Detailed information on ENST00000404560

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 4

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000257189 desmoglein 3 protein coding ENST00000404560 510 312 UTR3 Trans
TCONS_00116668 desmoglein 3 novel protein coding ENST00000404560 510 312 UTR3 Trans
TCONS_00116668 desmoglein 3 novel protein coding ENST00000404560 538 299 UTR3 Trans
TCONS_00116669 desmoglein 3 novel protein coding ENST00000404560 510 312 UTR3 Trans

Sequence

>TCONS_00116669 (3316 nt)
TGAACACAATATTATTTTAATTTAAGAATGCTTTCCTTTTTGTATAATATTTTTTGCTGAGCAAAGCACAAGCTATATCTAGCTCAGTATCTTGGACTTT
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TGATGGGGGTTTATTTGTAAGAATAAGAGGCAAAGGAATGTTAGCATAGCAAAAATGTGTTTGAATGAGTTAACCTTTTAATCGCAACCCTATGTGAATA
AAATTACTCCACTGTTA

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00116669

In silico ORF/peptide predictions
Nothing found.


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

No hits found.