Detailed information on TCONS_00047870

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 2

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000280571 Rab interacting lysosomal protein-like 2 protein coding TCONS_00047870 1839 791 UTR3 Trans
ENST00000562817 microtubule-associated protein 1 light c... lincRNA TCONS_00047870 650 299 noncoding Trans

Sequence

>TCONS_00047870 (13052 nt)
CTTGGTTTTTTTTCAACTGTGGCTTATAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAACAGAATTTCCTGTCTTAACCATTTTTAAGAGTGCAGATCAGCAGTG<br />TTAAGTATATTCACAGTGTTGTGAAACAGAGCTCCAAGATGCTTTCATCTTGCAAAACTGAAACTCTATACTCATTCACCATCTCCCTATTCCCTCCTTC<br />CCTGGTTTTTGTCTTGTTAATATTTGCTTTGCATGTCTTTCTCAATCTCTTTATTTTCAGCCTCTCATTATACTTTCTGTAGAGCTTTTGTACACAGCTA<br />TTTTTAAAAAGAAAAATCTAAGAGAATTTCTTTTAGTAGTCAAATATAATGTTTCCATGTACTATGATTACTGTTGTATTTGGGTTTATTTTTACAATCT<br />TATTTTGTATTTTCCATTTTCCTTGCGTATTCTTTGTTCTGCCACCCACCTCACACCCACTGACCCTTGCCCCACTTTCTGTTTTCTTTATTTTTTTTTC<br />ACTTTACTAGTATAGAAGCTATTTTTTCTATTTCTGTTGCTTGCTGTTTACCTGTATGTTTTTTTAACTTGTGTACTTAGCTTAAAAAACATATACCTCC<br />TCCAAAACAAAATCACTGTAGAATGCTTTAACTTTGAACTATCCTTTTCCATCTACCATATAACTGTTGAGTAATATTTAGTCCTTTCTGATTTTTAACC<br />CCTCAAAAATTGTCATTATTACAGAAATCTTTACTGTCAATATTTCTTAATAATTTTCTCACCATGCTTCCTGTATCTCATACCTCCTTTCTTGGTTCAT<br />TTTCCTTCTTGCTGAAGTATGTCTCTGAGTAGCCCTTTCACTGAGGATCCTTGAGAGGTGTACTACATTTCACCCTTTGTATGTCTGAAAACATCTTTGT<br 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Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00047870

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (96 aa)
MTSTVIRDRKCEDRHRRMPWEDGGRDWSCELKASEWCLELPEDGRGRERFSPRALIPNLFGTRDWFHGRQFFHRGMQGGGFRMKLFHLRSSGIRFS

>peptide 2 (89 aa)
MLSRECVALEHRGHSIVRRAGRGAAAASPRDGWHCARSRCGRVHLSPALGGSAAAVCAAVQSLRGGEVRHSVQLGVLGKAIRGKIADAH

>peptide 3 (83 aa)
MSSSYRPYEVGTLNIPTSQMGNRHGLVGVNRSQDPKSGSLALESKSLTTVCYRALLHRINSKEKEGQGQAMQIHLTEIPRKSS

>peptide 4 (81 aa)
MKRFSVIFLFFGAVIITSVLLLFPRAGEFPAPEVEVKIVDDFFIGRYVLLAFLSAIFLGGLFLVLIHYVLEPIYAKPLHSY

>peptide 5 (80 aa)
MGLGALEQGVVLVGEARAPQEPMERVGGSGTAGCRSRALPRGKAAKAQREIKHSAGGPALLGDPVHPLQPLARVPSPSLP

>peptide 6 (77 aa)
MAESKPHTRNFCFVFYLISVPSRLLVVTVYAKKKKKKKKILSPYPPHPLFSVSCHQRNESWDRNQAQCHRQNEKVCF

>peptide 7 (77 aa)
MSLGFLYLSECFHGSVLHWSTEDTRSCGAQGGGPPLPPRGMAGTVLGVGAGVFILALLWVAVLLLCVLLSRASGAAR

>peptide 8 (76 aa)
MNDRFLSTCILNAVMQKKPRRVGIRRRRLRGLKMDFTESLAWDNPIVNVCYGTLYAHGLLGDRAQRSFLKYRQKSS

>peptide 9 (62 aa)
MSPFWGVFTFHLCSPFSKASEEGIFSTSDITLYLSDLPDQMKFALNGGALVRFHFGSLILTP

>peptide 10 (58 aa)
MAEAWSSTRGSSPGPRKTKATFDELGLLSISGIAFRTGLGHKPTLKTLELHSGKTVLV

>peptide 11 (58 aa)
MSVMVPCMLMAFLETGLRGHSLNTDRSHLSVQNHSVISGLRTCSLYCSLPRGDPVADW

>peptide 12 (54 aa)
MLCLNAMRPAPSLVLSFGDFFCLPVVIFLPLNWSYPSFTLGILSISYYCCNRLP

>peptide 13 (54 aa)
MKQRVVEFSKVFCSKNNRSGGGEGMLWFFLIMTLGRSKNKNYTFPFLGIGNYQE

>peptide 14 (53 aa)
MILSLPHLMFVDLLALCHLFLPQILVVHNLCAKNWGYHSEKDIRSLPSWSLLF

>peptide 15 (53 aa)
MFPCTMITVVFGFIFTILFCIFHFPCVFFVLPPTSHPLTLAPLSVFFIFFSLY

>peptide 16 (52 aa)
MSENIFVLHLLLRESCMPACGFSFVSAGIQWVLTFSLVFMLIFLFGIPISHR

>peptide 17 (52 aa)
MGADRQISVLGFPQPSVFFPTPYPQPKSSFLRPDPELAQCLLHVSSATLTCW

>peptide 18 (52 aa)
MYYDYCCIWVYFYNLILYFPFSLRILCSATHLTPTDPCPTFCFLYFFFTLLV

>peptide 19 (50 aa)
MLTSSLFHYPSLPYQMSHPSPQNSAFIRKKDSSRCPRNCPSASRVPAWLD


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT024936 (Evalue: 0)

Best hit to Swiss-Prot:
sp|A2RU14|TM218_HUMAN (Evalue: 3.0E-42)