Detailed information on ENST00000502972

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 1

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000592474 phosphoribosyl pyrophosphate synthetase-associated protein 1 retained intron ENST00000502972 636 287 noncoding Trans

Sequence

>ENST00000592474 (1915 nt)
AATTTGTATGTCTTATTGAAAACATCTTTGAAAAACAGTACTTTTGGTGTGGTATGTGGTAGGTAAGACTTTGTAAGTTAAGTAGTTGTTCACTGAATGT
TAGCATCTTTTTTTTTTAATGTTCATATGGCCTTTTTTGCTGTTTATAAATTGTATAAACTATGTTCACTATTTGATCCTGTCAACCAATATTAGGAGTA
ACCACTGCATTATATTTACATTTGACTCTATGATAATATGTAATATTCACATTTTGACTCTCTTTGGGAGAAATAAAGAATAAATGTTAGTTCCCAGGCC
AAAATAACAGTTGATACTTTCTTCTGCATCAACATTGCATCTGTTAGACTGGAATGAAAACAACACATATTCTGATTAAAGGCTATGTTTTATACTTTTC
AAGTAATTATTTTCAACTTTTTTTCCTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAAC
CTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTGCCTCAGCCTCCTTAGTAGTTAGGATTACAGGTGTGTGCCACCACGCCCAACTAATTTTGTGTTTTTAGTAGA
GATGAGGTTTCTTGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTATAGTTGTGAGCCAT
TGTGCCTGGCCTATTTTCAGTATTTTTGTTTAAATTTTGTAAAAAGGTAAAATAAATGATTTTTGAAAATAGCTGGAGTTGTTTTCATAGAGTCTGTGGT
TATAGGACTATTTAACTATATATTGAGTAAAATCTATGCTATGTCAAGTTTTATTCAGTTGTCCCTAGTAGAATATATTTCTCTTTTAATTCTGTATACA
GTATGAGTAACTCCAGTTTAAAACACTGGTATTTTAATGAGTTTAAATTGTACTGTTATATATTATGATACATATTTTTCTTCTGGCTGTGGTTTAGTTT
TTAAAATTTTTGATGTCCATTTTAATTTTTAGAAATAAAAGCTTAAAAATATGGGTGGAAGTAGATTTCAGTTTGATGATTATCTTGGTGAAAGTATAGT
ACCTGTGAAATGGTGGTAATAATTTGATTCTTTATTCTATTTTGATTGTAGCTCCTTTTGTAAGGAGCATTTGTAAAATTTAGTTGCTTTAGAGTTATAC
AAATCCTTTTATTACCATTTATTAACTGTTTGTTGTTTTAGGACCTGATCCCAACCTTGAAGAAAGTCCTAAAAGAAAAAATATTACATATGAGGAATTA
AGGAATAAGAACAGAGAGTCATATGAAGTATCTTTAACACAAAAGACTGACCCCTCAGTCAGGCCTATGCATGAAAGAGTGCCAAAAAAAGAAGTCAAAG
TAAACAAGTATGGAGATACTTGGGATGAGTGAAAAATTACATCATTGGACATGAAGGAGTTTCAACATCCAGCTTCATCTAGGTGGTCATGATTACCTGC
ATGCTTTGAGCTCAGCAGCAGTCTTCATAAACACATTTAAAACAAGATCCTGGGTTTTTGTGGTTTGACTTCTATGGTGTTTTAAAAAAACACAGATTTT
TAGTGTTAATATTGTGTAAATGTACTCACCTTAGGGATTCATTTGAATGATGGTATTATACCATGATTGTATACAGTTTGTGAAATTGTTGCAAGGGCAA
AGATAACTCTTAAAAAACCGTCGAGATTACAATGCTCTAGAATCAGCATATAAGAAAATAAATGATATCTGCATGTTGAATTGGGGTGGATGGGGGGAGC
AAGCATAATTTTTAAGTGTGAAGCTTTGCATCAAGAAATTATTAAAAAGCTTTTTTTCTCCAGTATTTTCTGTATTATCTTAATGTTTATGGCAAATAAA
ATGTAAAGGAACATGC

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in ENST00000592474

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (64 aa)
MLEAASQSSWYGYMSSMCRGGTPGSWSVGCPLWDCISRNDDPNGSMYPFSPKLPCAKWQKPVSR

>peptide 2 (63 aa)
MIRMDPCILSHPNSLVPSGRNLYPGEHTLKYNLQIGNEHSTPVRKFSTFTFIMWILGSLNQLT

>peptide 3 (50 aa)
MMAKEKPPITVVGDVGGRIAIIVVWLYVIHVQRWHSWLLVSRLSTLGLYF


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT056004 (Evalue: 0)

Best hit to Swiss-Prot:
sp|Q8N2A0|CX062_HUMAN (Evalue: 5e-29)