Common name: Tomato
Latin name: Solanum lycopersicum
Genome assembly: GCA_000188115.2
All retrocopies: 80
Parental genes: 74

Summary: Number of retrocopies :
Conserved ORF: 53 ORF 27 ORF

# RetrogeneDB ID Identity Coverage ORF conservation
1. retro_slyc_1 67.61 % 91.79 % ORF
2. retro_slyc_2 74.14 % 95.64 % ORF
3. retro_slyc_3 57.75 % 59.94 % ORF
4. retro_slyc_4 91.42 % 81.89 % ORF
5. retro_slyc_5 79.71 % 90.16 % ORF
6. retro_slyc_6 74.07 % 95.29 % ORF
7. retro_slyc_7 58.10 % 92.99 % ORF
8. retro_slyc_8 87.91 % 68.42 % ORF
9. retro_slyc_9 79.63 % 99.22 % ORF
10. retro_slyc_10 53.30 % 97.49 % ORF
11. retro_slyc_11 68.60 % 98.77 % ORF
12. retro_slyc_12 52.94 % 95.21 % ORF
13. retro_slyc_13 100.00 % 100.00 % ORF
14. retro_slyc_14 97.77 % 68.77 % ORF
15. retro_slyc_15 96.91 % 100.00 % ORF
16. retro_slyc_16 81.79 % 100.00 % ORF
17. retro_slyc_17 88.64 % 54.73 % ORF
18. retro_slyc_18 74.89 % 99.54 % ORF
19. retro_slyc_19 86.59 % 100.00 % ORF
20. retro_slyc_20 69.44 % 66.94 % ORF
21. retro_slyc_21 73.86 % 59.45 % ORF
22. retro_slyc_22 98.00 % 100.00 % ORF
23. retro_slyc_23 85.37 % 96.47 % ORF
24. retro_slyc_24 84.79 % 68.29 % ORF
25. retro_slyc_25 84.92 % 99.18 % ORF
26. retro_slyc_26 65.01 % 98.57 % ORF
27. retro_slyc_27 87.34 % 64.49 % ORF
28. retro_slyc_28 60.42 % 90.52 % ORF
29. retro_slyc_29 50.50 % 98.38 % ORF
30. retro_slyc_30 95.43 % 70.11 % ORF
31. retro_slyc_31 52.94 % 93.49 % ORF
32. retro_slyc_32 52.04 % 78.99 % ORF
33. retro_slyc_33 86.31 % 97.76 % ORF
34. retro_slyc_34 59.46 % 97.37 % ORF
35. retro_slyc_35 64.69 % 98.06 % ORF
36. retro_slyc_36 60.92 % 87.82 % ORF
37. retro_slyc_37 83.76 % 90.00 % ORF
38. retro_slyc_38 98.11 % 100.00 % ORF
39. retro_slyc_39 60.27 % 79.08 % ORF
40. retro_slyc_40 98.56 % 100.00 % ORF
41. retro_slyc_41 62.58 % 99.38 % ORF
42. retro_slyc_42 60.94 % 77.05 % ORF
43. retro_slyc_43 100.00 % 100.00 % ORF
44. retro_slyc_44 58.56 % 97.36 % ORF
45. retro_slyc_45 79.65 % 100.00 % ORF
46. retro_slyc_46 60.48 % 96.49 % ORF
47. retro_slyc_47 77.43 % 86.10 % ORF
48. retro_slyc_48 81.82 % 100.00 % ORF
49. retro_slyc_49 69.35 % 83.78 % ORF
50. retro_slyc_50 78.57 % 83.95 % ORF
51. retro_slyc_53 60.20 % 94.17 % ORF
52. retro_slyc_54 76.54 % 100.00 % ORF
53. retro_slyc_57 75.64 % 61.42 % ORF
54. retro_slyc_58 69.23 % 63.57 % ORF
55. retro_slyc_62 52.48 % 50.72 % ORF
56. retro_slyc_65 66.29 % 84.31 % ORF
57. retro_slyc_66 64.58 % 66.39 % ORF
58. retro_slyc_67 64.58 % 78.26 % ORF
59. retro_slyc_69 72.61 % 89.61 % ORF
60. retro_slyc_70 52.35 % 78.73 % ORF
61. retro_slyc_75 59.35 % 98.68 % ORF
62. retro_slyc_76 78.16 % 64.66 % ORF
63. retro_slyc_79 76.38 % 69.75 % ORF
64. retro_slyc_83 67.86 % 59.29 % ORF
65. retro_slyc_85 69.44 % 68.63 % ORF
66. retro_slyc_86 68.54 % 84.31 % ORF
67. retro_slyc_87 58.54 % 77.45 % ORF
68. retro_slyc_88 68.63 % 83.19 % ORF
69. retro_slyc_89 74.29 % 77.97 % ORF
70. retro_slyc_91 56.34 % 88.31 % ORF
71. retro_slyc_92 80.70 % 91.06 % ORF
72. retro_slyc_93 85.23 % 61.50 % ORF
73. retro_slyc_94 64.39 % 54.62 % ORF
74. retro_slyc_95 64.89 % 71.76 % ORF
75. retro_slyc_96 79.63 % 100.00 % ORF
76. retro_slyc_98 64.66 % 91.06 % ORF
77. retro_slyc_100 93.75 % 66.51 % ORF
78. retro_slyc_101 51.96 % 52.88 % ORF
79. retro_slyc_102 52.16 % 59.05 % ORF
80. retro_slyc_103 56.03 % 87.57 % ORF
# Ensembl ID Symbol Description
1. Solyc06g069520.2
2. Solyc01g094470.2
3. Solyc03g043920.2
4. Solyc07g063280.1
5. Solyc06g067880.2
6. Solyc03g115230.2
7. Solyc07g032090.2
8. Solyc12g010210.1
9. Solyc02g082000.2
10. Solyc10g052660.1 RPS25 40S ribosomal protein S25 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P46301]
11. Solyc01g080210.2
12. Solyc04g079920.2
13. Solyc02g061790.2
14. Solyc12g088660.1
15. Solyc07g045160.2
16. Solyc07g064270.2
17. Solyc09g090610.2
18. Solyc08g023460.2
19. Solyc02g089170.2
20. Solyc04g078170.1
21. Solyc02g064730.2
22. Solyc09g066430.2
23. Solyc06g007470.2
24. Solyc12g096380.1
25. Solyc05g052790.2
26. Solyc03g118610.2
27. Solyc09g065890.2
28. Solyc07g065820.2
29. Solyc03g031940.2
30. Solyc04g078070.2
31. Solyc12g042360.1
32. Solyc06g048500.1
33. Solyc11g040110.1
34. Solyc12g009620.1
35. Solyc04g080770.2
36. Solyc02g093530.2
37. Solyc12g036250.1
38. Solyc07g063580.2
39. Solyc02g067100.2
40. Solyc10g079610.1
41. Solyc08g005470.2
42. Solyc07g064150.2
43. Solyc03g005140.1
44. Solyc06g062430.2
45. Solyc01g098350.2
46. Solyc04g005510.2
47. Solyc04g028500.1
48. Solyc05g010570.2
49. Solyc06g083720.1
50. Solyc05g051500.2
51. Solyc09g097970.2
52. Solyc06g083780.2
53. Solyc07g020860.2
54. Solyc03g006120.2
55. Solyc11g012410.1 IMP3 Inositol monophosphatase 3 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P54928]
56. Solyc06g059880.2
57. Solyc01g097870.2
58. Solyc05g054550.2
59. Solyc11g072550.1
60. Solyc04g080550.2
61. Solyc10g018350.1
62. Solyc09g074680.2
63. Solyc02g064540.1
64. Solyc01g086860.2
65. Solyc12g010950.1
66. Solyc10g007350.2
67. Solyc11g020060.1
68. Solyc03g098460.2
69. Solyc01g008850.2
70. Solyc03g044150.2
71. Solyc02g084000.2
72. Solyc01g109150.2
73. Solyc06g069090.2
74. Solyc07g066420.2
Retrogenes FASTA BED
TSV (download all or selected columns from MySQL table)
Parental genes FASTA BED
TSV (download all or selected columns from MySQL table)