Common name: Pacific transparent sea squirt
Latin name: Ciona savignyi
Genome assembly: CSAV2.0
All retrocopies: 32
Parental genes: 29

Summary: Number of retrocopies :
Conserved ORF: 25 ORF 7 ORF
Expressed retrocopies (EST): 5 EST 27 EST

# RetrogeneDB ID Identity Coverage ORF conservation Expression evidence
1. retro_csav_1 51.15 % 95.98 % ORF EST
2. retro_csav_2 56.98 % 98.35 % ORF EST
3. retro_csav_3 67.95 % 96.74 % ORF EST
4. retro_csav_4 52.70 % 98.01 % ORF EST
5. retro_csav_5 73.82 % 95.42 % ORF EST
6. retro_csav_6 63.73 % 90.19 % ORF EST
7. retro_csav_7 76.92 % 55.18 % ORF EST
8. retro_csav_8 64.24 % 92.97 % ORF EST
9. retro_csav_9 58.61 % 94.02 % ORF EST
10. retro_csav_10 55.04 % 99.73 % ORF EST
11. retro_csav_11 74.29 % 97.22 % ORF EST
12. retro_csav_12 50.95 % 71.43 % ORF EST
13. retro_csav_13 51.30 % 89.64 % ORF EST
14. retro_csav_14 52.11 % 54.05 % ORF EST
15. retro_csav_15 51.42 % 97.23 % ORF EST
16. retro_csav_17 67.99 % 57.29 % ORF EST
17. retro_csav_18 53.10 % 97.97 % ORF EST
18. retro_csav_19 62.71 % 99.72 % ORF EST
19. retro_csav_21 60.00 % 98.75 % ORF EST
20. retro_csav_22 59.84 % 78.88 % ORF EST
21. retro_csav_24 65.09 % 58.28 % ORF EST
22. retro_csav_25 70.65 % 85.98 % ORF EST
23. retro_csav_26 58.89 % 98.26 % ORF EST
24. retro_csav_27 61.26 % 96.49 % ORF EST
25. retro_csav_28 55.50 % 95.83 % ORF EST
26. retro_csav_29 93.18 % 100.00 % ORF EST
27. retro_csav_30 74.23 % 57.84 % ORF EST
28. retro_csav_31 72.16 % 57.25 % ORF EST
29. retro_csav_32 68.39 % 59.66 % ORF EST
30. retro_csav_33 53.49 % 96.63 % ORF EST
31. retro_csav_34 94.46 % 98.95 % ORF EST
32. retro_csav_35 56.44 % 75.05 % ORF EST
# Ensembl ID Symbol Description
1. ENSCSAVG00000007589
2. ENSCSAVG00000000107
3. ENSCSAVG00000011723 CSA.5346
4. ENSCSAVG00000009206 CSA.5592
5. ENSCSAVG00000001209 CSA.4391
6. ENSCSAVG00000007421
7. ENSCSAVG00000008457 CSA.10126
8. ENSCSAVG00000006503 CSA.9185
9. ENSCSAVG00000000472 CSA.5848
10. ENSCSAVG00000006859 CSA.3865 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:H2Z293]
11. ENSCSAVG00000008955
12. ENSCSAVG00000001800 CSA.10341
13. ENSCSAVG00000005955
14. ENSCSAVG00000003785
15. ENSCSAVG00000007011 CSA.10326
16. ENSCSAVG00000004266 CSA.10368 Serine/threonine-protein phosphatase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:H2YP82]
17. ENSCSAVG00000004748
18. ENSCSAVG00000008837
19. ENSCSAVG00000004129
20. ENSCSAVG00000004560
21. ENSCSAVG00000009498
22. ENSCSAVG00000000950
23. ENSCSAVG00000008588 CSA.971
24. ENSCSAVG00000006136
25. ENSCSAVG00000009653 CSA.1484
26. ENSCSAVG00000004455 CSA.8408
27. ENSCSAVG00000003934
28. ENSCSAVG00000000194
29. ENSCSAVG00000001466 CSA.4860
Retrogenes FASTA BED
TSV (download all or selected columns from MySQL table)
Parental genes FASTA BED
TSV (download all or selected columns from MySQL table)