Parental gene:

GAPDH, ENSSSCG00000000694

Aliases:GAPDH, GAPD
Description:Sus scrofa glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001206359]
Organism:Pig (Sus scrofa)
Coordinates:5:66448693..66449511(+)


>ENSSSCG00000000694
AAGCTCACTGGCATGGCCTTCCGTGTCCCCACCCCCAACGTGTCGGTTGTGGATCTGACCTGCCGCCTGGAGAAACCTGC
AAAATATGATGACATCAAGAAGGTGGTGAAGCAGGCGTCCGAGGGCCCCCTCAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGGACC
AGGTTGTGTCCTGTGACTTCAACAGTGACACTCACTCTTCCACTTTTGATGCTGGGGCTGGCATTGCCCTCAACGACCAC
TTCGTCAAGCTCATTTCCTGGTACGACAATGAATTTGGCTACAGCAACAGGGTGGTGGACCTCATGGTCCACATGGCCTC
CAAGGAGTAA

Library Parental gene expression (RPM)
SRP014902_placenta 1306 .74 RPM
SRP014902_testis 227 .87 RPM
SRP018856_adipose 248 .74 RPM
SRP018288_kidney 580 .20 RPM
SRP018288_lung 210 .17 RPM
SRP018288_liver 277 .92 RPM
SRP018288_heart 2299 .30 RPM
SRP035408_liver 464 .67 RPM
SRP035408_brain 1183 .81 RPM



Species Parental gene accession Homology type Retrogenes number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG00000006675 ortholog_one2one 5 retrogenes
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG00000014329 possible_ortholog 35 retrogenes
Bos taurus ENSBTAG00000014731 ortholog_one2one 4 retrogenes
Canis familiaris ENSCAFG00000015077 possible_ortholog 4 retrogenes
Callithrix jacchus ENSCJAG00000008234 possible_ortholog 1 retrogene
Cavia porcellus ENSCPOG00000026350 ortholog_one2many 1 retrogene
Echinops telfairi ENSETEG00000013749 ortholog_one2one 118 retrogenes
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Gorilla gorilla ENSGGOG00000009553 possible_ortholog 30 retrogenes
Loxodonta africana ENSLAFG00000002780 possible_ortholog 3 retrogenes
Macaca mulatta ENSMMUG00000018679 possible_ortholog 33 retrogenes
Monodelphis domestica ENSMODG00000018066 possible_ortholog 41 retrogenes
Mustela putorius furo ENSMPUG00000016891 possible_ortholog 28 retrogenes
Mus musculus ENSMUSG00000057666 possible_ortholog 109 retrogenes
retro_mmus_1029, retro_mmus_1082, retro_mmus_1136, retro_mmus_1193, retro_mmus_1249, retro_mmus_1319, retro_mmus_1328, retro_mmus_136, retro_mmus_1365, retro_mmus_1371, retro_mmus_1467, retro_mmus_1474, retro_mmus_1480, retro_mmus_1615, retro_mmus_1692, retro_mmus_1721, retro_mmus_1728, retro_mmus_1886, retro_mmus_1922, retro_mmus_1957, retro_mmus_1983, retro_mmus_1985, retro_mmus_2009, retro_mmus_2020, retro_mmus_2030, retro_mmus_2100, retro_mmus_211, retro_mmus_2119, retro_mmus_2122, retro_mmus_2148, retro_mmus_2158, retro_mmus_2175, retro_mmus_2206, retro_mmus_2216, retro_mmus_2248, retro_mmus_2298, retro_mmus_2370, retro_mmus_2371, retro_mmus_2389, retro_mmus_2463, retro_mmus_2477, retro_mmus_2481, retro_mmus_2512, retro_mmus_2556, retro_mmus_2587, retro_mmus_2623, retro_mmus_2626, retro_mmus_2647, retro_mmus_2681, retro_mmus_2755, retro_mmus_2761, retro_mmus_2764, retro_mmus_2848, retro_mmus_2872, retro_mmus_2911, retro_mmus_2912, retro_mmus_2913, retro_mmus_2914, retro_mmus_2915, retro_mmus_2920, retro_mmus_2932, retro_mmus_2943, retro_mmus_300, retro_mmus_3036, retro_mmus_3064, retro_mmus_3120, retro_mmus_3137, retro_mmus_3140, retro_mmus_3148, retro_mmus_3151, retro_mmus_3188, retro_mmus_3193, retro_mmus_3197, retro_mmus_3216, retro_mmus_3228, retro_mmus_3306, retro_mmus_3335, retro_mmus_3336, retro_mmus_3357, retro_mmus_3377, retro_mmus_3445, retro_mmus_3514, retro_mmus_3575, retro_mmus_3650, retro_mmus_3658, retro_mmus_3693, retro_mmus_3716, retro_mmus_3814, retro_mmus_416, retro_mmus_437, retro_mmus_48, retro_mmus_553, retro_mmus_608, retro_mmus_619, retro_mmus_628, retro_mmus_635, retro_mmus_698, retro_mmus_745, retro_mmus_765, retro_mmus_766, retro_mmus_787, retro_mmus_811, retro_mmus_893, retro_mmus_914, retro_mmus_921, retro_mmus_946, retro_mmus_952, retro_mmus_976, retro_mmus_996,
Ornithorhynchus anatinus ENSOANG00000004492 ortholog_one2one 1 retrogene
Rattus norvegicus ENSRNOG00000018630 possible_ortholog 4 retrogenes
Rattus norvegicus ENSRNOG00000030638 possible_ortholog 2 retrogenes
Sarcophilus harrisii ENSSHAG00000014953 possible_ortholog 4 retrogenes
Tursiops truncatus ENSTTRG00000016094 ortholog_one2one 2 retrogenes
Xenopus tropicalis ENSXETG00000033975 ortholog_one2one 1 retrogene

# RetrogeneDB ID Identity (%) Coverage (%) ORF conservation Expression evidence RDV
1. retro_sscr_572 51.56 57.80
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2. retro_sscr_1213 60.36 100.00
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Download FASTA sequences of all ENSSSCG00000000694 retrocopies