Detailed information on TCONS_00187312

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 18

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
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Sequence

>TCONS_00187312 (15813 nt)
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Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00187312

In silico ORF/peptide predictions
>peptide 1 (80 aa)
MFTAALFTIAKTWNQPKCPSMIDWIKKMWHIYTMEYYTAIKNDEFISFVGTWMKLETIILSKLSQGQKTKYRMFSLIGGN

>peptide 2 (75 aa)
MLFHRKKTIQIIMKFFKQLSNNCESQLGSSLEKSKQGLKCRNCQKQGRKGKEMVIERGNNVISYLPALFQFLCYV

>peptide 3 (69 aa)
MGVHSCFGSLSAAAQKHMKKCLSSLAIREIQIETTMRYHLTTVRMVIIKKSGNNRCWRGCGETGTLLHC

>peptide 4 (67 aa)
MVPEDELHGDTIATILNDKYHSLPITMTHAEHLTLQVAPFPRLFLEAGCEYHNLATGVFLTMSQMFC

>peptide 5 (66 aa)
MDETGNYHSQQTIARTKNQIPHVLTHRWELNNENTWMQEGEHHTSGTVVGSGEGGGIASGDIPNAK

>peptide 6 (65 aa)
MVLKIIAEVIFVDVIIVYVVLSQAAQEKFNSHSEQTFPVTVPREIYTGEWSTKQDNLVFHYKHGP

>peptide 7 (64 aa)
MWLLALETEYFNFHSDRLLDIIEYFGQARWLTAVIPALWEAKASGSRGQEIETILANMVKPRLY

>peptide 8 (61 aa)
MSLVSWIPRYFILFEAIVNGSPLMLWLSLCCSPKTHEKMLIITGHQRNSNRNHNEIPSHNS

>peptide 9 (61 aa)
MWAVDRDLDFGVGLTTNKHKDGILVDNPTVVYCDCNDYYMTLCQNSQNCPPNELIILLVYR

>peptide 10 (54 aa)
MKCFQQTKIVNTQGNTLKTLTYYLFYACNKISHVPHRNVQILCINKKYFVDKED

>peptide 11 (53 aa)
MSEGLINSHEARVAIDQMFLIDLSIPHGLSTIAIYTCASGDFVHFFPFLLLMC


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sp|O00370|LORF2_HUMAN (Evalue: 0)