Detailed information on TCONS_00034314

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 14

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000482603 glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase processed transcript TCONS_00034314 561 267 noncoding Trans
ENST00000620139 melanoregulin protein coding TCONS_00034314 512 294 UTR3 Trans
TCONS_00065859 ubiquitin specific peptidase 12 novel protein coding TCONS_00034314 609 272 UTR3 Trans
TCONS_00098643 fatty acid 2-hydroxylase novel protein coding TCONS_00034314 633 294 UTR5 Trans
TCONS_00098644 fatty acid 2-hydroxylase novel protein coding TCONS_00034314 633 294 UTR3 Trans
TCONS_00098645 fatty acid 2-hydroxylase novel protein coding TCONS_00034314 633 294 UTR3 Trans
TCONS_00098647 fatty acid 2-hydroxylase novel protein coding TCONS_00034314 633 294 UTR3 Trans
TCONS_00109814 lincRNA novel protein coding TCONS_00034314 502 290 UTR3 Trans
TCONS_00165715 LIM domain kinase 2 novel protein coding TCONS_00034314 581 288 UTR3 Trans
TCONS_00165721 LIM domain kinase 2 novel protein coding TCONS_00034314 581 288 UTR3 Trans
TCONS_00194686 E74-like factor 2 (ets domain transcription factor) novel protein coding TCONS_00034314 601 294 UTR3 Trans
TCONS_00195633 aspartylglucosaminidase novel protein coding TCONS_00034314 595 287 UTR3 Trans
TCONS_00204540 multiple C2 domains, transmembrane 1 novel noncoding TCONS_00034314 2479 2134 noncoding Trans
TCONS_00204896 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4A novel protein coding TCONS_00034314 608 286 UTR5 Trans

Sequence

>TCONS_00204896 (7395 nt)
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CTTATCCTGGATTTTGTCAGTAACTGGAGTTGAAGGACTTGAAGATTCTCAAGGATTGATCCAGAATATGTTCCAGCAAAAACTACAGCAGAGTAACTTT
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TAAAATGGGACTCAAAGGCTGAGTCGAGTATTAAATGAAATAATACACGTAAAGCACAGTGCCAAAAATCTGGTAATAACTCCATCAGTATAAGGCCACC
TTATTTGCCTTCTTTCACAATTATCACCAGAATTGAATTAAAATTCAGATGTGATCATGTCTTGAAATGTAGAAAGAGTTATGAAAATGTAAGACTTACT
AAGTTCACTTATCGAACATTTTTTGACCACCTACTATGTGCTATGCCTTGGACTAGGCTAGAGATACAACAGTAAACATCTTGACTAACGGAGATTATGC
TGCTATCTTGAAATTTTGCCTGTTCCCAAAAGCCCCCAGCATATTAATTTTGTTAAATATATATTCCCTTATTATATATATAAAACATATATATCC

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00204896

In silico ORF/peptide predictions
Nothing found.


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

No hits found.