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Detailed information on CNT0017109


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q9FMF7|DIT21_ARATH, E-value = 2e-82

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs: nothing found

Most similar lncRNAs:
CNT0005535, E-value = 2e-06 (V. vinifera)
CNT0044074, E-value = 3e-14 (A. thaliana)
CNT0035175, E-value = 8e-15 (P. patens)
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CNT0022148, E-value = 7e-06 (A. trichopoda)

Expression of CNT0017109

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (44 aa)
MAIALHFPINNRWFGPQPIASRCMGFSWTYNLSFDQDFNLFKRL*

>peptide 2 (147 aa)
DLLCGHCSFRHPKGPSNTLTLFFISINFPHFISFSSLHSLPEKKKWRDWHFTLHLQPPLPPQPPPHPSLVSPTTISDHVPPPFPPLLSVQFPPFDHLFPV
QDSILPAQDSIFFIPNLSFSIPFQNPLQEIHRLPNPSLLLHPLNQIR*

>peptide 3 (271 aa)
MERLALHSPSSATSAAAAATTSFSRLSYHHLRSRSSAIPTAALRPVSSLRSSISGSRFNLTGPRFNLFHPKPFLFNPLSKPTSRNPPSPKPITASSSPES
DKIVIVDVKPKPQGAKLIPLIISVSIGLIVRFLVPRPPEVSPQAWQLLSIFLSTIAGLVLSPLPVGAWAFLGLTTSVLTKTLTFSSAFSAFTNEVIWLIV
ISFFFARGFVKTGLGDRIATYFVNWLGKSTLGLSYGLALSEALIAPAMPSTTARAGGVFLPIIKSLTFSWK*

>peptide 4 (39 aa)
MDADVLENMICKEARKRVAAIACIVANSPKTSIKCMYCK*

>peptide 5 (35 aa)
MKLLTCKFITENSNLSRIALIASITKRDKNELFGC*

>peptide 6 (43 aa)
MNCLVVENSFTCQHFNFFFAFKNNEKQLYHMLFCIFKLKLAIC*

>peptide 7 (35 aa)
MSKKKEGNIPIHIDSHTFRFTLPLSIAIFMVVISV*

>peptide 8 (43 aa)
MCSAFCTGVARILCQKKRKEISQFILTLTPSALLFLSPLQFSW*

Sequence

>CNT0017109
CGATCTATTATGTGGCCATTGTAGTTTCCGCCACCCCAAAGGCCCCTCAAACACCCTGACCCTTTTTTTCATTTCCATAAATTTTCCACATTTCATCTCT
TTCTCTTCACTTCACTCTTTGCCGGAGAAAAAAAAATGGAGAGATTGGCACTTCACTCTCCATCTTCAGCCACCTCTGCCGCCGCAGCCGCCACCACATC
CTTCTCTCGTCTCTCCTACCACCATCTCCGATCACGTTCCTCCGCCATTCCCACCGCTGCTCTCCGTCCAGTTTCCTCCCTTCGATCATCTATTTCCGGT
TCAAGATTCAATCTTACCGGCCCAAGATTCAATCTTTTTCATCCCAAACCTTTCCTTTTCAATCCCCTTTCAAAACCCACTTCAAGAAATCCACCGTCTC
CCAAACCCATCACTGCTTCTTCATCCCCTGAATCAGATAAGATAGTAATTGTAGATGTAAAGCCCAAACCCCAGGGTGCGAAGCTCATTCCTTTGATTAT
TTCTGTTTCAATTGGTCTTATAGTCCGTTTCTTGGTTCCAAGACCACCTGAAGTTTCTCCTCAAGCATGGCAATTGCTCTCCATTTTCCTATCAACAATC
GCTGGTTTGGTCCTCAGCCCATTGCCAGTAGGTGCATGGGCTTTTCTTGGACTTACAACCTCAGTTTTGACCAAGACTTTAACCTTTTCAAGCGCCTTTA
GTGCCTTCACGAATGAAGTCATCTGGTTAATTGTGATTTCTTTCTTTTTCGCCCGTGGGTTTGTCAAGACTGGCTTAGGAGATCGAATTGCCACATACTT
TGTTAACTGGTTGGGGAAGAGTACTCTTGGTTTGTCATATGGATTGGCCCTGAGTGAGGCTTTGATTGCACCTGCAATGCCCAGCACTACGGCAAGAGCT
GGTGGGGTATTTTTGCCTATTATTAAGTCTCTCACTTTCAGCTGGAAGTAAGCGTGGTGATCCCTCATCCAGGAAGCTAGGATCTTACTTGATTCAATCT
CAATTTCAGGAATACATAACATATATGGGGTATGGAATGATGTCAGCTATATGAAGCTCTTAACCTGCAAATTCATTACTGAGAACTCAAATCTATCTAG
AATTGCTTTAATAGCTTCCATAACTAAAAGGGATAAAAATGAATTGTTTGGTTGTTGAAAATAGCTTTACCTGTCAGCACTTTAATTTTTTTTTTGCCTT
TAAAAACAATGAAAAACAGCTTTATCACATGTTGTTTTGTATTTTTAAATTAAAATTAGCTATATGTTAAAAAATAGATGTCAAAAAATATGTGTGGAAA
TATAATCCTCTAGCCTTTTCATATTCTCAACTCTCAAGTGTATAAAAGATCTTGATTCTGGAGAAGAACAAAGGGGGATGTAGGGGCATTTCGATATTGT
TGTGGTGATTCCGAACATTTTCAACATGTAGGTTGAAAAATCTGATGCGAAGTCTCTGTTGACCAAACTGTCTAGAATATGTGTGCATTCTTCCTGTTTC
TCGAGTTCTTCGTTACATTGCTTGGCTGATTATCCCTTGTGCAATAGACATAATATATATGTTGATATTTTATCATGTTGTTATATATATATATATATAT
ATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCTTCAATAAATTTTAACATGCGTGCTTATTTGTCGTTCAATTGGAAAATAAGGGTAGTTGTATAAACCAACTA
AATCAGAGAGCACGTCGTGGAGGCCTATGTTTCTATCCCCCGCAAAAGCTAAGGAAAACATGTAATGGAGGCCTATGTTTCTATTCCCCGCAAAAGCTAA
GGAAAACATCTCTAACTTGTTAGCATGGACGCCGATGTACTTGAAAACATGATCTGCAAGGAGGCCAGAAAGAGAGTCGCTGCAATTGCTTGCATTGTTG
CAAATTCCCCCAAAACCAGCATCAAGTGCATGTATTGCAAATGACTCAATACAGTAACTGCATTTGTAAAAAAAATTGAGAATATCTCTTGTTAAATTTT
GCATTTTTCTTTGTAGATTACCCTTTTCTGAGTACTTGTGTCCTTGGAGGTGCAAAAAACCTATGTGACAACCCTGATTACCTAACCCTTGGACTGCTTG
ACACTGGTTTTGGGGCCATCATTCACCATTGCAGGCAATTGTGACGACTTCCCCGCTCACACCTCCACTACGTACTCCTCCAGTTGTGTAAGCGTTTGTA
ATCTGGAGAGAAGAGACTGCCCCTTCAGCAACGACTCTCTGTTGGTCAATGTTGCAAAGCTGGAGACGGTAGGATATCTTTAGATGCCTTGTTGTTCAGT
AATTTATGGATCAGAAGTTACCAAGGGTTAATGTGTGTAATGTGTACTTTTACTTTTTCTTAAGTGTGTAATGTGTAGTGCTTTCTGTACAGGTGTAGCA
CGTATTTTATGTCAAAAAAAAAGGAAGGAAATATCCCAATTCATATTGACTCTCACACCTTCCGCTTTACTCTTCCTCTCTCCATTGCAATTTTCATGGT
AGTCATTAGCGTGTGAAATTCAGCTTCGTACTCCCTTTTAAGATATTTTTGCTTAATTAATTTAACAAAAAAATTTTGCTCCCGTCAATACTCTTATGAA
GCAAATACACTCTTCTTCAACTGTCTAAGAAATTCTAATCATTTGATCAATTTCATTGTTCATCCTTCTTAA