Detailed information on TCONS_00187312

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 18

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
ENST00000441159 family with sequence similarity 115, member C protein coding TCONS_00187312 1187 772 UTR3 Trans
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TCONS_00225248 family with sequence similarity 115, member C novel protein coding TCONS_00187312 1187 772 UTR3 Trans

Sequence

>TCONS_00225248 (15812 nt)
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AGTGTGATTTTAGCAAAAAGATAGACACGAAATAAATGGAACTAGAAATAGACCAAGTGTTTAGTCAGCTAGGCTTGTCATAACAGAATACTGCAGGCTG
GGTGGGTGGCTTAAGCAACAGAAACTTATTTTTTTCTAATTCTAGAGTTTGAAAGTCTAAGATTAAGGTGCTGGTAAGGTTGGTTTATCCAGAAGCCTCT
CTCTTTGGCTGCAGATGGCTGCATTTTCACTGTGTCCTCACATGGCCTTTTCTCTGTGTATGTACCTCCCTAATGTTTCTTCCTCTTGTTTGAAGGTTAC
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TAAACACTTTATACATATAATGCAATAAATGTACACAATGGAAAACTATTCACCAAGAAAAAGGAACAAATTATGTACATACTCAGTAACACGGATGAAT
CTCAAATGCATTATTTTAAATGAAATAACCCAGATTCAAGAGGTTACACACTATACATCCCATTGATATGAAATATTTGAAAATGCAAGTCTATAAGAAC
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GTCCTGTCTCTTAACCTACAGAAACTTCTTTCAACAGCACCATAATCAATAAAATGTCTTGAAATCTACACAATTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATC
CTTTGCCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTT
GCGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAA
TTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGATGTGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCTAGAGTTTG
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AGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCGGCA
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GTCAGGTAGCATGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTAGGATTGACTTGGCGATGCGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTT
TCCAATTCCGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTC
CTACCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTATCCTCTTTTATTTCACTGAGCAGTGGTTTGTAGCTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCATGTCCCT
TGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTCCACTCATGCTTTGGCTCTCTCTCTGCTGCAGCCCAAAAACACAT
GAAAAAATGCTTATCATCACTGGCCATCAGAGAAATTCAAATCGAAACCACAATGAGATACCATCTCACAACAGTTAGAATGGTGATCATTAAAAAGTCA
GGAAACAACAGGTGCTGGAGAGGATGTGGAGAAACAGGAACACTTTTACACTGTTGATGGGACTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGC
GATTCCTCAGGGATCTAGAACTAGAAATATCATTTGATCCAGCCATCCCATTACTGGGTATATACCCAAAGGATTATAAATCATGCTGCTATAAAGACAC
ATGCACACGTATGTTTACTGCGGCACTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAACCAGCCCAAATGTCCATCAATGATAGACTGGATTAAGAAAATGTGGCAC
ATATACACCATGGAATACTATACAGCCATAAAAAATGACGAGTTCATTTCCTTTGTAGGGACATGGATGAAACTGGAAACTATCATTCTCAGCAAACTAT
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TCTTGTTCTCTTTAGAGGGTAGCTACAATAATTAATTTGGCAATTTCCTCAGATTATTCCATCTTATCTATGTGTAGGAAGTGGCTAGCATAGTAGAGTC
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ACAGCTTCTTGTATAAGACTAGTACTGTTACATAGTTTCTGAACAGTTATTCTGTTGAATCAATGGGATAAAATACTCTGATGTTAGCACTGAGTCATGT
TGTAGTTCTCTTTCTTTATAAAAATTAAAAATAAAATGTACTGTATAGGTTGGAGTTGCTACTTGCATTGAAGTTACTACCATTCTGTACAATTTACAGA
AAAAATGTTTTATTAAGTGATGTTAGTTAACTCAAAGGATTGTTGAGAGAGCTAGGAGAAATAGACTTCCAAATATGCTTCTTGAACTATACCTAGATAC
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GTTTATCTGATGACAGACCTTTAATCACATGCTTACACCTTAAAATAATCTGGAGAATAATTATCCTAAATTCTATCTGGGGAATGTGAGACTCAGAATG
TGTTAAATCATCAAGGTATGAGAAAGTTATTAATATTTATAAGATTAATCACTAAAAATTTCGATGCAGATATTTCATGACTAATTGTTTTTAATTTCTC
ATGTGCTTTTTTAAATTTTAAAGGGAGTTTATCTTTATTCAGAAGAAATTCAATTAAATATAAATAAATCTCAATTCATAGAAGGGCATAGTAATGTTAA
ACAGAAAATGTCATGAATAATTCTAATGTATAAATTATTAAACTAATATGAATGGATTAAATTTCTTTCTTAAAAGAACAAGAATTATATCAAATTTAAA
ACAACTAATTTCACTACAATAAAACAAAAGAAACCTAAATATGGGCTCTTTAAAAGGAATAAACTTCAATTCATATGTCTGCACATATGGTTGCAAACAA
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GATGAAACAACTGCTATTAAAAATTATATTACTCTATTCTAAAATTATATTCCAGCTCTTCTAAAAGCTACGTTTCACCAAGGTGAAACAAGAAGGTCTT
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CACTTTGGGAGGCCGAAGACAGTGAATCACTTGAGCCCGGGAGTTGGAGACCAGCCTGCCTGGGGAACCTGGAGAAAATCTGTCTCAACTAAAAATAAAA
AAATAATTAGGTGAGCACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGCCCGGGAGGCGGAGGTTGCAATGAGTGGAGATTGT
GTCACTACACTCCAGTCTGGACAAGTGACCAAGAACCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACAAAACTAGCTTCTGAAAAATGTCTTTTAAGGCAAAT
AAGTGAATAGAAATCATGGACAAATGGTATGTTATCAGAAAAAGGCAAAGTAAAGTCCAATACATGTATAAAATGTTCTGTCCAGATAATAAAGACATGT
AGTTTGAAACAATAACAAGGTACTTTTATATATCTCATAGGTATTGGTAAATTATGAATATACTCTGCAAGAGAGTGAAAAAATATGCACTCTTATTAAC
TTTTAGTGGAAGTGTAAATTTGTTTAGATTTTTGGAGAGCAAAACCACAATATCTATTATGATTGTTAAAAATATCTATACCATTGTCCTCTAAAATTCC
CCTAGAAATTTCAGTACCATTGAAATTTCAATGTGGAAAACATGTAAACAGAAAATATAATTGGTGGCATTGTATGATTGTAAAAATAATCTATCAAAAG
GGCAAGGGTTAATAAAATTATCTATGAGATGCAATTATAGGAAAGTGTGGAAATATTATTGGCATGGAAAAATCATCAAAATATGGAACAGCCACTTTAT
TGAATAATACTAAAGGGCAATTATTCGCATTGTATAAAATGAGGACAACATGGTAGCTGTACTTTTTATATAGAAAAGAAAACATAATCCAACTCCTTTA
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AGTTCATTCTGTTTCTAATTTGATTTTTTATACTCTCAAAAGCAGACATGGTAATTGTCAACCAGAGGCAATGTCGGGCAACCATAGATGTAAGTATGTC
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CTAATGTATCTTGGCTTACAGGTACAGTGCCTTTAAAATGTTGTCAATTTTTAAAAATAAGTTAACACTATTTTCTGGTCACTTAAAATGAAGACTTAGA
AAACTGCAAAACACCAAGGGTATAGAGACTCTTGTTTTTAAAAAATACCATTTAGATAAGCATGCATACCTCAAACTATCTGAAATATTTTAAGCTTGAA
AACCGGGGGAGATGGCAGTTAACAATTACCATTAAAAAGATAAAACACAATAGTTTAGAAAACTTTATAGGTAAGTATGTTTGAAGTATATTTTATTGTA
TGCATTTTATGGTCCAACCTCAAAAAAGTTGGAATATGTTTTTGGATTTGGATTTAAGTCTTAATTAAAAAGGAAGCAGAATGTCTTTTCATATGTATTT
ACAGGTGCTATGAACAAATTCAAAATCTTGTGTATGAACAGAGAGTCAAACCTTGATAACAAGAGGAAGTCAGAGGGTAAAACCTTGATAACAAGAGGAA
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GTAGATAATATGTGAAAACAATTTTTTGACCATTATTTTAATATTATTTAAAGATATTTATAATTAATTTGCTGTGGAGGATAGTTTTTACTTCCCTACC
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AGTAAATTATATCTAACTCATTTATTAAATGTCAGAAGGTCTAATTAATAGCCATGAAGCTAGGGTTGCCATTGACCAAATGTTTCTTATTGACCTTTCT
ATTCCCCATGGCCTGTCTACCATTGCCATCTATACCTGTGCATCTGGTGACTTTGTCCATTTCTTCCCATTTTTACTTCTCATGTGTTAACAACTGACTT
TTCCCTTATGCTTTTAGGTGTCAACTCTTAATTGCATATCTAAATACAATGTAATTGTCTAATTTTTTATTCCTCACCTCACTTAATTCTTTTGTTTCAG
ACACTTTTAAAAGCTAGTTCAGTTTAACACCCATCAGACATATTAGTACAGAATATTTTATGTAAAATTCCTTCATTTAGGCTTTTGAGATTACCTAATT
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TTTCATTTTTAAAAGAAAAGTACATAGTACTATAATATGTTAAGTGGTCTATAAAATGCTTATGTGTCACTGGATAGGGAATGTTTGATAAGAGTTGTTA
TGCAAAACAGATGTAGATATGGACATATATATAAAATATACCTAACTATTAGTATATAACATAAATGAAACAATCATAGTCAATTGGCCTTAAAAATTAG
TAGCATTATTTTCTTTTTTAAATTTGTGGGTACATAGTAGGTGTCCATATTGGTCATATTTTAAGCATACAAAAATCAATAAGCAAAAGGGGAGCTGGAA
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AAAGGAGTAAACATGACAAACCATAGTTAGAAAAAAGGATGAAATGTTTCCAACAAACAAAAATAGTAAATACTCAAGGTAATACCCTGAAAACTCTGAC
TTATTACCTATTTTATGCATGTAACAAAATATCACATGTACCCCATAGAAATGTACAAATATTATGTATCAATAAAAAGTACTTTGTAGATAAAGAAGAT
TAAGGATATGATTTATTAATATTTATATTTTTGATTTTTATTTAAAATAATCAACTACTATTGGAAGAAAAAGGCTGCTTTTCCATAATTAAAAATATAG
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GCAGTAAACCAGCTACTGATGGAGGCATGGAACATATAAAAGGAATATTATTCCACCACTACTATTAAATAATTTACAGCTCATGAACGGAGGAGAACGG
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TAAAATAATGACTTCAGTAGGCACTTTATTATATGTTTTCAGATGTATGCACTTAAAATAATTCCTGACATTTCATAGATCCTCAACAAATAATGACTAC
TTTTATAAACAAAAGAAGCAAAACATTGCAATTAAACAGCTTAGTGATATAACAAGGGATTGAGGAAGTACAAAAAAAATAAAGCAACTTCCTTGGGGGT
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ATGGTGCCCTTTGTTCTCTTCTCTGTTAACTCAATGTGCTCTTGGTGAGCACTCAGATTTTTTACATGTTTTTAACTACCACTTTTAATTAATAATTCTG
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TTAACATCTCTTATTTTCTACCGAAGCAGCTGTAACTGTAACTTGTGATTCTTGGCTTTGGTTTATTATATCAATAAACAGCCTCTTTACCGTGCACCAT
TGCTTAAACACGAATGTGTGGGAAATTATATAAGGCCTGACATGAACAAATCTTTGACTATTTATCTATTTTCTCTACTCACTGAAGAAAGAAGTAGGAA
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CAGAATCACATCATTTTATCTTAGTTTCTGCAAACATGGAATACTGAGTAGTATACTTACACAAAAGTCAAATAATATCAAGTTTTCCCAATTCACCAAT
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TTAAGAGCCGTAACACTCACTGCGAAGGTCTGCAGCTTCACTCCTGAAGTCAGCAAGACCACGAACCCACCAGAAGGAAGAAACTCTGGACACATCTGAA
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CACCGGAAGGAATAAATTCTGGACACACTATTAGGTTGTAGTTGATTTAAAACATGAAAGGATAAATATAACATCCAATATTTGTATTGCTAGTTTATCA
TTGCTACTATTTGCACTTCTTTAACTAGTTCCAACCCACCTGGTTAGGTTTGTTTTGCATGTTACAAACATAAAAGACGTTTAAAAGAAACAACAACCCT
ATCTTCTTCTTGATCTAGAAGCAAATAAGAATATGATAAAATTTCAGAAAATCAAGGAAAATCCAAATAAACTCAGCTCTAGTGGGCTCATTTCAACATA
CTAGAGTTAGGAAATTCTCTTTGAGGTAGGATTAAGCTTACTTCATGAGCACTCAATTTATTTCTACTGTAAAACCACTCTTGGTGTAATGTAGCTGCCA
TTCATTAACATCAGAATTCTCCCAGTAGGTCTGGGATATTTAAATGTAGCAGCAGCATTCTAAAGTGGAGGCTGATTTAACCTATCAATCCCGCCACTGG
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AACGTGGTGTGTGTGTGAGAGTGTGTGTGTGTATACAATGGAATACTAATCAGCCTCAATAAGGAATGGAATAATGTCTTTTGCAGCCACTTGGTTGGAA
CTGGAGGCCATTATTATAAGTAAAGTAATTCAGGAATGAAAAACCATATACTGCACGTTCTCACTTATAAATGGGAGCTAAGCTATGGGTATTCAAAGAC
ATGCAGTGTCATATAATGGACACTGGAGATTCAGAAAGGGAGAGGCTAGTGAAGAGGGGTGAAAGATGAAAAACTACCTATTGGGTAAAATGTACACTAC
TAAGTTGATGGGTGCACTGAAATGCTAGTCTTCATCACTATACAATTCATCCATGTAACCAAACACCACTTGTATCCCTAAAGTTACTGAAATTTTAAAA
AGGTGCTAAGAAGAAAAAAAATTGAGGCTGAAGATATGAGTCATCTCACACAAATGAGAAATTCGACTGCAAACTTTGATTAGGAAATCAAGTGGCCAGG
AATTACAAAAATTATTTCAGAAACGTATTACACTGCGTATCATTTCTGCGTATCCAGTTCTGATCTCTGATTGATAATACAATCTCATACTACTTCTTTT
CTGTGATTAGGTTGTTAGTTTAAACCCCAGTAGTTACTAGGCCTAGTTTCCTCCTTGCTGCTCATCAACCATAGGCACTCATATTAGGACTGCTAACACT
TCTATCTCCATCACACTAACCCCAGAACAAGAGTACGATGTTCTAGTTTGAGCTCTCATTTCTGTGGTGCACAGAATATAAGCTAAGACATCTCAAAATG
TAATTTTCCAAGATACAAGATGAAACTAGAAACAAACCATTTCAATAAATCCTAGAATGATAACTCTATGATTGATTTTAAGGCCATATAACAGTATGGC
CAAGTACATGTCTTATTGATATTTATAGCATTTGACACAGCTCATAGCTTTCATAAAATAGATGTTTTATAATCAAGTGATTATTTGAAAAGAAATATCA
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GAAACTTATATAATGGGTAGGAATAAAAAAGACTAGGTGGAAATGAGAACCACAGAATGGTTCCAGAGGATGAGCTCCATGGAGACACCATAGCCACTAT
TTTGAATGACAAATACCATAGCTTGCCCATCACCATGACCCATGCTGAACATCTAACTTTGCAAGTAGCACCATTCCCACGTTTGTTCCTAGAAGCTGGA
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CAAATACTATTGAGTAAAATTTATGACAACACAGGATTTTTTTTTTCAATATAGAGAAATCCAAAATTAAAATGGGCAAAATCTTCGCTACTAGAAGTAA
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CTAGGTCTCCATAGTGCTTTGATCTCTGCCGTTGAATTTCATGTAAAGTAGTTTATATAGTTTACATTGCTAATTGGCCTTCAAGATGAAAGCAATTTTA
CATTTGTACAGAAGAACAAAATTTGCCTCCAGCCTCTTGAAAATAATTATTTATGTGTAATGACATATCATAATTATTTCTTACTGCTTTCCTTAGTATT
TATGGTGTTGACAGGTATATTTCAGCTTGATGTGGCTATTGGCTTTGGAAACTGAATATTTTAATTTTCATTCAGATAGATTGTTAGATATTATAGAATA
TTTTGGCCAGGCACGGTGGCTCACGGCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGAGTGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAAC
ATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAGTACAAAAAAAAAATTAGCAGGGCATGGTGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGA
GAATGGTGTGAAC

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00225248

In silico ORF/peptide predictions
Nothing found.


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

No hits found.