Detailed information on ENST00000623776

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 3

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000276431 tumor necrosis factor receptor superfami... protein coding ENST00000623776 518 252 UTR3 Trans
ENST00000494969 colony stimulating factor 2 receptor, al... protein coding ENST00000623776 527 288 CDS Trans
ENST00000568559 transmembrane protein 170A nonsense mediated decay ENST00000623776 507 257 UTR3 Trans

Sequence

>ENST00000623776 (4811 nt)
TATTTTAATATTAAATTATGGCAAATATTTTAAATTTAAAAGTAGATATATATAAATTAGTATGATTTTTAAAATAATTTCAATAATTGTTTTAAAAAGT<br />AATTTTAATACATGTCAATAATTTATTTTAGACTCAAGGGGTACACGCACAGGTTTGTTGCATGGGTATGTTGCACGATGCTGAGGTTTGGGGTACGGAT<br />CCCGTCACCCAGGTAGTGAGCATAGTTTTTCAACTCATGCCCATCCCTCATTCCCTTCTTCCAATTAGTATGATTACAACTAAGAATTTTACTTTTACAG<br />CTCTAATTTAATACATATTGATCTAGACCTGGCAATAAATATTCTGCTCTAAGAAAGGTTTTATGTTAAATAACATGGTAGTTAGTCCCTTCAAAATAAA<br />AAATGTTGATTAAGAATACCAGCACGGGCCCGGCGCGGTGGCTCACACTTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGGTGGATCATCTGAGGTCAGGAG<br />TTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCTGTCTCTAGTAAAAATACAAAAATTAGCCAAGCGTGGTGGCAGGCGCCCATAATCCCACCTACTCGGG<br />AGGCTGAGGGAGGAGAATCACTTGAACCCGGGAGGCAGATGTTGCAGTGAGCCAAGGTCGTGCCGTCGCACTCCAGACTGGGGGAGAAGAGCAAGACTTC<br />ATCTCAAAAACAAAAAGTATACCAGCACTGATGACAACATTGGACAAGTAGACAAATCTAGAAGGGGCAGGTTGAGCTGTGTAGTTTTAGTGTTGTCACG<br />GTTTGTTTATATGTTGTGAAATATTCATTGAGATCAAAAGCTGGCATTCCTAACTTGTGTTATATGTATATTGGAGGCCATATGGAGTGGCAGAAGTGAA<br 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Expression



Full and truncated open reading frames discovered in ENST00000623776

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (76 aa)
MLELCMSTKRNPVSISSQPLYSLPQPLAITYILFISIDLFLLDNLYKWNHIIHGPLWPSSFFVLYLKKKTRYMCRT

>peptide 2 (59 aa)
MRILLVLFLWRKYKYSPVALYLWFCFPCFEYLMVNQGLKILNGKIPETNSWYVLNCGLF

>peptide 3 (59 aa)
MICTALEYLFFFFLRPNLTLSPRTECSGVIPAHCNPGSSDCPASASQVAGIKRCATTLG

>peptide 4 (54 aa)
MCHHARLIFVFLVEAEFYHVDQAVLELLTSGDPSTASQSAGITSMSHCAWPRIS

>peptide 5 (50 aa)
MWISDHFSPNIVLPENLHIEIYIYFIKNCFYIIVAVLSRYFWNIYVISYF

>peptide 6 (50 aa)
MMKSCAVSLSHLEDESSLCPMYPCCVCCLPISPLVLVIRLTVWYHSACNP


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT131238 (Evalue: 3.0E-66)

Best hit to Swiss-Prot:
sp|Q8N7I0|GVQW1_HUMAN (Evalue: 6.0E-21)