Detailed information on ENST00000404560

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 4

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000257189 desmoglein 3 protein coding ENST00000404560 510 312 UTR3 Trans
TCONS_00116668 desmoglein 3 novel protein coding ENST00000404560 510 312 UTR3 Trans
TCONS_00116668 desmoglein 3 novel protein coding ENST00000404560 538 299 UTR3 Trans
TCONS_00116669 desmoglein 3 novel protein coding ENST00000404560 510 312 UTR3 Trans

Sequence

>ENST00000404560 (3317 nt)
TGAACACAATATTATTTTAATTTAAGAATGCTTTCCTTTTTGTATAATATTTTTTGCTGAGCAAAGCACAAGCTATATCTAGCTCAGTATCTTGGACTTT<br />ATGGGTTCTTGATAGAGTTTGACTTAATTTAAGTTACTTGGGAGATTTTGTACAAGCACATTAGGTGTTTCCGTTATAATTGAAAAGAGAATAAATATTC<br />AAATCTGTCATTGATAAGGAAGCTATAGGCTTTAGGTGTTTCTGATATAATTTATTCATGGAATAACTGGTAACTAGTTTTTATTAACTATTTAATTTGG<br />TTAAATTATTATAATGTCTACTCTTTAATTTATTCTATTTTAACATAATTTGCCTTTTCTTCATTTTTCTAAGGTGGTTGTGGAGGCAGAGAATCAGGTT<br />ATACCTTGAAGGGACTGGCATAAACCCTGTACCTGTGGACCTTCACGAGCAGCAGCTAAGCTTGAATCAGCACAATAGAGCCCTTAACATTGAAAGAGCT<br />CATGATGAAAGGTCTGAGGCTTCAGGACCCCAACTTCTGCCAGTGAGAGCACTAAATGAAGTCTTCATTGGGGAGAGTCTGTCATCCAGGGCTTCCTACT<br />ATGAGATTTCAGTTGATGATGGTCCATGGGAAAAACAGAAGAGTTCAGGGCTCAATTTGTGTACTGGAACAGGATCAAAGGCCTGGTCATTCAATATTAA<br />CAGGGTTGCAACTCAGGCTGTAGAAGATGTTTTAAATATTGCAAAACGACAAGGAAATTTGAGTCTTCCATTGAACAGAGAATTGGTAGAGAAAGTAACA<br />AATGAATATAATGAATCACTGCTCTACAGTCCGGAAGAACCAAAAATACTTTTCAGTATTCGAGAACCAATAGCAAATAGAGTTTTCTCAAGCAGTCGTC<br />AGCGTTGTTTCTCCTCAAAGGTTTGTGTTCGTTCTCGTTGTTGGGATGCCTGTATGGTTGTGGATGGAGGAACTTCTTTTGAGTTTAATGATGGTGCAAT<br />TGCTTCGATGATGATCAATAAAGAAGATGAGCTTCGAACTGTGCTTCTTGAACAGTGAAGGATTTCCTCATGACAAATTTTGATTACTGGCGAGAATATT<br />TTTACTTCAGAAACAGACTACCAGTCGTAAAGTGACATTTTTTGGTTATTGTTGAGACTGCTTGCCCGTGGGCTCAGAAGTGAGATTTGCATTATTCTTC<br />TGTTGGATTCTGATAGAAAAAAAGACATTCACTGTATAAGAAAATGGATGGACTGAACCAATTAGAATTGATACCAGTGAAATTTTTATATTGCTTACAA<br />TTGGTAACCAAGAGTGCTGATACCTTTTTAAATTTAGAGGGGCAGGCTTAAATAAAGGACTAAATATTTAGGATTTGAAACTTAACTGTATAAGTGTGTT<br />TTCCTTCCCTTTCCTCCTAATTGTGGGATTGTCAGAACTGAACACATATCATTTGATTAGTGCATATTTTTTATAGTACCTGAAAACCAAGATTTTGAAA<br />AAATTTTCAAGACAGAGAATTTTGATAAATCCTGACATTGACCTAATTGACATAGGTAAATATGTTTGTATATGTGCTAATAATTTTCTAATTTCGGAAC<br />ACGATGATGTTATGACTATTGATTTAAAAATTTCAAATAATAATTTTTGAAATTATAGATGAATGCTTTCATTTGAGTTTCATTCTGTAATTCAGCAGTT<br />CTGGGTGAAATACAGATAGCAAAACAAATCATGATGCTGTTACAAATGTATTAGTTATCCAATAAGTGTTTTAAGTCAATTTTTTTAAAATGATATGAGT<br />CTTACAGGTTTCTTCCATCTTTAAAATGCTCAAACATGGATTCAGGGACTAAAAGGATGAACTGATTAGACATTTTCTATTAGGAGTTTGGTAAAATATT<br />GTAAAAATATCTTCACCTGTGTTAGGAGTATTATCAGAAAGAATGGATTCTTTAATAAATATGTAAAACACAGTAGTTTTGGAATTGCCTTCCTTAGTAT<br />TGTGGTTTTCACCTAGCTTATATTCCAAGATTTACAGAATAGCTTTTAGGATAAGATGTTAGGACTTTTTTTTTTTCCCCATGAGAATTCCTTTATTTTT<br />GGAGGAAATTATTATCTAATTATTGATCTACTTATAAGTAATCCTAGAATTTTTGCCAAAAGATCCTGTCGTTGCATAATCAAACAGTTGGTATTCTCGT<br />GCCGTTGTTCAAAGTCATGTGTTTCTTTCATTTGGTGCTGAAAATTTCTGTTCAATCATTGACAAATATTTATTGAACACCCACTCTGTGCCATGTAAAA<br />CTATGTCAGGTGCTGGATATGTTGATGAATGAAACAGACTCTATCCTTATACAATTTGAGTCTTGTGGGCTCAGAAGTAAATTCTGTGAAAGCTGGACGG<br />ATAGTCGAATTGAGTGCTCTTAGTTTTGCCAATATTTAACATGTTGTTCTTATCAATTTTTTAAAATAAATGTTAATGTACAAAGTTAATCTAGGTTTTG<br />ATGTATATCCAGAGAATCAATTTTTCTTAAAGTATCTGCGTAGACATTCATAGCAAAGAATTTATGACATATCAGATAGAAATACATTAAAATGTAGTGT<br />TTTCCCAGAGATTGATCTGGCTTTTTTTTTTTGATATACATAAGATACCACTTTATAAAGAAGCTCCATACTATAGAACCTCCCCTAACAGGCTTAAAAT<br />ACCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAACGGAGTCTTGCTTTGTCACCCAGGCTGGACTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCTGCAACCTCCATCTCC<br />CAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAGGCACCACTATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGATATGG<br />GGATTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGTATTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCC<br />CGGCCTTAAAATGCCTTCTTAAAGGAAAAATGCCAACTCCATCCTTAATCTCAAGGAAATCTGATTGTCCAAATAGATCTGTTAATATGTAACATATTAA<br />TAGGTAACTTGCTGTGTAAAATTATAAGCCATATTTTAAAAGGTTTTAAAAATACTTATTGTGCTCCATTTGTGATATAATTTCTAACATTTCTGCTCTG<br />TGATGGGGGTTTATTTGTAAGAATAAGAGGCAAAGGAATGTTAGCATAGCAAAAATGTGTTTGAATGAGTTAACCTTTTAATCGCAACCCTATGTGAATA<br />AAATTACTCCACTGTTA

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in ENST00000404560

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (61 aa)
MLGLFFFPHENSFIFGGNYYLIIDLLISNPRIFAKRSCRCIIKQLVFSCRCSKSCVSFIWC

>peptide 2 (55 aa)
MKSSLGRVCHPGLPTMRFQLMMVHGKNRRVQGSICVLEQDQRPGHSILTGLQLRL


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT101028 (Evalue: 0)

Best hit to Swiss-Prot:
sp|Q4G0N4|NAKD2_HUMAN (Evalue: 7.0E-149)