, E-value = 2e-22 (A. trichopoda)

Expression of CNT0008534

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (55 aa)
MAVQYLSRKEWGGTINNDVKLGWPIESYVVTRQTLNSLTGIICNHFCKLDVSLVI*

>peptide 2 (58 aa)
MKDFRSLMQYLLSLCFKSLGRFSPFVQDLCTFRNTRFARSPCLRQGMFSSPFPFLKWM*

>peptide 3 (137 aa)
MLAVPMNESKPYWHMLLPFSYAVVSGAVGSCSVLFAKSLSNMLRLSMSSGYSLHSWFTYSMLLLFLSTAGFWMARLNEGLSFFDAILIVPMFQITWTFFS
ICTGFVYFQEYQVCSFSVSTAGHVLLTLSFSKMDVKN*

>peptide 4 (52 aa)
MDMPMVFISSSLWRKLCLYFPFTNCTLYYSTRSLSEGSRCWDGEGNSICLKR*

>peptide 5 (38 aa)
MFGFKIAFTSIPKEEREIIPNFSCTNIGILNLSHIYKE*

>peptide 6 (35 aa)
MFSITRLWRRLTSCIISAGDAHGFIENNRLPRRWP*

>peptide 7 (36 aa)
MFGIVCEVSFKHVKIVHVKWLFIAQLVHVFHAPAVS*

>peptide 8 (37 aa)
TKNLNYFFFFCTIKYSCTLLLLSGSLTPLFLYQYTGE*

>peptide 9 (36 aa)
MKVSHIGTCCFHFRMQLFQVLLDHVRYCLRSLFQTC*

>peptide 10 (152 aa)
MFILGMISVFVGISLLAPDESKGGEVKDGSLVSTTSNLSQDEERLLMPSEDSQIKDIRSFGRVMLMKAANMIVKAKAACSVSLGFGEDSLHASSVLVMPM
VSSKITGFRGGGLDRAKILSVRGPGWNKFAVDKDSETILETTAMLPQGINLD*

Sequence

>CNT0008534
CAACAAAAAATTTGAACTACTTTTTCTTCTTCTGCACAATTAAATATTCGTGTACTTTACTCCTGTTGAGTGGTTCACTCACACCATTGTTTTTGTATCA
ATACACTGGTGAATAAAATCGTTCTATCCTGAGAGGATCTATTCCTTTAAACCTCGGGTACTAGAGGGGAATAATTTCCTTAAGGAGACACTGTACATTC
AGTGGGCTCGATTTTTCCTTTCTGTTTCATTCTGTTGTTACAGATCCTGTCACTTCTAGCAGCTTTGGGATCTATACAATTTGTCTCGAACATAGCTTTT
GCCTACTTTGTTTTGAACAAAACAGTGACAATCAATGTACTGGTAGCCACTGCCTTTATTGTTCTTGGAAACATCTTCCTTGTAGCCTTTGGCAACCACC
AGTCACCTGTTTACACGCCGGAGCAGTTGGCTGAGAAGTACAGCAACATTACGTTTCTTCTATACTGTCTCACTTTGGTCTTAGTTGTTGCTTTACATCA
TTCAATATACAAGAGAGGAGAACTGATGCTTGCTGTCCCTATGAATGAAAGTAAGCCATATTGGCACATGCTGCTTCCATTTTCGTATGCAGTTGTTTCA
GGTGCTGTTGGATCATGTTCGGTATTGTTTGCGAAGTCTCTTTCAAACATGTTAAGATTGTCCATGTCAAGTGGTTATTCATTGCACAGCTGGTTCACGT
ATTCCATGCTCCTGCTGTTTCTTAGTACAGCTGGATTTTGGATGGCAAGGTTAAATGAAGGACTTTCGTTCTTTGATGCAATACTTATTGTCCCTATGTT
TCAAATCACTTGGACGTTTTTCTCCATTTGTACAGGATTTGTGTACTTTCAGGAATACCAGGTTTGCTCGTTCTCCGTGTCTACGGCAGGGCATGTTCTC
CTCACCCTTTCCTTTTCTAAAATGGATGTAAAGAATTAGAAATGAATGTGTGTTGGGCATAAATTGCTTGATTATTTCCTCAAACATGTTTGGGTTTAAA
ATAGCGTTTACAAGTATTCCTAAAGAGGAAAGGGAAATAATTCCTAATTTTAGTTGCACAAATATAGGGATTCTAAACCTTTCCCATATTTACAAAGAGT
AATCACTTCTCATACTACTAATTTTCAAGTTCTAACAGCCTTTCTCAAGTGGGAATGTACATATTATTTGCTCTCAACATGCCACTAATACAGATTCAAC
ACTGGAGTTACAGTGACTTTATGAGAATGCCTTCTAATTGATCACTGGGGTTGATAAAACCTGTCGCAATGCACCTTGACTAAATTTTTTGTTGAATGAA
TGACAATTTACTTCTATATGCTTTGTTCTCTCGTGAAATACTGGGTTAAAGCAATGTATATTGCAGCTTGATTGTCACAGATCAATTGCATTGGTGCACC
TCCTGTACCTCTCAACTCTTCAAGATCTTTCTTTAGGATATAAGCTTACATGTGGCCAAAGCCATTACTCGATATTCCACTGTGGTTCTTGATCTAGTTG
CTACATCTTGCTTTTTGCTTTTCCAAATTAATAGATTTCCTCCTGTAACAAGAACTTAGTTCTAATTACAGAACTATTAGGATTCCAAACCTTACCATAT
TTACAAGGAGCGTGCTCTTGCTATATTGACAATCTAACAATAAAGTTGGGAGAAAGATCTATGGTCTCCATTTTGGTAGTCTAGTTGATTGCTGTATCTA
GGATGACAATTGTTTCAACTTTGATTTTCAAGTGAGTTTGCAGACTAAAAACCTAAAATTGTAAATTTACACAGGTCTTTGATGCATTAAGAACGACAAT
GTTTATTCTTGGAATGATTTCTGTATTTGTGGGCATTTCTTTGCTTGCCCCAGATGAATCAAAAGGAGGTGAAGTGAAGGATGGTTCTTTAGTTTCAACA
ACTTCAAATTTGTCACAGGATGAGGAGAGGCTGTTAATGCCATCTGAAGACTCCCAAATTAAGGATATAAGATCATTTGGACGAGTTATGCTGATGAAAG
CTGCTAATATGATTGTAAAGGCAAAGGCTGCATGTTCAGTATCACTAGGCTTTGGAGAAGACTCACTTCATGCATCATCAGTGCTGGTGATGCCCATGGT
TTCATCGAAAATAACAGGCTTCCGAGGAGGTGGCCTTGATCGGGCAAAAATATTATCTGTTCGAGGACCAGGTTGGAACAAATTCGCAGTTGATAAAGAT
AGTGAGACAATCCTGGAGACAACTGCGATGTTGCCCCAAGGTATCAACTTGGACTAGGAGAGCGTTGCATTGGTTTGTGGAGATGGACATGCCAATGGTG
TTTATTTCTTCTTCCTTATGGAGAAAATTGTGTCTCTACTTCCCATTTACTAATTGTACACTTTATTATTCCACTCGTAGTCTGTCAGAAGGCAGCAGAT
GCTGGGACGGGGAGGGGAATAGCATATGTTTGAAGAGGTAGGTCTAGCTAGCATGATTTGTAAGGGGAATATACTACGTTGATGAGAACACTTTGATAGA
ATGCTCATTTATCTCTTTGAGGCATAATCTTATAAATTGTTTTTGTAGTTTACGAGAATACTAGGTTTGACTGTAAGGCAAGACATTCTGCATTAGCTGC
TGGCTGTTGATAGTTTGAGCTCGCGTGATTGTTTTACTAGTGTAATTAATGTTCTGGTTTCCTCTGTCTGGTGACTGGCGCATATGATTCTGGCTGCAAC
CTAATCAACTACATAGCCTTAAACAGATAATTAAATGGTCTTTTAGAATCATGTACTCTAGATATACTAGCAGAGTCCAGAATTTCGATAAATGGCAGTA
CAGTATTTAAGCAGGAAGGAATGGGGTGGGACAATTAATAACGATGTGAAACTTGGATGGCCCATAGAGAGTTACGTAGTAACAAGGCAAACACTAAACA
GCTTAACTGGAATTATTTGCAATCATTTCTGTAAGTTAGACGTGAGTTTGGTAATTTAGTAGGCATGTTCTACATTTATATG