Detailed information on CNT0001784 (Glycine max)


BLAST search results

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BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs
: nothing found

Most similar lncRNAs
: nothing found

Expression of CNT0001784

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (32 aa)
MLAFWCEAYWFNCGHLDRILENKSWIFLHKDA*

>peptide 2 (41 aa)
MSVSIANLLVLSAHEKSKSRCILLLNFIQLNVYTIITPLIN*

>peptide 3 (51 aa)
MVLYLLVWEALLFYLSHSEHYYMLFFPLTIARRAMTIAVAVPLNSLSCSHH*

>peptide 4 (30 aa)
RDEWSLQGCSCYYQVMGCWDPCKLNACFLV*

>peptide 5 (33 aa)
MFLSDCQSGMLNLVVLNGHAMLIFFFPLYYHLQ*

>peptide 6 (29 aa)
MVRLRSNITLVVQESFASESEKTATFPCK*

Sequence

>CNT0001784
CGCGGGATGAATGGTCTCTACAAGGGTGTAGTTGCTACTACCAAGTCATGGGCTGTTGGGATCCCTGTAAGCTGAATGCTTGCTTTTTGGTGTGAAGCTT
ATTGGTTTAATTGCGGCCATCTTGATAGAATTTTAGAAAATAAATCTTGGATTTTTTTACACAAAGATGCGTAATATAATATGTTCACACCATGCTAATT
TAATCTAAGAGGGTTTTTACAATGTGTGTACTTGGATGGAAGCTTGAATCCATTTCCACAATCTTGAATCCTTGATATAACCTTGGAAGAAATCTTGAAT
CGATACTTGCAATCTTGGTATAAACCCATAGAAGAAAAGAATGAGGAAAAAATAGGATTTTTCCACAAGTTGTGCATACAAAAGTGTCATGGAGTATCGG
TTTTATAGCCATCAGATGAGAGCAGAGGTTTTCACCAACAAAAAAAAATGATGGGAGCAGAGGTCCCTCGTTTGGACAACAAAGTGCCCAAACAATCATA
GATCAGTTTACATCATAAGTCCAAATTACAAATACCTATCATTGTAATTGAAATAAAATAATATTAGTTTTCACAAATATTGTTTAATAATCTTAAATCA
ATCTAATAATTAATTAATATTAATCCACAAAAAATCTAACACATCATTCAACAAGTTGTGGCCTAGCATGAGCAGTTGTTGTATTGACTTTCTTAATTGG
CACTTTTGCTTATTGCTGAAAATTTAATGTGTCTTTGGAACACTTCATGAATTGGAGAGCATTCCTTGAAATGAAATGATTTACCGTGCATAAAATGATA
TGCAATGTAAGTGAATTGTATTGAATTGGTAAACTGATTTCGTGCCAAACTATTGTCTTAAAGAATTCAGCTATAGATGAAATTAGCTCTTTCATTTGAA
GTACAACTTTAAGAGGTAGTAATTAAATTATATTGAGTTTCAGCTGGTAATTGCAGCTTGAATACAGGTGCTTTGCATTTATAGAAACATGTAGTAAGTA
AATTATATTTTAGTAATCTTGTCTCCCAAGTACACAATCATATTGACATTACTATTTTCTTCTCTAAGATTGACATAATAATTTTGAAATAGATAGATGG
GAATTTAATTGTTCCATACTGGGAAAAATAAAGTATGTATTGTTGCACAGTTGTTTTCTTTTTCCATTGACCTTTTACAAAACAGATCCCATTTATCTCT
TTTTCACTTCTTGGCAGATAGGAATAGTAATAAGGGCAGCAGCATCAGGTCATCTACCGAATTATGGTTTTGTACTTGTTAGTCTGGGAAGCACTGCTGT
TTTACTTATCACATTCAGAGCATTATTATATGCTATTCTTCCCGTTGACAATAGCAAGAAGAGCGATGACTATCGCCGTGGCAGTCCCTTTGAACTCTTT
GAGTTGCTCACATCATTAGTACGGCGGTGGTAGTAATGGTTTGCATGTTCACGGCAACATAATACACATCTGAATGTCAGTTTCCATCGCTAATCTCCTT
GTACTATCGGCTCATGAAAAAAGTAAGAGTAGATGTATACTGCTGTTGAATTTTATTCAACTAAATGTGTACACTATTATTACACCTTTGATCAATTAAA
AGTGCATTAACTATCAAGTAATTTGAATCATGCTCTGGTCCAAGTAAGAGCAAGATGTTTACTGCAGTTTAATTTTATTCCACGAAATGTGTATACTATT
ATTACACACCATTGATCAATTAAAAGTGCATTAACTATTAAGTCATTTGAATCATGCTCTGGTCCATTTGTACTATAGGCTGTCACTATCTGAGATCTCC
CAGGTTTTTCCAAACAAGCTTAACCATTCATGTTAAATGATGATAATGGCTTTAAAACTAAAAGCTAAAAAGTTTCCTAGCACTTAGTAGGAAGCATAAT
TGAGAACATAAGGTTTTCTTACATATTCTTAATAATGTCTTATTTCTGTCCTTCTCTGTCTAGGAATCTGGTGTACATTTCATGTAGTATAAGAAGAGCT
TAATGAGTTGAATGGTAAGATTGAGAAGTAATATTACCTTAGTGGTGCAAGAATCTTTCGCATCTGAAAGTGAGAAAACAGCCACCTTCCCTTGTAAATA
AATATGGCAAACCTCATTTATGTTTCTTTCATCACTAATATTACCCAATTCCTTATAACTCATGTTTCTTTCTGATTGTCAATCAGGTATGCTTAATCTA
GTAGTTCTCAATGGTCACGCAATGCTAATATTTTTTTTCCCCCTATATTATCACCTCCAATAGTCATGCTAGGCTACAATTATGAAAATCAAGAAGTTTC
AACAAGATTGTTAATTCTTGATTAAGAGTGAAGGGATTATGATTGGTTAT

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 1

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
GLYMA17G35075.1 Uncharacterized protein protein coding CNT0001784 438 371 CDS_UTR Trans