Detailed information on CNT0001838 (Glycine max)


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|O82782|HIS3_ARATH, E-value = 2e-06

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs: nothing found

Most similar lncRNAs: nothing found

Expression of CNT0001838

Created with Highcharts 4.1.6Chart context menuExpression (RPKM)1.4450.9941.21900.1580.5441.1230.690.5660.8410.5281.230.3320.680.412leaves (SRR924099)leaves (SRR924144)leaves (SRR926169)seed (SRR639168)shoot apical meristem (SRR824155)shoot apical meristem (SRR824156)shoot apical meristem (SRR824157)shoot apical meristem (SRR824158)shoot apical meristem (SRR824159)shoot apical meristem (SRR824160)shoot apical meristem (SRR824161)shoot apical meristem (SRR824162)shoot apical meristem (SRR824163)whole seed (SRR639162)whole seed (SRR639164)00.10.20.30.40.50.60.70.80.911.11.21.31.41.51.6

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (41 aa)
MSMMPFHILCYNNVIGTLLLHENATSITIVYMNLCLLTFKF*

>peptide 2 (42 aa)
MMISFYLVSLLIGFQCVKVYRLNDDGKWDDQGIGHVSIDYLE*

>peptide 3 (60 aa)
MYLLWFFMQKNPQVFVVIFLLKTICRNFPANFPVDIYLQVMFLRNFLSILFPRKIIVPTE*

>peptide 4 (29 aa)
MSIRWQEKLVNFCGMCSYNLCFYIAINCG*

>peptide 5 (46 aa)
MYMDKASCFLLKCTLIIRIVYSTWSAIMKTTFPFILVLCFFFSFQI*

>peptide 6 (36 aa)
MRCVSRSLPCISNFIGKPYQSLFSSSFVLNFLGFRF*

>peptide 7 (36 aa)
MVQFNLLMMCCYYLGGHYMYKAFSVSHGVLGCHLSK*

>peptide 8 (48 aa)
MIIHLLMNFCCFGKLILFNEALASVFVAFVFHDIIGYVYDAISYLMLQ*

>peptide 9 (53 aa)
MFQSNLCLQLSNSDQIISDQIIYSQLYVLLLMTAYDNSFANELLLLWQTHPFQ*

Sequence

>CNT0001838
TAATTTGGTTCCTCCTTAGAAGTGTAAGTGGCTTGGAATCTGATTTGAATTGATCACACTCATTTTCCAACTTATTTATGTTTTGTTAGGTAAACTTAAA
ACCGTCACAAGCTCACAACATTAGGCTTAAGTCAGTGTCTCTGTCTTTCTTGTGCACTGATATGGTATTGGAACTGAAATTAAATGACACTTGCTGCTTG
TATAGAACTCTGAGGCATTTACTATTAGAAATTTGCTAATTTCCTGCGGATTTTGTCGTGAAAAGAAAATCCACATGTATTTGCTGTGGTTTTTTATGCA
AAAAAATCCGCAGGTATTTGTTGTTATTTTTTTGTTGAAAACAATTTGCAGGAATTTTCCTGCAAATTTTCCTGTGGACATATATTTGCAGGTAATGTTT
CTGCGGAATTTTCTGTCAATTTTATTTCCTAGAAAAATAATAGTTCCTACAGAATAAAATCAAGATGCAAAAATGGTGCATAGGGGTGTAGTTAGCAAAA
TAGCGTGTAAATAGCAAGTGCCAATATCAGTATGCGTTGCGTCTCTCGTTCTCTCCCTTGTATATCTAATTTCATCGGTAAGCCCTATCAATCTCTCTTT
TCTTCTTCATTTGTTCTTAATTTTCTAGGGTTTCGTTTCTAACCCTTTCTTTTCTTCTAAAGTAAAAATTAGGTGAGAAGCTTCGTTGTGCTTCGAGGTT
CGTTCCTTTGGTGCTAAAAAGTGTTATGAGTTTGCTCGTTTGAAAAATGAGGTTGTAATTTGTCGTTTGCTCGTTGCTTCGTTTATCTCATTCTCGTTCG
GTGCTTTGCTGTTTCTCATTTGAATCTGCGAAGTACGCTCCTCAGTTGTATGTTTCGTGAAATTTCTGCACAGTGACATTATGTGCGTTTCGTGAAGGAG
TTTGCTTCGATAATTGTTATTATTATGATTCTCTATTTTCTCAATTGAATATTATTTGTATAATCTGATTATGATGGAGTTTGTAATTTAATTGTGTTCT
TAGACATGCAGTTTTTGCAGTGGTGCCTCAACTGAAATTGATTTGATTGTCATTTTTTTTAGCTTATAATTCCTTTCGCAACGAGTTATTACTTCTTTTA
TTAAGTGAAAATTTCAAACACAATTTGGAAAAGACTATGCAGTATTCTAGTATTCTATATTTTATCTGTTTGAATTTTATTACCGTTAATATGTGATGGT
AGAATTTGTGAAGTTGTTGTTGCGTCACTGGGCAGTGCATTAGTTATGGACTTATGGTTCAATTTAATCTTCTAATGATGTGTTGCTATTATCTTGGTGG
TCACTATATGTACAAAGCTTTTTCCGTTAGTCATGGGGTATTAGGGTGTCACCTATCTAAATAACAATTCAAAGCTTTCACTAATTATTATAAAGAAATA
AAAGTTTAGTTACTATAAAACTATAGTGATATAGTGCCTTTTGTTTCCTGCCTCTATAGTTTAATCGTGGATTGAATTTACACTCCAAAGTAGAAAAGTA
AAATGATACAGGACATAGATTATTTGGCTAATGTTCAATTGCATCTTGTTTTTTAATTGTCCTATTGGGTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTG
TTTTGACCATTTTGTTGACACAAGACCATATGTATTGGTCTTCAAAGTGTCTATGCTATGCCTATATATATAACAATCACTATGTCTTTTATGGTTGATG
ATAGCTTTAAAACTTTTAGATCTTTCATCGGCTGAACTTAGCGTGGAGGACTGGTAAAATTTAGGCGGTCTGCAAGTTGGAGGGGGAATAAAATCTGATA
ATTGTTTGAGTTACATTGAGGAAGGAGCATGCCATGTCATTGTCACATTTGTAAGTCATATCTTTGAGTTGTTCAATGTTTTCATTCCATTATCTTCCGT
CAAATATTCATTGAGAAAAGAAAACATGTTTCGTTAAATGTATATGGATAAGGCTTCTTGCTTCTTACTTAAATGCACTCTCATTATCCGCATTGTATAT
AGCACTTGGTCTGCAATCATGAAGACCACTTTCCCTTTCATTTTGGTGTTGTGTTTTTTTTTTTCTTTTCAAATCTAGACTTTAAAAATGAAAACACAAA
AGGATCTATAATATGTCTATCAGGTGGCAAGAAAAGCTTGTTAATTTCTGTGGAATGTGTTCTTACAACCTTTGCTTCTATATTGCTATAAACTGTGGTT
AAGAGGCATATATGATGATTTCTTTTTACTTAGTCTCTCTTCTAATTGGATTTCAGTGTGTTAAGGTATATCGTCTGAATGATGATGGGAAATGGGATGA
CCAGGGTATTGGACATGTCTCTATTGATTATTTAGAGTAAATCTTTTTTATTTTTTATCTGAATGAAACTTTTATTTGTGACATGACAACTTGGGTAATG
TTATCATTTGATCTGTATAGCTTATTACACCTGGTGGAAAAAAGCTTTTGTATTGCTTCTTATTGAAGCCTACATTCTTATTTTTAGAATAATTACATTT
TAGTCCATATTGCTTTTTATCATGTTTCAAAGTAATTTATGTTTGCAATTATCAAATAGTGACCAGATTATATCAGATCAAATTATATACTCCCAATTAT
ATGTTCTGTTGCTGATGACTGCATATGATAATTCATTTGCTAATGAACTTTTGTTGCTTTGGCAAACTCATCCTTTTCAATGAAGCCCTTGCTTCAGTTT
TTGTTGCTTTTGTTTTTCATGACATAATCGGGTATGTCTATGATGCCATTTCATATCTTATGCTACAATAATGTTATAGGTACTCTTCTACTACATGAAA
ATGCTACAAGCATTACTATAGTATATATGAACCTCTGTCTTCTCACTTTCAAATTCTAGAGTGGTTGATATACACACTGAGATATACATGTTTATGAATC
TTGCCTTAATCTCTTGGAGCTGAGTTTCAAATTTTAGTTTGTCTCTATTGATGCCCGGATGATTTGTATTTGACTATTTGCAGTTGTTTGGAGAGATTCC
TGCACAGTAAGTATAAGTACCTTTCTGCATTCCCCCCTTTTATTTTATGCCTAAGTTCTTATAATTTATAGACTGATATGATCTAAATTCTACTTTTTTT
TTTCTTAGTTAATTTGAGTAGATTAATTTATAGATCTACATGGATAGATGTTCAAAATTTCTCTGGCAAACATAATTTGTGCCTTATTCATTGATTTGAC
CTACAATTTTTGTTTAGTTTGATTTATTTATCATGATCATTGTTAATCACAGGTTCAATCATACAGGGAAGGGTTTTTATTTATTTTTATCTGGAGTTAA
TGTTATGAAATATTAACCACGAGCTACGTTGTTCTACTTTACTGATCTAGTGACTTTTGTTGCACAGGAAAAATTACAATATTTTCACATAAAAGAGCTC
AAAGAAGCAAGGATTCTCAAAACAAAGCATGTAACTTTTCTAGAATGCATTTTCTAAGGACATAAGGATTTCCATTTTCTTTTGTTATGGATGAATAATA
TGTCTTTCCTTATTATATGAGGTATTAAATTGGTGTTTATAAAAACTGAAGGATTTTTTGTTGAATCTCTTCATTGGGAAATTCTCGTGCAACTCAGC