Detailed information on TCONS_00052219

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 3

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
TCONS_00192320 TXK tyrosine kinase novel protein coding TCONS_00052219 621 375 UTR5 Trans
TCONS_00192322 tec protein tyrosine kinase novel protein coding TCONS_00052219 621 375 UTR5 Trans
TCONS_00193640 hematopoietic prostaglandin D synthase novel protein coding TCONS_00052219 725 372 UTR3 Trans

Sequence

>TCONS_00193640 (9655 nt)
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ATCTGTTCTTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTTCAGCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATCCTTTTTATGGCTGCATAGTATTC
CATGGTGTATATGTCTCACCTTGTCTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTCTTTATTATTA

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00193640

In silico ORF/peptide predictions
Nothing found.


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

No hits found.