miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST


BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>32100_mmu-mir-466a:mirbase
          Length = 73

 Score =  145 bits (73), Expect = 5e-36
 Identities = 73/73 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 86

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 Identities = 69/71 (97%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 86

 Score =  125 bits (63), Expect = 4e-30
 Identities = 69/71 (97%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
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Sbjct: 66 acacataagac 76




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          Length = 84

 Score =  125 bits (63), Expect = 4e-30
 Identities = 69/71 (97%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 84

 Score =  125 bits (63), Expect = 4e-30
 Identities = 69/71 (97%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
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          Length = 84

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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32119_mmu-mir-466c-1:mirbase
          Length = 84

 Score =  121 bits (61), Expect = 7e-29
 Identities = 70/73 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||||||||
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 Score =  121 bits (61), Expect = 7e-29
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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32121_mmu-mir-466c-2:mirbase
          Length = 90

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 Identities = 70/73 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32102_mmu-mir-466b-1:mirbase
          Length = 82

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32103_mmu-mir-466b-1:mirbase
          Length = 82

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
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          |||||||||||
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>32108_mmu-mir-466b-4:mirbase
          Length = 90

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32109_mmu-mir-466b-4:mirbase
          Length = 90

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
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          |||||||||||
Sbjct: 67 acacataagac 77




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          Length = 88

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32111_mmu-mir-466b-5:mirbase
          Length = 88

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
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Sbjct: 65 acacataagac 75




>32112_mmu-mir-466b-6:mirbase
          Length = 90

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
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>32113_mmu-mir-466b-6:mirbase
          Length = 90

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
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          |||||||||||
Sbjct: 67 acacataagac 77




>32114_mmu-mir-466b-7:mirbase
          Length = 88

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
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          |||||||||||
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>32115_mmu-mir-466b-7:mirbase
          Length = 88

 Score =  117 bits (59), Expect = 1e-27
 Identities = 68/71 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 5  tatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtgtgaatatgatatacatatacatacacgc 64

                     
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          |||||||||||
Sbjct: 65 acacataagac 75




>32106_mmu-mir-466b-3:mirbase
          Length = 81

 Score =  113 bits (57), Expect = 2e-26
 Identities = 69/73 (94%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||
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          |||||||||||||
Sbjct: 61 gcacacataagac 73




>32107_mmu-mir-466b-3:mirbase
          Length = 81

 Score =  113 bits (57), Expect = 2e-26
 Identities = 69/73 (94%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 1  tatatgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatgatatccatatacatacac 60
          |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct: 1  tatatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtgtgaatatgatatacaaatacatacac 60

                       
Query: 61 gcacacataagac 73
          |||||||||||||
Sbjct: 61 gcacacataagac 73




>32104_mmu-mir-466b-2:mirbase
          Length = 82

 Score =  109 bits (55), Expect = 3e-25
 Identities = 67/71 (94%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 3  tatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatgatatacatatacatacacgc 62

                     
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          |||||||||||
Sbjct: 63 acacataagac 73




>32105_mmu-mir-466b-2:mirbase
          Length = 82

 Score =  109 bits (55), Expect = 3e-25
 Identities = 67/71 (94%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 3  tatgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatgatatccatatacatacacgc 62
          |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 3  tatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatgatatacatatacatacacgc 62

                     
Query: 63 acacataagac 73
          |||||||||||
Sbjct: 63 acacataagac 73




>32148_mmu-mir-466p:mirbase
          Length = 89

 Score =  101 bits (51), Expect = 6e-23
 Identities = 70/74 (94%), Gaps = 3/74 (4%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||
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          ||||||||||||||
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>32149_mmu-mir-466p:mirbase
          Length = 89

 Score =  101 bits (51), Expect = 6e-23
 Identities = 70/74 (94%), Gaps = 3/74 (4%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 1  tatatgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatgat-atccatatacataca 59
          ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||
Sbjct: 5  tatatgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatgtgtgaatatgatgat--atatacataca 62

                        
Query: 60 cgcacacataagac 73
          ||||||||||||||
Sbjct: 63 cgcacacataagac 76




>32123_mmu-mir-466d:mirbase
          Length = 96

 Score = 75.8 bits (38), Expect = 4e-15
 Identities = 60/66 (90%), Gaps = 1/66 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatg-atatccatatacatacacgca 63
          ||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct: 5  tgtgtttgtgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacgca 64

                
Query: 64 cacata 69
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Sbjct: 65 cacata 70




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          Length = 96

 Score = 75.8 bits (38), Expect = 4e-15
 Identities = 60/66 (90%), Gaps = 1/66 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatg-atatccatatacatacacgca 63
          ||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct: 5  tgtgtttgtgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacgca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




>32146_mmu-mir-466o:mirbase
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 Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-14
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 Strand = Plus / Plus

                                                           
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          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
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          Length = 84

 Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-14
 Identities = 46/49 (93%)
 Strand = Plus / Plus

                                                           
Query: 3  tatgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatgatatccata 51
          |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct: 7  tatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtgtgaatatgatatacata 55




>31976_mmu-mir-297c:mirbase
          Length = 98

 Score = 50.1 bits (25), Expect = 2e-07
 Identities = 50/57 (87%), Gaps = 1/57 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                   
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          ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 4  tgtgtatatgtatgtgtgcatgtacatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 60




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          Length = 94

 Score = 50.1 bits (25), Expect = 2e-07
 Identities = 47/53 (88%), Gaps = 1/53 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                               
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          ||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||
Sbjct: 12 tgtgtttgtgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatgcatatacat 64




>32145_mmu-mir-466n:mirbase
          Length = 94

 Score = 50.1 bits (25), Expect = 2e-07
 Identities = 47/53 (88%), Gaps = 1/53 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                               
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatg-atatccatatacat 56
          ||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||
Sbjct: 12 tgtgtttgtgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatgcatatacat 64




>32128_mmu-mir-466f-2:mirbase
          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 56/66 (84%), Gaps = 1/66 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacacgca 63
          |||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||| |||   ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
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>32129_mmu-mir-466f-2:mirbase
          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
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Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacacgca 63
          |||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||| |||   ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




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          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacacgca 63
          |||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||| |||   ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




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          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
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Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacacgca 63
          |||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||| |||   ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




>31970_mmu-mir-297a-3:mirbase
          Length = 102

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 5e-05
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 Strand = Plus / Plus

                                                                   
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          ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 4  tgtgtatatgtatgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 60




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          Length = 98

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 5e-05
 Identities = 49/57 (85%), Gaps = 1/57 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                   
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacac 60
          ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 4  tgtgtatatgtatgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgagtatacatatacatacac 60




>32265_mmu-mir-669f:mirbase
          Length = 121

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 5e-05
 Identities = 46/53 (86%), Gaps = 1/53 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                               
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacacgcacac 66
          ||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||
Sbjct: 23 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacacacac 75




>32266_mmu-mir-669f:mirbase
          Length = 121

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 5e-05
 Identities = 46/53 (86%), Gaps = 1/53 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                               
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacacgcacac 66
          ||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||
Sbjct: 23 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacacacac 75




>32924_rno-mir-466b-2:mirbase
          Length = 82

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 5e-05
 Identities = 49/57 (85%), Gaps = 1/57 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                   
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacac 60
          ||||| |||||||||||  |||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 5  tgtgtatatgtgtgtgtgtatgtccatgtgtgtatatgattatacatatacatacac 61




>31969_mmu-mir-297a-2:mirbase
          Length = 64

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 25/27 (92%)
 Strand = Plus / Plus

                                     
Query: 2  atatgtgtttatgtgtgtgtacatgta 28
          ||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct: 14 atatgtgctcatgtgtgtgtacatgta 40




>31972_mmu-mir-297a-5:mirbase
          Length = 90

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 47/55 (85%), Gaps = 1/55 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                 
Query: 5  tgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatac 58
          ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||
Sbjct: 4  tgtgtatatgtatgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgagtatacatatacatac 58




>32139_mmu-mir-466k:mirbase
          Length = 122

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 19/19 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                             
Query: 13 tgtgtgtgtacatgtacat 31
          |||||||||||||||||||
Sbjct: 20 tgtgtgtgtacatgtacat 38




>32142_mmu-mir-466m:mirbase
          Length = 84

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 41/47 (87%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacac 60
          ||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 13 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 59




>32143_mmu-mir-466m:mirbase
          Length = 84

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 41/47 (87%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacac 60
          ||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 13 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 59




>32262_mmu-mir-669d:mirbase
          Length = 121

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 41/47 (87%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacac 60
          ||||||| |||||| || |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 45 tgtgtgtgcatgtatatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 91




>32273_mmu-mir-669l:mirbase
          Length = 98

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 8e-04
 Identities = 41/47 (87%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatatgtgaatatga-tatccatatacatacac 60
          ||||||| |||||| || |||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct: 22 tgtgtgtgcatgtatatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 68