Detailed information on CNT0004714


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE (A. thaliana):
NONATHT003818, E-value = 3e-07

Potential orthologs
: nothing found

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CNT0008938, E-value = 5e-09 (S. tuberosum)

Expression of CNT0004714

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MSLSTLLYDMDINLPQLNFFDFWFHKKGSE*

>peptide 2 (68 aa)
MSISYIIMRFGSIRLLIAFDVILIYIYIYIYIYIYFFLDFRISSFKHGSSLCVELFRKFTMWVGFFHK*

>peptide 3 (36 aa)
MQTLYFIMNLLLVIWVLTSAAWSITLNDPSLISMVG*

>peptide 4 (41 aa)
MYVGFALWFICKKWYLAWELYIDLVMCHLYFRQLVFCSRIH*

>peptide 5 (59 aa)
MNYGFTSWFRFSSSMAIRFEFASLVVYQSICLHFNNYAFFFSFYQDNLKDMKMIAIETF*

>peptide 6 (55 aa)
MSRRKNSSVGFALILQMPDGLPCVIILLSIVLFLFGDFLVGMVKFLIKLYKSNAL*

>peptide 7 (30 aa)
MLVKVQTKVCLFFVTDFENSSKKWFLKIVF*

>peptide 8 (29 aa)
MQARLNFCFFFGLHSFCLPSMFSCNFFSL*

>peptide 9 (40 aa)
MQNLIRLRVTYNEFRCYLFFFFFLNMEHFVPCMSAFCRIS*

>peptide 10 (79 aa)
MFWIENLRKGLNALFYIKMIYYFKCSCICIILPYMPTVFGIRNLKISILYIKYGMNDFNLGNILFYMVMVLYKVYYFIC*

>peptide 11 (57 aa)
MYVTLAGAGLTLADDVCHFSTWFKISVESNMTWPSRICLEPFCVESDTRYHLQHRPN*

>peptide 12 (32 aa)
MTWTSICLNSIFLISGFIRKGQSEDIKTGQFF*

>peptide 13 (33 aa)
MVFENCFLMFCRTKVCLETKNVFNMLLMFLNMF*

>peptide 14 (41 aa)
MWGLHCGLYVKSGILPGNCILTWSCAICILGSLCFVQEFID*

>peptide 15 (37 aa)
MMIVACWCCLSLLDLRSVVWLCTIERLLLLQTGYPVV*

Sequence

>CNT0004714
TAAAGAGTGAGTTTTTTTTCATGTTTTGCATGCGGGCTATACGCGTCCGTTCCGCGTAGAACAGAGTATAAATTCAGAGTTTAGGGTAATGGGTTGGGAT
TTTGGAGGATGAAAGATGATGGAGTGGGGTGTTGGGGTTTTCCTTTTTGATGGGTGTTGAATGAAGAGTACAGGCATTAGGTTTTTTTGTGTTTGAGGAT
GATGGGTGAAGGCGGTTTTTAGGGTTTTGTACGACGATCTTATTCCATATTAAAATAAAGATGATAGGCGAAGACGGTAGAATTTTTCTGTTAGGGTTTC
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TACTCTCAATGATCCGAGTTTGATTAGCATGGTGGGATAAGTTTATTTGGAGTGCTAACAGGAGTTGTTTTTTTGGGCTTCCAATTGATGTTGTTTTTGC
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TCTCACTTTCCTTTGGATTACCAAGGTTTGGTTTGTGAAGATTTTGTCTATGAGGTTTTGGTAAATAAATAAGTAAAAATGTATGTGGGGTTTGCACTGT
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TATGCTTCTTACTTGCTTTCATGGTGTGTTGAAGCGCTCTAGTTATTGATTAATTAAATATTCGAAGCAAAGCATTGAAATTTTTTTGCTTGAGTATAAA
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GGCTTGTTTGGTTGCTTATATTGACCATTATGACCTTGCTTCTTGGGATTGTAGTTTAATTGGTCTGAGCAATGCCCTTGCCATGCGGAAGTTGCGGGTT
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TCTTTTTATATAACTTTGCTTGATTTCATTCTTATCTTGGGAGGACAATGTATTTTTGTTGTTTGAAAATTTCGGTTTTCTCTTATTTATTTTTCCTTGT
TTCACAAAGCTTGGCTTGATTTCATTGTTATCTAGGGAGGCTGTATATTTCTACTCTTTTACAGCTATATGGGCATGACTAAGGATTTCATGTTTTCTTG
CACTTCCCTTTGTACCCAGGTTCTAATAAAAATAAATAAATAAAAAGCTTGTTCATGAGGCAGTTTGTGGCTTAGAAATCATAGAAAGTGGTCTATATTG
AATCATTGATATGGTTAAGAACTTTTCTCATGTGCCATTGTAGTTTAGGCAGTTTGAGTTGTAGAATTTATTTATTAGTATTTTAACAATTGTATGCTTG
TTAAGGTGCAAACGAAAGTATGCCTTTTTTTTGTAACTGATTTCGAAAACAGTTCGAAAAAATGGTTTTTGAAAATTGTTTTTTGATGTTTTGTAGAACA
AAAGTCTGCTTGGAAACTAAAAATGTTTTTAACATGCTTTTAATGTTTTTAAATATGTTTTAAAAATATTTTTATATCTAGTGCGTTAACTTTATTCATT
ACCTGTTTGTATAATTATTTTTTAAAA

lncRNA-RNA interactions

Number of interactions: 1

Potential function Interacting transcript Gene description Transcript biotype lncRNA id Alignment score (LAST) Alignment length Transcript region involved in interaction Genomic orientation of interacting RNAs
VIT_17s0000g02850.t01 Putative uncharacterized protein protein coding CNT0004714 136 77 CDS Trans