Detailed information on CNT0000143 (Glycine max)


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q570U6|EF4L4_ARATH, E-value = 2e-46

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs
: nothing found

Most similar lncRNAs
:
CNT0009970, E-value = 4e-21 (S. tuberosum)

Expression of CNT0000143

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (118 aa)
EEQGIYVTLHMCGVGIGVQCGATCKTKLVYVLRCLVCARNTHTPWCKRGFNAIISSVLFLLSGFFSIISGLSFFSFASHIPFSSKYLYIFLSTPTKFQKF
PLLSPFHVTYHNWDAPLS*

>peptide 2 (39 aa)
MEKSTRRELDPADLLNLSFRARNQEVYSESGRNLFGETV*

>peptide 3 (34 aa)
MFKFMKWSMFTDHLVKFSSLTFLDPIDVWWLSSR*

>peptide 4 (46 aa)
RRTRHLCYITHVWCWHWGSVWGNLQDQTCVCPALFGLCPQHTHAVV*

>peptide 5 (114 aa)
MDGDIFGELGNSTQVDSRLLQVFQKSLLQAQDILNQNRLLINEINQNHESKMPDNLSRNVGLIRELNSNIRRVVDLYADLSNSFTKSREASSEGDSSGTL
KSDGKVNQKRIRSS*

>peptide 6 (127 aa)
KKNKASMLHYTCVVLALGFSVGQLARPNLCMSCAVWFVPATHTRRGVNEVLTLSYHLSSFFSLDFSPSFQGFLSSLLPPIFHSPQNISTFSSLPQQNSKN
FPSYLLFTSLTTTGMLHFLKDYLLTES*

Sequence

>CNT0000143
AAGAAGAACAAGGCATCTATGTTACATTACACATGTGTGGTGTTGGCATTGGGGTTCAGTGTGGGGCAACTTGCAAGACCAAACTTGTGTATGTCCTGCG
CTGTTTGGTTTGTGCCCGCAACACACACACGCCGTGGTGTAAACGAGGTTTTAACGCTATCATATCATCTGTCCTCTTTCTTCTCTCTGGATTTTTCTCC
ATCATTTCAGGGCTTTCTTTCTTCTCTTTTGCCTCCCATATTCCATTCTCCTCAAAATATCTCTACATTTTCCTCTCTACCCCAACAAAATTCCAAAAAT
TTCCCCTCCTATCTCCTTTTCACGTCACTTACCACAACTGGGATGCTCCACTTTCTTAAGGATTATTTGTTAACTGAGTCCTAAGTGTAATTGAGATGGA
CGGTGATATATTTGGAGAATTAGGCAATTCAACTCAAGTAGATAGCAGGCTTCTACAGGTATTTCAAAAGAGCTTATTGCAAGCTCAAGATATTTTGAAT
CAGAATCGGTTGCTGATCAATGAGATAAACCAAAACCATGAGTCCAAGATGCCTGATAATCTGAGTAGAAATGTGGGTTTGATTAGAGAGCTCAATAGCA
ATATCAGAAGGGTGGTTGATCTCTATGCTGATCTCTCTAATTCCTTTACCAAGTCCAGAGAAGCTTCTTCTGAAGGTGACTCCTCTGGGACTCTGAAGTC
TGATGGAAAAGTCAACCAGAAGAGAATTAGATCCAGCTGATTTATTGAATTTGAGCTTTCGGGCACGCAATCAAGAAGTTTATTCTGAATCTGGAAGGAA
TTTGTTTGGTGAGACTGTGTAACTTCCTCCAAAGTTATTTTTGTGCCAAGTCTTCCATATTGGTGTTTATGTTTAGAGGGCCAGAGATTTAGTTAATCAT
CTGATCTATAAAAGTAGCTTCAATTTGAGGACTATACAATTGTGATTTTGTGTAACTATGTTTAAATTCATGAAATGGAGCATGTTCACGGACCATTTAG
TCAAGTTTTCAAGCTTGACCTTCTTAGATCCAATTGATGTTTGGTGGTTAAGTTCTAGATAGTTATTCATTTGTTCTGCTTGTTTGATCATTTGATTGGT
TGTTGTTAGTTGCTTCCCCTTTGGTTCTGTATTTGGATATTTGATGCCTGAGATCCAATAACTAATTTACTGCTTAAT