Detailed information on TCONS_00010905

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 10

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000338758 parvin, beta protein coding TCONS_00010905 624 303 UTR3 Trans
ENST00000588483 tropomyosin 4 protein coding TCONS_00010905 515 310 UTR5 Trans
TCONS_00119512 zinc finger and BTB domain containing 7C novel protein coding TCONS_00010905 528 279 UTR3 Trans
TCONS_00138868 WD repeat containing planar cell polarit... novel protein coding TCONS_00010905 565 344 UTR3 Trans
TCONS_00138868 WD repeat containing planar cell polarit... novel protein coding TCONS_00010905 864 635 UTR3 Trans
TCONS_00148704 WD repeat containing planar cell polarit... novel protein coding TCONS_00010905 777 533 UTR3 Trans
TCONS_00148705 WD repeat containing planar cell polarit... novel protein coding TCONS_00010905 777 533 UTR3 Trans
TCONS_00193640 hematopoietic prostaglandin D synthase novel protein coding TCONS_00010905 737 530 UTR3 Trans
TCONS_00252652 lincRNA novel protein coding TCONS_00010905 591 552 UTR5 Trans
TCONS_00252654 lincRNA novel noncoding TCONS_00010905 591 552 noncoding Trans

Sequence

>TCONS_00010905 (12658 nt)
TGATGACGTTGTTTAGACACTCAGGAACAGAGATTGCAGATTGGCTTAAGAGTGCGCCCTTTATTAAAGATGGTATGCATGGAAAGACATGGAACAATTT<br />TGGAAGGATACAAAAAAAATTGCCCATTTTGTTAATAGTCTCATTCAACCCCTTTGCTGACCTCATCTCCTGTCACTCATAACCAAAGGAGGCGGGTCCT<br />GGAGCCCTGTCCAATCAGGGACATTGACGTGGGAACTGTCCAATCAGGAGCGCAGCTTGAGAGGCGGAGGGGGTTTCCGGGATCTGGCGGGGCCTTTGTC<br />TTGTGCTCCAGCTGGAGCTTTGGTCCCGTATTCTCGGCTATTTATCCCCAGCTGCGGGAGGCCCTGGTGACTCTGCTGCTGCAGTGTCTGGTTTCCCTGT<br />GACCTGCAGGTACTGGGAGTTACATAGCTAAGATGCCAGGACACCCCGAAAGCCGGAAAACGAGACGCATTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAA<br />CTCCTTCCCTCAAGTGATTCTTCTGCCTAATCCTCCCAAAGTTCTTAGATTACAGGTATGAGACACCACACCTGGTCCTGGTTTCTATTTTTAAAAGTTT<br />TGCCAATTATAATACATATGTCACTCTTATGTTTTCTTCTAAGAGCTTTATAATTTTAACTTTTGCATTCAGAGCTACAGTCATCTATAATCAATTTATG<br />TGTGTGGCCTGAGATAAGAATCAAGATCTTTTCTGTGTGTGTGTGTGAATGTCTAATAGGCTTGGCACCACTAGTGCCAGTATAAGACATTATTTACTTA<br />CTGCACTGTCAACTTTGTCATTAATAAGTTGGTCATATATATTTTGTAAAAGTAGTTCTTAAAAGGATTATATTTTAGTTGAAGGTTAATTGGCAATTTC<br 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/>TTACTTTCCTTATACATCTTGCACATAAAGTGTTTTTCTATAACATTTTCCTCTTTCA

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00010905

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (92 aa)
MIGSSYSITISTVEIKLIQHGPETHASKNKRFTSTYMVRIIYLLLPKTSSELRQSFLSGRIFQGCGGYLLGASLEPVLKTFKMYIVGEVHTN

>peptide 2 (61 aa)
MSPAMSFLMLQPCVDQSVSACDWRRACLLQSHFAGVCKAAPIHVQLPVYWMFKDGLRGWAH

>peptide 3 (59 aa)
MTLFRHSGTEIADWLKSAPFIKDGMHGKTWNNFGRIQKKLPILLIVSFNPFADLISCHS

>peptide 4 (57 aa)
MVACTTMPSYFFLFFNRGKVSLVGQAGLELLASSDPPASASQSAGITGVSHCPQTVF

>peptide 5 (53 aa)
MTAQASNFKVTCLGTSFFSVLAHTLLVSFMSPHQSSVLNLILKTVVMGGSDGS

>peptide 6 (51 aa)
MLEIENKMLKDLGRARWHTPVIPALWEAEVGRSRGQEIETILANMLKPRLY

>peptide 7 (51 aa)
MASGSNPCHTCTGTCQFHHVFNCIFDYLPLIIYVQAAVGKVKFSTDFSFSC


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT076022 (Evalue: 0)

Best hit to Swiss-Prot:
sp|O00370|LORF2_HUMAN (Evalue: 8.0E-49)