Detailed information on CNT0001892 (Glycine max)


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|P10978|POLX_TOBAC, E-value = 5e-17

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs: nothing found

Most similar lncRNAs: nothing found

Expression of CNT0001892

Created with Highcharts 4.1.6Chart context menuExpression (RPKM)7.1916.5948.2981.3314.2455.1956.2414.8492.5343.3382.952.9391.9263.0272.279leaves (SRR924099)leaves (SRR924144)leaves (SRR926169)seed (SRR639168)shoot apical meristem (SRR824155)shoot apical meristem (SRR824156)shoot apical meristem (SRR824157)shoot apical meristem (SRR824158)shoot apical meristem (SRR824159)shoot apical meristem (SRR824160)shoot apical meristem (SRR824161)shoot apical meristem (SRR824162)shoot apical meristem (SRR824163)whole seed (SRR639162)whole seed (SRR639164)00.511.522.533.544.555.566.577.588.59

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (57 aa)
MYLKILLTTFQISLPRSAMNLLTALTACAMPGLVQIMVYIRLPTSTRIKCRYAEDSH*

>peptide 2 (35 aa)
MQKIHTKDNLVDVMVNPMNANKFEWSQSSFGLSKT*

>peptide 3 (31 aa)
MLLVPCHFKFCMIFSDFHTADCPVDFDSTKL*

>peptide 4 (40 aa)
MGEIKTCQMKMERFTNEGQVFSWKIYSICLISNVKRKKLK*

>peptide 5 (65 aa)
MFLSDIDCWHTCLLYIKCILLVIKYDVQLNRCIYVLKNLGVICMLILPPLSYFTTKSHSSLFVFS*

>peptide 6 (29 aa)
MMLLSRCLANPNSKQLIELLKEHFLNYVM*

>peptide 7 (49 aa)
MQTSLNGVNPHLAYQKRKQQGNDKVERNLEAHKSSFKWEIVKLWTVKQL*

Sequence

>CNT0001892
CAATTACCCATTTCCTTATAGCACGTGATATTCCCCTTTTGTAAATCAGCAACCAGTACACCCCACACAACACTTATCACTTACGATCCTAAACACCAAG
CTTCCCTCACGAGTTTGATGGCTTAGCACCACTCTCTTTTCCTTAATTTCTTTCGTCGCAGTGGATGTTGTCGACACCCACAGCAACAAAAATCATCATC
ACCTTGTGTTCTTGTCTCTTAGCCATGGACCCTTTAACACCAAAAGCTTGATCTTTCTTCCCGTTACTCAAGTGTTTTATGTCGATTAAGGGTTAGAGAG
AAAGTTCTATACGCAGAGGACATCGTCTTATCGTACTCTTGGAAGTCCCTGGAAAATCTCAGGTAAGGGAGGGAGTGAGAGCTAATGTACGTTTTGGTGT
ACGAAGAGGGTTAGGAGTTCCCCGCTCTTAACTCTTTTGGGGTTTTATTGTCGAAGAGTCGAATTACGACTCGCTGTAAGACGCATATACTCGCTGCCAT
GGTTATATATAGTAATTAATCATGACACTGAGAGAATGATGTTGCTCTCTCGCTGTCTGGCAAACCCCAACTCAAAGCAATTGATCGAATTGCTTAAAGA
GCACTTTTTGAATTATGTCATGTGATGATTATGTAATTTATGATTATGGTGATCGATGTAGATGGTTACACTGCCTTTTGAAATCTGATTCATAATGCCT
TAATCGATTTAAATGCTTAACGGAATGAGTTGTGATTTGCTAAGTAGAGAATGTAGGGATGAGTTATAAATAAACTTTATGCTAAGTATTATTGATGATT
ATGCTTCAATTACATAAATTGTGGCCATTGAAACTTTGTGTGTGTAATTGCTTTGAATTACGCAATTTGTATTGATGTAATTGTTTCCAATTAAGAGAAA
TATACTCAATCAAGTGCTGATTATATTGTGAGAGAATGCAATTGTATAGTTAAATTGTGACTGGTGAGTTGTGAATGGTGTTTGAGAGATGCTTACATTA
TGTATATGGTTGCTCTAAGTGAATTGAATTGTGGTGCAAAACAGGATGTGTATGGAAGTGCAATTAATTGGTGTGAGTTCTAGATTGACATATGCTTTTA
GTGTGTTTATTAGGTGACTTGTAGATTCTGAGTTTCTGGTTTTAAACAAGTAAACTACACTACATTTAATGCTATATGCTAGAATTGTGAGACAGCACCA
CCCTTGTGTTATGGTTTGAACAGTATTTTCCACAGGTCTTTGTTTTTTATGCCCTTTTGGTAGTGTTGCAGATTTGTTTGTCCTCTTCGTAATGCTTTTG
GTCCCATGTCATTTCAAATTTTGTATGATTTTTAGTGATTTTCACACTGCAGACTGCCCTGTTGATTTTGATTCTACGAAGCTGTGAGATAAAAAATAAT
AAACTGCATTGTTTGGCATGTATTGATGCTTGCTATGTATTTTTAGTGAGAAATAGACTTGATAAGGATCTTGAGGATTTGGAATCGGTGGATTTTCATT
TTAAGGTAATTGATTATGAATTTTATAAGATGAGTATGGGATGGAATAAAATTATGTAGTTTGTTCTTCTTTGGAGATGAAATGAGACTTGATTTGAGGA
AGTTGTGGTAGTTGAAAAATTATAGAAAATATTCCAGTGCTTTCTTGATACTTTGAGAGGTTCTCTGTAAATTCTTAGTCCTAATGAGTTTTCGGTTTTT
GAGATTTTTCTCACCCAACTGCCTTTTATTGGTCTAAATTGTTTTCAAGCTAATGTATGGTTCTTAATTGTAGCTTTTGGTTTTAGAAAATTTTATACTT
AGTTCCTTCAATACTTCCTATCTACATCTATATCTAAATTTATATGAACTTATAATCATATTACTTAGTATAATTTAAATCCAAAATCCTTTACTTTTAA
AATTCGTATTTGATGTTTTAACTAGTCCTAAACACTTCTTTTTTTGAAGGCTTATGATTTTGCTTTATGGGTGAGATAAAGACTTGTCAAATGAAAATGG
AAAGATTTACAAATGAGGGGCAAGTGTTTTCTTGGAAAATTTATTCCATATGCCTCATCTCTAATGTGAAGAGAAAGAAATTGAAATAAACCATGCATCA
CAGCATCCCAGGACTTACTGGCACACTCCAGGCTTAGTGTCACCCAGACTTGGTGATATCCCAAGCTAAGTGCTACTTCAAGTTTCTGGGATATTCCATG
GCTTAGTGCCAAGGGTGTCATATAAATACTATTGGGGTACCCCATGTATGACATTATAAATGGAAGAGTAGTAATGACTAACATAGGAACATGCATCACA
CTCATATAGGATGACTAACTTTATGGGTTGGTGATTGTTTGATATATGGGGATTGTAATGATTTCAAATTGTGTGATGACTAGTGTAAGTACAAATACTT
TGATTGAGATATATGTTTCTATCTGATATTGACTGTTGGCATACTTGTTTGTTATATATAAAATGTATTTTGTTAGTCATAAAATATGATGTGCAACTCA
ATAGGTGTATATATGTGTTAAAGAACTTAGGTGTTATCTGTATGCTTATTCTCCCGCCTTTATCGTATTTTACTACAAAGTCTCATTCCTCCTTGTTTGT
GTTTTCTTGATTTTGCTTGGTTTTAAGCATTGAACAGGTGAGAAGGATCATAGGAAGGCCACAGTGGTAGGGCAGATGGTTGTTAATTAAACACAACAAC
CGAGGGTTGTGTGCTATTATATGTTTTGCTTGTGTTATGTTTTGTTTTGTATAGTGTATTTGTGGGAGCTAATGGCCTAGGCCTATTTCCTAATCCCCTT
GTTGTAAATATTTGTGACTTGTTATAGTGGGTATTCTCATCCCTTCTTTTTTTGAAAAACTTATGTCTCCCAAATTTGTATAGTTGATGTTCTTAGTACC
CACGAATAGTGAAATGTTATGTACTTGAACTTTGTCCTACCATATTCTTTCTTATAATGGATATATCCTACTCTATATGGTCTTCAATCAGTATCCAAGA
TTTTGAGTGATCTAATGGCTTTGGCCTTCTGCTAGCCTTATTACGTTCTACTTGAATAGTATAAACTGTTACTAACAACTAGATATACTTGAACCATTAT
TCGTATTCTATTGTTCAAATTACTCAAATTCTTATTCGACACAAGGCACTTTGACTGTCACAATACACAGTAGTCTTATGCTGTAGTAGACAAAGACACA
GCAAGCTGTAATTTGGATAACCTGCTCACTGACCCTCCTTCCAAGTGTAAACACATAGTCAATAGTAGATTTTCTCTTATCAAGATCAGCTGCATACTGA
ATCAACATAGCTCCTAACAATAAATTCTGATCTTTCAAAACATAATGCAACACCTGAGGTTCCATTGATGTATCTAAAGATCCTCTTAACAACATTCCAG
ATCTCTTTACCAAGATCTGCCATGAACCTACTAACCGCTCTCACTGCTTGTGCAATGCCTGGTCTAGTACAAATCATGGTGTACATAAGGCTTCCCACCA
GTACAAGAATAAAGTGTAGATATGCAGAAGATTCACACTAAAGATAACCTAGTAGATGTTATGGTGAATCCCATGAATGCAAACAAGTTTGAATGGAGTC
AATCCTCATTTGGCCTATCAAAAACGTAAGCAGCAAGGAAATGACAAGGTAGAGAGGAATTTGGAAGCTCACAAAAGTAGCTTCAAGTGGGAGATTGTGA
AGTTGTGGACAGTAAAGCAACTTTAAGTAAAAAAGGAACGGCTGAATATTTTGCCTCTACATAGCTAGGACTGTGAAATTAATTGGAAGGGTAGAAATTG
TGCCATGGCATTTAATGCATACGTTGCCATCTTTGCCTATAAATAGCTAGTCGTTTTGCTCATCAATTGTGGTATCCATTCTTAGAGAAAGTTCTTTGAG
TGAGA