Detailed information on TCONS_00005420

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 4

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
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/>AATAATCTTTATAGTTATTAAGGTATTACAGCATAACTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCTATCTCG<br />GCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTTTCCTGCC

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00005420

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (96 aa)
EASPRIMATSATSPHAPGFPAEGRCGYYVEKKKRFCRMVVAAGKRFCGEHAGAAEEEDARKRILCPLDPKHTVYEDQLAKHLKKCNSREKPKPVSV

>peptide 2 (72 aa)
MHTAISCPAEFSDSTNLFLNFRFTCTITTTCMFHRCIKFTAKGQVWWLTPVIPALWEAKAGESPEVRSSRPA

>peptide 3 (66 aa)
KRALELWRPPRRRRTRLVFQLRVDAVTMWKRRNGSAGWWWPQGKDFVVNTLEPRRKKMLGKESCVL

>peptide 4 (66 aa)
MIWTHGTLHLPGSSDSCASASQVAGTRGAHHDARPIFAFLVETGFCHIGQAGLKLLASSDLPASAS

>peptide 5 (62 aa)
MLDRVLIVLSKKLYLVAFCLFVFVLFLRNSLCFPSWSTVAQSWLTATSNSWAQAILQPQPPK

>peptide 6 (55 aa)
MQSDMVWLCPHPNFILNCTSHNSHVLWEGPGGRQLNHGDGFPLTVLMVVNKPHEI

>peptide 7 (53 aa)
MIKQKKKFTLWPRKEMKKMSQRSGTLWLALLLHSVVTTGVIGDIMWAKNISGL

>peptide 8 (52 aa)
MMTLTTTTYLGLSPFNRKREHWLCLQISSLPKFQVSVKASMCNMCSEKSLRG

>peptide 9 (51 aa)
MSSWATCGMRKTSLETSNSTTKRQDNQNDDSEEHDDGGYRITDDGADCLPG


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT004779 (Evalue: 0)

Best hit to Swiss-Prot:
sp|Q9NUP7|TRM13_HUMAN (Evalue: 4.0E-90)