Detailed information on TCONS_00047870

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 2

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000280571 Rab interacting lysosomal protein-like 2 protein coding TCONS_00047870 1839 791 UTR3 Trans
ENST00000562817 microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta pseudogene lincRNA TCONS_00047870 650 299 noncoding Trans

Sequence

>ENST00000562817 (13051 nt)
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CCTGGTTTTTGTCTTGTTAATATTTGCTTTGCATGTCTTTCTCAATCTCTTTATTTTCAGCCTCTCATTATACTTTCTGTAGAGCTTTTGTACACAGCTA
TTTTTAAAAAGAAAAATCTAAGAGAATTTCTTTTAGTAGTCAAATATAATGTTTCCATGTACTATGATTACTGTTGTATTTGGGTTTATTTTTACAATCT
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CCTCAAAAATTGTCATTATTACAGAAATCTTTACTGTCAATATTTCTTAATAATTTTCTCACCATGCTTCCTGTATCTCATACCTCCTTTCTTGGTTCAT
TTTCCTTCTTGCTGAAGTATGTCTCTGAGTAGCCCTTTCACTGAGGATCCTTGAGAGGTGTACTACATTTCACCCTTTGTATGTCTGAAAACATCTTTGT
TTTACACTTACTCTTGAGGGAGTCTTGCATGCCAGCCTGTGGGTTTAGTTTTGTCTCTGCTGGGATCCAATGGGTTCTCACTTTTAGTCTAGTTTTCATG
TTAATCTTTCTATTTGGGATTCCCATATCACATCGGTAGTATTGAATCTCACACATGGATATGATGTGAGGTGGGGATTCAGATTTCTCTTGGGCTGTTG
TTTTTTGACCTGTGGCCTGAAGCACTCAGCCAGCTTCCTTCCAACTAAGTCAGTAGCAAATTATTTAGACCCTATTTCAAAAACTGGTCAATCCTGTGAG
GGCCCAGCTTTCTGCATTGTTCTCATTGCTAGTTCTTTGCCATCGTGGGCTTGAGACCTTATCTGCCCTGAAGAGAATCACCCTGAAGGTCTGTATCAGG
CACCAGGACCCTCGTAGACTTTTAGGCTCAGCTCAGGCCTTGAGTTACATTTTTTTATAGCACTTAATGATTTTTCTTTATTGCTTTCGAGCTCTGCTGT
GTACTAAATTCTTCTTGTTCTATTTTATTGAACATTTATGTGTTTGCTGTTGTATGAGGCACTTCCCTTGTTAACTTCCATCCAGCATATTGACCAGAGG
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TTGGGGTTGAGGGCTAGTTCCAGGCAGTGGAAACAGCAAGTACAAAGACCCAGAGATGGGGAAACCCCGGGCGTGTTAGAGTGACCGAGATGGCGCCCAT
GTGGCCCTAATGAGGGCAGACTGCTCCCCAGAGAAGTTAGGCATGCAGGTGGGCCCCAGGTCCCATCTCCCCTCACTCTGTCATCTTTTCACTCTGATTC
TTTCCTAAATGTGCCTGTGCAGAGTATTTCCTTTGTAAAGCCCCTCTCACTATTGCAGTTCCCACTGCACTTCGCTTTTACCATTAATCAGAATGTAATA
TGGACACTTGTTTTCAGGACAATGTTCTCCAATAGACCTTGAGCTTCTGTCAGAAGATATCTTATTCACCTTTGGCATCCCCAGCTTGTAGCGCAGTGCT
TTACATGGTGGGAACATCATAAATGTTGATTCAATAAACGTATTTTTTTTACCAGTTCATGCTTAGACCCTCCTTTCCAATAACTTTATAACTTCTCATA
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TGGAGCTACCAGAAGATGGAAGAGGCAGGGAAAGATTCTCCCCTAGAGCACTGATCCCCAATCTTTTTGGTACCAGGGACTGGTTTCATGGAAGACAGTT
TTTCCACAGGGGGATGCAGGGGGGTGGTTTCCGGATGAAACTGTTCCACCTCAGATCTTCAGGCATTAGATTCTCATAAGGAGCCTGCAACCTAGATGCT
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GCCTGCTGCTCACCTCCTCCTGTGCGGCCCAGTTCCTAAAAGGCCATGGACCAGTACCAGTCCATGGCCCAGGGGTTGGGGACCCCTGCCCTAGAGCCTT
TGGAGGGAGCACAGCCCTGCTGACACCTTTATTTTGGATTGCTGGCCTGTGAGAAAATAAATTTCTATTTTGAGCTGCTAATTAGGAAACTAATAGATAC
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GCACTTAGCACACAGTGAATGTTCAAAAATAGTGATGGCTGTTCCTCTTCTTTAAGGACTGGGAGTTTTCATCCTCTTGAATAAGAACTCGACAACAGAG
TGGGAACTTTCTGTCTTGTGATCCATTGCCTGGTGAGTCACAGCTCACACCATGGATTTAACCTGAGAGCTTCAACTTCTGCTTTGGCCCTGGAGTTCCC
ATGCCCTGGTGTCTTCTACCAGTTCTTAGGTAGGGTTTTATATTCAGAGAGGGTTCAGCTTTCTCCCGTGGGCTGGGGGAAGAGGTCAAAGTAGAACTCA
GGTACCAAATTTGAAAGGAAACACTCAGAAAAAACTTCTGAGCGCAGAGCGGAAAACACCCTCTCAGTCCCCACCAAAGAGAAAGGCTTTGGGTTCTAAA
TTTCCAGTTTCCATTAAGGGACTCTGGGACTGGACATTTCTGAAAATTAATGACCTGTACTGAGTAATCCTCCTAACACACTGATCATCAAAAAATAACC
TGTAATGAGTTTAGGCTTTCTGTATTTGTCTGAATGCTTTCACGGGAGTGTGTTGCACTGGAGCACAGAGGACACTCGATCGTGCGGCGCGCAGGGCGGG
GGGCCGCCGCTGCCTCCCCGCGGGATGGCTGGCACTGTGCTCGGAGTCGGTGCGGGCGTGTTCATCTTAGCCCTGCTCTGGGTGGCAGTGCTGCTGCTGT
GTGTGCTGCTGTCCAGAGCCTCCGGGGCGGCGAGGTAAGGCATTCTGTCCAACTGGGAGTCCTAGGTAAAGCAATTAGAGGCAAAATCGCTGATGCTCAC
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GTGTATGTGTTTATGAATTGTTCAGATTTATGGCAGAGGCTTGGTCCAGTACCCGAGGCTCTAGCCCTGGACCCAGGAAAACGAAAGCAACATTTGATGA
GTTGGGCCTGCTTTCTATATCAGGCATTGCCTTCAGAACAGGGTTAGGCCATAAACCGACTCTGAAAACACTAGAGTTGCACTCTGGCAAGACAGTGTTA
GTATGAAGCAGAGAGTTGTAGAATTTTCTAAAGTATTCTGTTCTAAAAACAACAGAAGTGGAGGTGGAGAGGGGATGCTTTGGTTTTTCTTGATTATGAC
TTTGGGCAGAAGTAAAAATAAAAACTACACATTTCCATTCTTAGGAATTGGGAATTACCAAGAATAAATGGGAATGCACCCAGCTGGTACCTGTCTAGGA
AGAAGGACTTTGGGATGAAGAGGTTCTCTGTCATTTTTTTATTCTTCGGTGCTGTGATCATCACATCAGTTCTGTTGCTTTTCCCGCGAGCTGGTGAATT
CCCAGCCCCAGAAGTGGAAGTTAAGATTGTGGATGACTTTTTCATTGGCCGCTATGTCCTGCTGGCTTTCCTTAGTGCCATCTTCCTTGGAGGCCTCTTC
TTGGTTTTAATCCATTATGTTCTGGAGCCGATCTATGCCAAACCACTGCACTCCTACTGACCACTCTTCAGGAAAACGAAAACCTGTTCTCTCCTTCATT
GTGATGACATTGATGAGCAGGAAGGCACTATTCAGAGCCTTGTTTTGACAGCCCTCATGCCTTAAGGTTAGAGGAGTATCTGTCCATCACTAAGACAAAT
CTCTGGAGTCCTGGCTTCCAGAAACAGGATTGCCAAATTGTCCCTGTGGGGCTAGATTCTTACCAGCTTAAGAAGGATATTGCTATCTTCTTAGTACCCG
TACCTTAGGATTTCCAACTGTTTTGAAAGGGAAATAGTAACAGTGATCTGCTTAGAGTGGATTTTCACTCAAGTCCTTAGTAAGTGGATTTTGGGGAAAA
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TTTAATGTGATAATTTGGAAGACTTACTCAGATGTTGGTCATTGACCACTCTGTGCATATATTTCTGCAGAGCTCTGTGAAGGCAATGAGTGTCACTTCC
CTCTGCTCTAATAAAGCAATAAATAATAGCTAAAGGGCTGACTTTCACTTCGAACTCTTGGCCACGGCTTTTTAATCAAGTTCTTTAGGTTTCCTTGGGA
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TAATTACCATGAGTCCATTTTGGGGTGTCTTCACTTTTCATCTTTGTAGCCCTTTCTCCAAAGCTAGTGAGGAAGGTATATTCTCAACATCAGATATAAC
TCTATACCTGTCTGATCTCCCAGACCAAATGAAATTTGCATTAAATGGAGGGGCCCTGGTCAGGTTCCACTTTGGAAGTCTGATCCTGACTCCCTAGAGC
CATTTGAAAAAGAATCTTCTGGCTTAAAATTAAGAACCAAGAAAACAAGTTGGAAAGAGATCACTGATGGAGTATGTGCTCTATGCCAATAGCACACTAA
TTCCTTTGAGGTTTAATTTATTTAATTTTTACAACGGTCTCATTTTTATCATCCCCACTTTAAAGTAGAAAAAATGGAAGCTTAAAGAGATCAGCTGACT
TGCCCAACCTTCACCTAACAGCCAGTGTGCAAACCCAGGTGTGGTAGGCCCCAGGGCTTGTCTCAGAGAGAAAACACACTAGGGTTTGTGGAACTCTGAT
TGAGAGCTTCAGGTAGGTTAAGGCCACACTGTTCCTTCACTTTCTCTCCTCAATTCTGTTTTCAGGGTAGAGAAGTTACCCAGTCCTGCCACCCCACAGG
CAACTAAGCTCTAAATTCCAAGAAGAGAGAACAGGTAACCACTGAGAGTCATGGGCTGGTGAGGGCCAGGTATAGTTATCCCTACATTGAACCATTTCCT
TTATCTTACTTAGTTTGGAAAAACTTTGCAGATAAGGCTTTGTACAGAAAACTTCAAAGGAAATAGTTTCCTAATCTGGCCTAGGGCACACAGGTAAGAA
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CCCTGCAGCCCAAGTGGAAGCTTGGCTCCTAACAAGCACAAGCTGCCAATTGTTACCTTCTTCTGAGAGCCTTGCTAAAAAAGTAACTCTGGGAAAACTC
TTATAGGTTCCTGACCATGAATCCATCTTTTTTATTCCCCCCAAAAGTTATTCAACTATTAGATCAATGGATAATAACTATGAGGTTTTGGGTGACTATT
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TATGTTAAAGATTGGCTTTAGGAAAAAAAAAAAAATACCCTGTGCAAAGTTTATTTCAGCTTGACTTGACCTACAGTCTACAGACCTGGAGTCTATAATT
ACCAGCTGTGGTGAAATGAATGATAGATTTCTTTCTACCTGCATACTCAATGCAGTTATGCAAAAAAAGCCCCGCAGGGTTGGGATAAGACGTAGAAGGC
TGAGAGGGCTCAAAATGGATTTCACTGAGAGTTTGGCATGGGATAACCCTATAGTCAATGTCTGTTATGGTACCCTGTATGCTCATGGCCTTCTTGGAGA
CAGGGCTCAGAGGTCATTCCTTAAATACAGACAGAAGTCATCTTAGTGTTCAGAACCATTCTGTGATCAGTGGCCTTAGAACATGTTCCCTCTACTGTTC
CCTACCCAGAGGGGATCCTGTGGCAGACTGGTGATCCCCACTGTTTAGAAGGTGGAGAGGGAGAGTAAATCTGGGTTTCTATATAAGAAAATAGGTTATT
TCGTGGCGTCTTAAAATTGTATCCTGACAAAAGCTGAATTAGGAGGATACCACCCTATCCCCACAATGGAGATCACAATGGGTAATTTGTTAAGTTCCTT
AAATTTTTCACTGATAAAAATGGAAGTAAAGCTACCATTCTTTGTGTACAATGTAAATTTAATGTAAAACTGCATCAGAATTACCATACCAATGTCCAGG
GACTAGGGAGTACATAGCCATTCATTCTCGAATCCTGCCATTCATTCAGCATATATTGTGTGCCCGTAGGGTGTAAAGCACTAGTCCTGGTGGAGTAAGC
CCATGGAAGAACTAGGCTGTAAGGTGTCTAGACTGTCTTCCTCACTGCTTCCTGGAAGGAGGGCATCCAATTTATTTTTAAATGTTTTTATTCTAACATA
AAGCAATCCATTTTTTGTTCTGTTATTTAACAGAAACTTTAGTATCAACTCTATTTCATGGTTGTTGCAGTTGAAGTGTTTCTGGTTTATTTTTTGCTCA
ATGTGTAAAGAAACCTGCTGTGATTATTTTACAGATGAGAAACAGGCAGAGAGGACAAGGGATTTAAAAAGTTTCACAGTTAATTAGAAGTGGGGCTCCA
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CTTAGCTGTTTGTACCTGACATTTTCTTAACACATATCCAAAAAGGTAAAAGTTTCATTAAAGGATTCTAATGATCATTTTAGTATGAATAACAAACATT
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AAGTGTTGATTATCCTCATAGAAGCATAAGAACTCAGGATTGGAAGAGATTTTATAGTTCATAAAGTTCAACCTTTAATCTCTAGTTCCATCCCAATACT
TGGAAATAAGTCTAGGGTTCCACATGTCAAAATAACAATTTTTGTTACATTTAGCAAACATGTGCTAGGCATTTTTCTAAGTGTGTTGTAAGTATTATGT
CTTCTTCATATCGGCCCTATGAAGTAGGTACTCTTAATATCCCCACTTCACAGATGGGGAACAGGCACGGGCTGGTAGGCGTAAACAGGAGTCAGGATCC
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TACTAAACAGCTGAGCTGCTAGTAGACTATATTTTCAAGTTTTGAGAACACTGCCGCCTCTCTTGTAAGCACCATCCAGCTGGAATGTTGAGACTTGGGC
CAGTTTTCAGAGGTGCCAATGGCAGAATCAAAGCCACACACCAGGAATTTTTGTTTTGTTTTCTACTTGATCTCTGTCCCTAGCAGATTATTGGTGGTGA
CTGTTTATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCTGAGTCCCTACCCCCCCCACCCTCTTTTCTCAGTTTCCTGCCACCAAAGAAATGAGAGCTG
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CTTTGGAGATTTCTTTTGTTTGCCTGTGGTTATTTTCCTGCCGTTAAATTGGTCATACCCCAGTTTTACACTGGGAATATTATCAATTTCCTATTACTGT
TGTAACAGATTGCCATAGACTTACTGGTTTTGATCAATTCACATTTATCGCTCCGGAGGTCAGAAACCAGAAATGGGTTTCAGGGGGTAAAGGAAAGGCT
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CTATCACAGAATATAGGGCCCCTTCTCCCCTAAGCATTGCCTCCTTCCACCCCCATCTGCCATCCTCCCTACCCCCACACCTTTCAGTAGGAGGTCTGCT
CCTTTGTCACTTCTCAGGATTCCCAACAGCAACTCTCCCACCCCCACTCAGACACCCAGGATGTGTTGAGTTCCTCCTGCCAGCCTCAGTCTTAGTGGTG
GCCTCATGGTGCTAGGACCGACCAAGAGCTTCTTTCCCTTTCTTTTCTTTGCCTCTTGCCTCCTCCTCCTCCTCCCCCAGCCACCCCACACACACTCGCC
CAGCCTCCCAGTGGATTTCTAAGGGAGAAACACAAAGAGTTACTGCTTTTTAATTACAAGTGCTATTGTAGCATCTATAAGGAAGAACATTTTAAGCTTA
ATTGAGACCAAATGTGAAGTTAAATTAAATGAATAACTAATTAACGTAATGCTCCTACATTAGCCCCGTGTGAGTGAGTGCTGAGGCCCAGGGAGAAGGC
AGGTACCAGGCCTGTGGTGAACAGGCTGCGCCCAGAGCTGCCCAAACAGGGCCAGTAACCTGGGACCTGGGAGATGGGTGCAGACAGGCAGATCTCAGTG
CTGGGGTTCCCCCAACCTTCAGTATTTTTTCCAACTCCCTACCCACAGCCTAAGTCCTCATTTCTGAGGCCAGACCCTGAGCTCGCACAATGCCTTTTGC
ATGTGTCTAGTGCCACACTTACCTGCTGGTAGGAGCCAATGCCATTTGTTCAGTTTCAGTCTCTAAGGCCTAACATCCTAGGAGTTGGATAAGTATTCAT
GTTAACTTCCTCCCTCTTCCATTACCCCTCACTACCTTATCAAATGAGTCATCCAAGTCCTCAGAATTCTGCCTTCATAAGGAAGAAGGACTCTTCCCGT
TGCCCCCGGAATTGCCCTTCTGCCAGCCGTGTTCCTGCATGGCTGGACTAATGAACAGCATAGCTCTCACCTGGAGTCACTGTCTCCGTGTGTTTTCCTA
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TGAGACCAAATGTGAAGTTAAATGAATAACTAATTTCATTTCATTCTCAATGTCAAAGAGCAGCAGAGAGCAGCTTTCCTGAATGCTGAACATAAGGCCA
GAGTATAGCTCTTGCCCCTGTGGGCTGAGGACTTGGAGGTCCCTGGCTGACTCCTGCGCTCAGAGCTGAAGTGACTGCAGGCAGGAGGAGCCTTCCTTGT
TTGTTGCCATTGGCGCTGTGCAGCCTGCTTCAGTGTGGAAGGGTGTGTATCTGGCTAATGCACCAGCCCACAACGTCCCAGGAAATGCAAGGCTTTTATC
TTGCGTGGCGCTCTAAGCTCCCCATTTGCCCACACATCATCAATATCATGAGCATCCCCTTCAGGAGTGCCCACTGTCATGAGCTTTAACCTACCCACTT
GGTGGTCCTGGTGTGTCCGGAATTGGTGGGTTCTTGGTCTCACTGACTTCAAGAATGAGGCCGCGGACCCTCGCAGTGAGTGTTACAGCTCTTAAGGTGG
CACGTCTGGAGTTTGTTCCTTCTGATGTTCAGATGTGTTCGGAGTTTCTTCCTTCTAGTGGGTTCGTGGTCTCGCTGGCTCAAGAGTGAAGCTGCAGACC
TTCACAGTGAGTGTTACGGCTCTTAAGGCAGCGCGTCTGGAGTTGTTCGTTCTTCCCGGTGGGCTCGTGGTCTCGCTGGGCTCAGGAGTGAAGCTGCAGA
TCTTCGCGGTGAGTGTTACAGCTCATAAAAGCAGCGTGGACTCAAAGAGTGAGCAGTAGCAAGATTTATTGCAAAGAACAAAGCTCCCACAGCGTGGAAG
GGGACCCGAGCGAGTTGCCAATGCTGGCTCGGGCAGCCTGCTTTTATTCTCTTATCTGGCCCCACCCACATCCTGCTTATTGGTAGAGCCGAGTGGCCTG
TTTTGACAGGTCGTTGATTGGTGCGTTTACAATCCCTGAGCTAGATACAAAGGTTCTCCACGTCCCCATCAGATTAGTTAGATACAGAGTTTCGACACAC
AGGTTCTCCAAGGCCCCACCAGAGCAGCTAGATACAGAGTGTTGATTGGTGCACTCACAAACCCTGAGCTAGACACAGGGTGTTGATTGGTGTGTTTATA
AACCTTGAGCTAGATACACAGTGCCGATGGGTGTATTTACAATCCCTGAGCTAGATATAAAGGTTCTCCGAGGCCCCACCAGAGCAGCTAGATACAGAGT
GTCGACTGGTGCACTCACAAACCTTGAGCTAAACACAGGGTGCTGATTGGTGTGTTTACAATCCCTGAGCAGGACATAAGGACTCTCCACGTCCCCATCA
GACTCAGGAGCCCAGCTGGCTTCACCTAGTGGATCCCGCACCGGGGCTGCAGGTGGAGCTGCCTGCCAGTCCCGCGCCGTGCGCTCGCACTCCTCAGCCC
TTGGGTGGTCGATGGGACTGGGCGCCCTGGAGCAGGGGGTGGTACTCGTCGGGGAGGCTCGGGCCCCACAGGAGCCCATGGAGCGGGTGGGAGGCTCAGG
CACCGCGGGCTGCAGGTCCCGAGCCCTGCCCCGCGGGAAGGCAGCTAAGGCCCAGCGAGAAATCAAGCACAGCGCAGGTGGGCCGGCACTGCTGGGGGAC
CCAGTACACCCTCTGCAGCCGCTGGCCCGGGTGCCAAGTCCCTCACTGCCCG

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in ENST00000562817

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (59 aa)
LDSNQALFLVVSRDSLHYFLKSPTELYWVTFIHQRHQVLNLLYIVTQFPMTYFSGNQGL


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

Best hit to NONCODE v4:
NONHSAT008417 (Evalue: 0)