Detailed information on CNT0002691 (Glycine max)


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q7XJE6|MCA1_ARATH, E-value = 5e-16

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs: nothing found

Most similar lncRNAs: nothing found

Expression of CNT0002691

Created with Highcharts 4.1.6Chart context menuExpression (RPKM)2.8812.7942.5590.5251.664.0263.2073.0082.2933.8092.1483.1292.1711.3171.132leaves (SRR924099)leaves (SRR924144)leaves (SRR926169)seed (SRR639168)shoot apical meristem (SRR824155)shoot apical meristem (SRR824156)shoot apical meristem (SRR824157)shoot apical meristem (SRR824158)shoot apical meristem (SRR824159)shoot apical meristem (SRR824160)shoot apical meristem (SRR824161)shoot apical meristem (SRR824162)shoot apical meristem (SRR824163)whole seed (SRR639162)whole seed (SRR639164)00.250.50.7511.251.51.7522.252.52.7533.253.53.7544.25

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (33 aa)
MIILTIVLTCVSGSAGKKLAESIIKEKLAGKHT*

>peptide 2 (36 aa)
MKEWQEQNQKTQEEMLNTLKDYEEFSNNDDQYIVIL*

>peptide 3 (39 aa)
MFLNRFILVPCTMLVGLLGHMFSLPFVTEDCECLLFFCL*

>peptide 4 (30 aa)
MVLVTPATAVVTPFSQPSPTLASLPSLSRH*

>peptide 5 (109 aa)
MKLVVFYHFGHGLQQSEYYKGDEIDRLDEPICPDDFMRERMISENNINSTIVQPLKKGAHSHAIIDACHGGKTIDLMHLCQKEKLDMQCYLSFDFMLVFH
THSYHLKGN*

>peptide 6 (32 aa)
MLVVDLKLFLQSGLKLNKFHRQMKGLKDLSYK*

>peptide 7 (41 aa)
MSLVFLLMKRKWLSINSKPFIHLRNLCSVCITYWLNGLFLP*

Sequence

>CNT0002691
CTATGGCCTTCAACATAACTTTTGAGTGTTTGTCGAATACAAAATTTCCTCTGCAACAGTAAACTCTGGAGTTTAATGGTCTTGGTTACACCTGCCACCG
CCGTCGTCACTCCCTTCTCTCAGCCGTCACCAACGCTGGCATCACTCCCTTCTCTCAGTCGTCACTGACGCCGCACAGCGTCCCTCAGCCCCGTCACACC
CCACAGCATCGACCCCGGAGCAAGCCTCCTCAGGTCCTTCCTCATTTTCTTCTTCCGCTCCTCCTGTTTCTTGAATTGTTTTTATTAATTATTTGCTTTT
AAATTTTGTGACAAGATTTTTAATTATTGAATGGAATTAAAATAGCGTTTAAATTAATCTTAGATATGATAAACCCACTTGGGTCCACTCAGCAGCGAGG
GTTATGGTAGTTTGGATGAGTTCTTACGTCTTAATTTTAGTGTGTTATCCCGGTCACTTTTAATTAAACCCTTGTAGTTGTTGTCCAAATTAGGTTTTCT
GGGTTCAAATGCCTTTAGGATATGCATTAACTTATTACTAGTCACCTCATAGTCTTTAATATCCCTAGGATTTAGTCACAAGCTTTAAGAAGAAAGTTTG
TGTAGTATTGGTTAGGTCTGGTATATGTGAATCTAGAATGTGTAGTTGATACTGTGTATTGTGTGTGTCTAGGAGTTCTGGTTTGGATTTAGATATTTTT
CAATTACTTAACACGAAGTTCTTGGGATTTTAGTGGGTGATTTGGGTGAAATAATTGGAAAGTTTTGCTAAATTATGTACAAGGCTGTCAGTGTTGGTGG
ATTACCTTACTAGGCTCAAGTGCTTCCGATTGATATTAGTCAGCAGGGTTATTGGGAGTCACATCACCACCATTTATCACTATGGTTTCGCCAATCTTAT
GCTCTACAGGTAATCATTTTATGATGCTTTTGTGAATGTTTTTTATATAATCACATGGATTTGTTGAATTGATAGCTTCGTAATGTTCTTGAATAGATTT
ATTTTGGTCCCTTGTACAATGTTGGTTGGCCTTTTGGGCCATATGTTCTCCTTGCCATTTGTAACTGAAGATTGTGAATGTCTCTTGTTTTTTTGCTTAT
GAAAAGAAAATGGCTATCTATAAATTCTAAACCATTTATTCATTTGAGGAACCTTTGCTCTGTATGCATTACCTATTGGTTAAATGGCCTTTTTCTACCG
TAGATTGGTAGTGTAGTTCTTGGACTTTACCAATCTCTTTGTTGTTTTAAATTAATAGATTTTTGTAATTTTCTAATTGTTCCTAAGCCATATAAATTGA
ATAAAATAAATTAATTTTTTTTTTTCTGTTTTTCACTTAAATGAAATTGGTAGTCTTCTACCACTTTGGACATGGTCTGCAACAATCAGAATATTACAAA
GGAGATGAAATTGACAGACTTGATGAACCTATTTGTCCTGATGATTTTATGAGAGAAAGAATGATAAGTGAAAATAATATAAATTCTACCATTGTTCAAC
CACTCAAGAAAGGTGCACACTCCCATGCTATTATTGATGCTTGTCATGGTGGAAAAACTATTGATCTTATGCATCTTTGCCAAAAAGAAAAGTTAGACAT
GCAATGCTATCTTTCATTTGATTTTATGCTTGTATTCCATACTCACTCTTACCACTTGAAAGGCAACTAATTGATGTTTTTTGCTTGCTTGCATAGGCAT
ATGGAAATGGAAGGATAACAAACCAACCCATAGTAAAAAAAAAACATTGACAAAACAAACAAGTGGTGGAAGGGCCTTAAATGATCTTACCACTCATTCA
CTATGTATGAATTCAATATGGTGGAAGGACCTTAAATGATAATTCTTACTATTGTTCTGACATGTGTTAGTGGTTCTGCGGGTAAGAAGTTGGCTGAAAG
CATCATCAAAGAGAAGCTTGCAGGGAAACACACGTGAAGTGCTCCCTGAATTTCTTTTTGGAACTTGATCTATCTTAACCATCTGGATGCTGCTAAGTTA
GTTTGTTTGAAGCTGGGAATTTCAATGAGTCTCGTGACAAGCACGTTTTGCTAGAGAGAACTTCCAAGTTTCAAATTAGCTAATGCTTGTAGTAGATCTG
AAGCTATTCCTCCAGAGTGGGCTGAAGCTGAACAAATTTCATAGGCAAATGAAAGGTCTGAAAGACTTGAGCTACAAATGAAGGAGTGGCAGGAACAAAA
TCAGAAGACACAAGAGGAGATGCTTAACACCCTTAAGGATTATGAAGAATTCTCTAATAATGATGACCAATACATAGTTATTCTTTAGAGCCATGATACT
TATATGGTTTTTTGTATTATGAGTTAGTATCGTTCTTCCGTGATTTTTTTATACTTAGTAGTAACATTTCTATGGTTTTTTTAATGACTGAGTAGCACTT
ATATGTATTATAGCTTAGTAGTTCTACTGTGAAGTGTTATGGTTATATGGAAACGAAATAAATATTTTGTGTTGG