Detailed information on TCONS_00230477

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 1

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
TCONS_00147093 ATPase family, AAA domain containing 2B novel protein coding TCONS_00230477 613 296 UTR3 Trans

Sequence

>TCONS_00147093 (7288 nt)
CAGGCATAAGCATGGGTTGTGGCTGGCAGTAATTGTCTACAGCAGGGATGATATTTTTTCACAGTATTAGGCAAGGCAATTAAGGAAGGGCATGGCTGCT
CAGAGAGACAGTTTGCATTTGATTTTAAGTGCAGGGGGAAGACATTTAAACAATAAGCGGGCAAGTGGCATAAACTGAATCATGCCTTTAAAAGACCTCT
CTGGCTGTCTTGTGGCAAACAGAACATAGGGGAGCCAAGAGGAAGCAGGGAGGCCAGTAGAGACACAAGAAGGAAAGTCGCCTTGCCTGAGTCGTTGCAG
GGGAATCAGATGGATTCAATAGATGGATTCAAAATATATTTTGGAGAGACCTGATCTGACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGAGCATAGCT
CACTGCAGCCTCAAACTCTTGTGCTCAAGGGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGAATAACAAGGCGTGAATCACTGAGCCCAGTTAATGACT
ACTTTCTAATATGTTGCTAGACCTTTACTAAATTATTTATAGAAATTGTTTTCTTTAGCCTCAACTTGCAAATATTTTCCCAATTTTTGTTTCTTTTTTA
ACTTAAAAATGTTTTTACATAGGAAGATATTTCAAATTTTCCTTTTATCTACCAATATATTTCTATAGCTTTTCAGTTTTATCATGGTTAGAGAGGTCTT
AAGCTTACTTTGTTTAATCACCAAGATTATTCAAAACTTTTAATATTTCATTTTTATGCTCAAATTTTGGAGCCAAATAGAATTCATTTTGAGTAAGGAG
TAAGATAAAGCTTCAGTTTTATTACTTTCCAAATGGCTAGCCAGTTGTCCAATACCCTTTATTGAATAATCCTTCTTTTCTACAATGTTTTGAAAGGCCA
CCTTTATCATATCCCAAATTTGTACATTTTCCTGTATGTCTGACCTCTCTGAATACAGAGTTAAAGGTGAAAGACAATAAATGAAGTAAGAATAAAAAAG
ATAAAATAGAAAATTAGTCAAAATAGATTAAGAAAAAAGAAAATAATTTTTAGAGGAATATTAAAAATGGAGCCATCATATTTTTTTTATTTTCCTTGGT
TTCAAGAGCATATGCTACATTTGTTAACTAGCCTATAGAATATTGAAAGTATTTTCACCCTATTCATGAGATTTGAATTCTCACTGTAAATAGTATAGAA
TGAATGCGTGAGCACTAGCTGTCATCATTTTTCTTAATCTTGGATCATCACTAATGTTAAGGCACTGGGAATATAAAGTGTCTTTAAAAGATCTTGTAAG
GCATAAGCACACAACACATAAAACAGTACTCCATAGCTAATGGAGAGAACATCTCACCACCAACAGGAATACTTCCATTCTGAGTGTTTTTGTCTCTGTT
TTCAGAGAAAGGGGCTATTTTTAATTGCAGGAGGAAAGAAGTGTGTGTGTTTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCTTATGTGACG
TCAATGGAAAATAGAGGAAGATGCAAGGGCATCAACCATCCCCAAGCATCTTTGGACTAATTTTAATTATCCTTGAAAAAAGGTTTTGGATTCAGAAGCA
GATGGGACTCCTGAAAGGGCCTTTCTGAGAGTATGGGAAAAAGAATTGCTGCTTCTGGGGCCCGGATGACCACATGTGGCTCAGAGTTGGAAGGACACCA
TTTTCCTTGGCTCTGCACAGAACCCAGCACCTCACCAGAGTTGCAGTGACTGGAAACCCATGCAGCATCAGTGAGCGCATCCCTGGCGAGAACATTCCAT
TCTCTCGGTGCTAATGAGGATGCTCTAATAGTCTGGTTTTGGCAGCATTTGTAGAAAAAGAAGAAATGGAATGGAAGAAAGAGCAGAACAAAGGAAGCTC
ACTAACTGCTACTGAACTTTGCCTTGGGGTCACATGGAAGGTACCTCTTTGTAGGACAGTGAGGGAAAGACTAGAATCAGGAACCATGAGCCTGTTCCTC
CTTTTGTGGAAGCTGTGAGGGAATAAGCATTTGGAGTCACAGATATTTGGAGGATGAATGAATGAACTAACCAATGAAAAATCTTTACTGTAAAAACAAT
CTTTTTAGCACTCTAAGTGGTTGATCTTACTTGGACTGAATATTAAAAATTGGCCAAATTAGCACCAAGAACAAGAAATACAGTCTTTGAAAATTAGAAA
TTGGAACTTACTAGAGCATAAGTGGCTGTTTTAAAATGTTTCTGGTGGCACTTGGTTATTGTTACCATGTTTTTAACCTACATCATTGGGGTTTGATCAC
TTTCTAACATCATCATCTCTGAAACACACATTTTCTAGTAATTATAAAACTGCAGCCTCAGGGGTAGCAATCCTCAGCTCAGAGGTCCTAGGTAAAGTTC
GGGGCAGACAGGACATGCATGTATTAGAGAACCCAAGTCAGTGTTGTTTGATATAAGCAGGAAGGAACTAAGGGGGAAAGTGGGCTCACATTTCTTTCTC
ATTTTTGTCTTGAATTCCCTGGTGACTTAATATCTGAGTTAGTTTTCACGAGGGAGGGATGTAAATGGATGAGGAATCGGCCCCAGTTTGGATAGCTGAG
CAAGTTCTCCTGAGAAACAGCTACATGACCCTGCTAATTCTGATAACACAGTTCAGGGAAATAAAATCCAGGGTGTCTTTTCCCACAAAAAGTACGATTT
ATACAACTCTTGAGCATTCAGCATTATCCTCTGGAAACTAGGAGGATTCGTGCAACTTGAAGAGTTACATAGGACTTACTAACCCTAGAGAGAATATTCT
TTATATAGTTTTATGAGGATATTTATAAAATAATTAGGTCTTTAATAACATGGTCCTGAACTCTTAACTGTTTAACAAACACCTCGAGTTAAATAATTCA
TACATTAATAGATATATAGGACAAATTTTAATGCTTAAAGTATTTGAATCAAATGACCCTAAAAGAAGACAGGTATTTGATCAAGCCAGGTAAATACTGC
AATGGATGGGGAGTCTAAGCACAGCTGTCTGGGTACCAGGCAATTTCCTTGGTTCTTTATATGAATTATGTGATGTGAATTATGTCCTGCATAAATGGTG
ACTAGAGGAACAAAGGTGTTATAACTCAGAAATTGCATCAGTACATTTTATCCAGCACATTGGAATCGTCACCACAGAATCAGCACAAAGCAATTGTGGG
CAAACTTAGATACAACCAAGTAGAAAGTCTTAGCAATTAATAATGATTTTAAGAAAATTTAATGGGAGTAGCTGTTGATTTCATGGTTTAAAAAATTGTG
GGGCCAGGTGTAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATTGCCTGAGGTCAGGAATTCGAGACCACCCTGGTCCACA
TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGGACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGGAGAGAATTGCT
TGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTATCACACCACTGCACTCCAGCATGGGAGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAGAAAAAAAAATTGTGAGG
CTGTCCACTATTTTAAGCTACTGGTAAAGCAACAGTGTAGGTGATGAAGCTGTAGAACTTGTTCCCCACCCTAAAGCAATGAATTTATGAAGAAGCCCAC
ACCATGAGTCAGATTTTTATGAAAATAGTCTCTCTTAAAACAAATGTCCTCCAGGACCTGTGTCCTGGAGAAGAAAGCACTAGCTTAACATTTTAAGATT
GCAAAGGAGTGACTATTTTACCTGGTGTAAATGCTAAGAGAATTGTAATTATGCCAGAATTTTCATTAGGATTGTTTCATTTTGTTTTTGCTATTAATGT
TCTAGTTAAAAAGATCTATGGTTTGAGTAGTCTGCTCTATTCCTAGTTTTCTCATGAGCATCTTTATTTTTAGGGCAAAAATTCTATTGCCCCCAAGGTT
TTTCAGAAGAACACACATGACCTTCTATCATCAATGCCCAAATTTTCACCTGAAATCCCTCCTCATAGTCTCCTAGAGTGAGTTAATTCCAGGGCTGACA
ACATTTGGGCTGTAGAACTTCTCTTGCCACTAGGAAAAGATGGTTGCCAACAGTACACAGTGCCTACAGGAGGTGGGGAGCACATTTTGTTATTCTGCGT
GAAGTTGCAGTATAAAGTATGAGGCAGCCTTAGTTACGATCAATGTTCAAAGGTTTTAGGCGTCTCAGAATTTAATCTTCCCAGTTCTTTTTTATTGTTT
TGGCAGTGCCAATAGGTGGATGAAGTTGGACCCTAAATGGATGCTACTGCGGTGACTGGGGCTTATCTCATACATGCTGAATCTTATGCCCATGCACTGT
GAACTCTGGCGCCATACAGAAAGCTGACAAAAATGCTTCATTCCCTCAGTTCATGATATTCCACTCCTTTTTCTTTCTCATTTCTGCTCCAAGAATATAA
TCAAGGATGATAGCCAATTTTACCTATGAAATATACTGTCAAACACAGCATATTTTGTATGATAAATACAAAACTTAGTTTATGACAAGTATATTGTCAA
GATAGAAGACACTGCCCAAAGAATTTTAATTTTTGAAATACAACAACAAAAGATTTTTGACAGGGGGCAAAAACAGGAGATGCCTTTCTTTCTAATTTCC
ATTACATTGTTAAATTAAGCCAAGATGATTACGGGAATGCTTGAATATTAACAATACATGTATTTTGTGGGTGAGGTGGCTGTCCACTTGTAAGATAAAG
TTGATGATTTGCTTCCAAATATAAATGTATGAGATGAGCACACAAGGCACAGGTTCTTTCTTCTTTGGTGCTTATTCCCCCCCAGTTAAGTTTTTGCATT
TTTTATAGAGTTGCTAGAATCACCATTAACATGCCTTCTTATACCGTAGATCATTTATAGATAATCAGCATAAAATAATTTATTCTTCATAAATAATACC
AAAGTTGTTTCTGGATTTTCTTCTCTTATTGCTTTTCAGAGCCATGTATAATTCTCTAATGGAAATAATTTAAAATATACCAAGGATGTCTGTAAGTTAA
AAGGATAATATAGAAATGGTTATTGAATCAGCACATTAGCTGTTAGCCTTTCTATTTGCTTATCATACAATGGGAACTGCTGTTTACTTTTTATTCTACA
AAGGACAGGCCCACTTTCTGTCTCCAAACAGTTAAAGGAATTAGATGAGAAATTATCCCAAATGAACTGTACACAGTTTGATTAGCCTAGCTGCAGAGTA
TAGTTTCTGAAAAAAGAGTCATCAACACGCCGAGGTCAAATGCATTCTTACTGAATAATAAATTGAAGCCCCAAATGCTTTATGCAGTAGCATATTAGTA
TATATGATTCTTGTTAGCAATGCAGTAAGTATTTTAATTCGCTGAATATTTAGGATGGGTTATTTTAAAGCTGTCCCATTTAACATCACAACATTGAAAA
CAGGTTCTGTGTAAATAGGTCAAAAATGATATTCATATATAAAGGAGGACAGACTTTTTAAATACTGATAACAATATTGCTTGTTAAGATCTTTATGCCT
TAAAAAGCTCCTTGGCATATATGATATAATGTCACTTTATCCTCACCACAGGCCTGTCAGGTATGCGGGAAAAACATATGTTTAGATATAATTTTTGTAT
CATAAATTGATCTAATGGAGACATGTACTTTGTAACCAAAAATAAGGAACATAAAAAAGTATACAATAAATACATATGTATATATACGTATGTATACACA
CACACATACGCACACACACATATGGTGTTTGCAGTTAAATAAAGCACTTGAAAATCATAAGCATAGATCAAATATGTCTTTTGTTACTATATAATAAAGT
TAAAGTAGCCCAGTATTAGAAATAAAAAAAAAAATCACACACAAGGGCAACAATCCTTGATTTCAGTGTTTCCAACCCTGGAATAATCTGGTACCAAATG
TTCAGCTTCCTTCCAAATCATTGGTCAATTGTTGGAATGTGTGTGATGCATGCATGTGTATGTGTGTGTGTGCATGTAAAAAGCAATCTTATTTGCAAAA
TATGCCAAGGCAAATATTTTGAAATGAAGTGGAAAATCAAGGTGTTGTCCACAGAATTTTGCATTTTTATCAAAAAGACCCTTAAGCATTCCCAGAAACT
GGCGCTTCCACAGTGCCATGAGAAGTGAAAACATGTTTTGACCCAAACTGTAGCCATTTTATTTCACTTCCAAAGTATTATTCTACAATCTTTTTCACAA
ATATGAGAGTAACTATATTGTATACAGGTGTATTATTCATGTTTTACTGAATTTTCATAAGGAATAAAAATTTTAAAACAGAAAGGTAGATCGATCATGT
GAGGAGATAAAACATTCCCATTCAACCGCAAAGATATTCCTAGGCATTGATCTATGAGTACCACTCGACCGCAGGAAATATTTCCCGGCCCTGTCTTTAG
ATAATATGTGGACAAAGAAGGCAAGATAAGCTAGAAGCATGTAGCATTTAATAGTTTAAATGATTGACACCGTGGGTTGCTAAGTTTCATAGATGCTTGC
CTGAGTTCTTTACTTATTAAAAAATAAATAAATAAATAAGTAGAAGTTAGCAAAACAATAAAACAACAGATGTGCAAGCTCAAATTTAAAACCAAAGCCT
TCCTTCTTCCCTTGTCTTTCCTCTTCCCTTTTCTCTGCCTGACTCCAAGCACACCTTTCCAGCTCATTACTGCAAATCATTTGAATTCCAGCACACAATG
TCACCTGCTCTGTAATCTGATTACTTTATGGAGGAATTAGTATGTATATTTAATGTAGAAGGGTTTTAATCTTGATGAAAATAATCCTAAGGAACTGTGA
TAGGGCTGCTCATATATCTGGCAGATATGCCAGTAACATGCTAATAAATGACAGCTGATTTATGTATCTGGATTCTTTTATTTATAAAAATAGCAAGTGG
ACTGATTTTTGATATTAATAATACAAGTGAATCCACTTTGATTAGACTTCTGTGGAGAGCTGTGCATATCCGGCATTACAATTAAATCTTGTGATGTGGA
ATGGGAATGACATGCTAATGAAGCAAGCCAGTGAGCCTGAACCAAGAGTGTCCAACATCATTATGGGATATCTTAGATGAAGAGTAATTATAAGAGGAAC
ACTGAAATGTCATTAAAAATCTTCACTAAGAGATTTAACCTACTATTTTGTACTAATGCTGGATTTTTTTTTAAGCAACATAACTGAAC

Expression



Full and truncated open reading frames discovered in TCONS_00147093

In silico ORF/peptide predictions
Nothing found.


RiboTaper predictions from Ribo-Seq data (HEK293 cell line)
Nothing found.

BLAST search results

No hits found.