miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST


BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>32105_mmu-mir-466b-2:mirbase
          Length = 82

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>32102_mmu-mir-466b-1:mirbase
          Length = 82

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 Identities = 81/82 (98%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 82

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 Identities = 81/82 (98%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32108_mmu-mir-466b-4:mirbase
          Length = 90

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 Identities = 81/82 (98%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 90

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          Length = 88

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>32112_mmu-mir-466b-6:mirbase
          Length = 90

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          Length = 90

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          Length = 88

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>32115_mmu-mir-466b-7:mirbase
          Length = 88

 Score =  155 bits (78), Expect = 6e-39
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>32116_mmu-mir-466b-8:mirbase
          Length = 86

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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 86

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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 84

 Score =  147 bits (74), Expect = 1e-36
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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 84

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>32106_mmu-mir-466b-3:mirbase
          Length = 81

 Score =  141 bits (71), Expect = 9e-35
 Identities = 77/79 (97%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 81

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          |||||||||||||||||||
Sbjct: 63 acacataagacacatatga 81




>32118_mmu-mir-466c-1:mirbase
          Length = 84

 Score =  135 bits (68), Expect = 5e-33
 Identities = 77/80 (96%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32119_mmu-mir-466c-1:mirbase
          Length = 84

 Score =  135 bits (68), Expect = 5e-33
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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          Length = 90

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          ||||||||||||||||||||
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>32121_mmu-mir-466c-2:mirbase
          Length = 90

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Sbjct: 67 acacataagacacatatgag 86




>32148_mmu-mir-466p:mirbase
          Length = 89

 Score =  111 bits (56), Expect = 8e-26
 Identities = 75/80 (93%), Gaps = 1/80 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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>32149_mmu-mir-466p:mirbase
          Length = 89

 Score =  111 bits (56), Expect = 8e-26
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          |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||
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>32100_mmu-mir-466a:mirbase
          Length = 73

 Score =  109 bits (55), Expect = 3e-25
 Identities = 67/71 (94%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
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          |||||||||||
Sbjct: 63 acacataagac 73




>32101_mmu-mir-466a:mirbase
          Length = 73

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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 3  tatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatgatatacatatacatacacgc 62
          |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 3  tatgtgtttatgtgtgtgtacatgtacatatgtgaatatgatatccatatacatacacgc 62

                     
Query: 63 acacataagac 73
          |||||||||||
Sbjct: 63 acacataagac 73




>32146_mmu-mir-466o:mirbase
          Length = 84

 Score =  101 bits (51), Expect = 7e-23
 Identities = 74/82 (90%), Gaps = 6/82 (7%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 1  tgtatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatgatatacatatacatacac 60
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      ||||||||||| 
Sbjct: 5  tgtatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtgtgaatatg------atatacatacat 58

                                
Query: 61 gcacacataagacacatatgag 82
          ||||||||||||||||||||||
Sbjct: 59 gcacacataagacacatatgag 80




>32147_mmu-mir-466o:mirbase
          Length = 84

 Score =  101 bits (51), Expect = 7e-23
 Identities = 74/82 (90%), Gaps = 6/82 (7%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 1  tgtatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatgatatacatatacatacac 60
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      ||||||||||| 
Sbjct: 5  tgtatgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtgtgaatatg------atatacatacat 58

                                
Query: 61 gcacacataagacacatatgag 82
          ||||||||||||||||||||||
Sbjct: 59 gcacacataagacacatatgag 80




>32123_mmu-mir-466d:mirbase
          Length = 96

 Score = 75.8 bits (38), Expect = 4e-15
 Identities = 54/58 (93%), Gaps = 1/58 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                    
Query: 13 tgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgcacacata 69
          |||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 13 tgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacgcacacata 70




>32122_mmu-mir-466d:mirbase
          Length = 96

 Score = 75.8 bits (38), Expect = 4e-15
 Identities = 54/58 (93%), Gaps = 1/58 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                    
Query: 13 tgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgcacacata 69
          |||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 13 tgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacgcacacata 70




>31976_mmu-mir-297c:mirbase
          Length = 98

 Score = 52.0 bits (26), Expect = 6e-08
 Identities = 45/50 (90%), Gaps = 1/50 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                            
Query: 12 atgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          |||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 11 atgtatgtgtgcatgtacatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 60




>32265_mmu-mir-669f:mirbase
          Length = 121

 Score = 50.1 bits (25), Expect = 2e-07
 Identities = 47/53 (88%), Gaps = 1/53 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                               
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgcacac 66
          ||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 23 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacacacac 75




>32266_mmu-mir-669f:mirbase
          Length = 121

 Score = 50.1 bits (25), Expect = 2e-07
 Identities = 47/53 (88%), Gaps = 1/53 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                               
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgcacac 66
          ||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 23 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacacacacac 75




>32140_mmu-mir-466l:mirbase
          Length = 121

 Score = 48.1 bits (24), Expect = 1e-06
 Identities = 50/58 (86%), Gaps = 3/58 (5%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                    
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaata---tgatatacatatacatacacgcacacata 69
          ||||||||||||||||||| |  |||   ||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct: 22 tgtgtgtacatgtacatgtatatatatattgatatacatataaatacatgcacacata 79




>32141_mmu-mir-466l:mirbase
          Length = 121

 Score = 48.1 bits (24), Expect = 1e-06
 Identities = 50/58 (86%), Gaps = 3/58 (5%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                    
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaata---tgatatacatatacatacacgcacacata 69
          ||||||||||||||||||| |  |||   ||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct: 22 tgtgtgtacatgtacatgtatatatatattgatatacatataaatacatgcacacata 79




>32142_mmu-mir-466m:mirbase
          Length = 84

 Score = 46.1 bits (23), Expect = 4e-06
 Identities = 42/47 (89%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          ||||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 13 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 59




>32143_mmu-mir-466m:mirbase
          Length = 84

 Score = 46.1 bits (23), Expect = 4e-06
 Identities = 42/47 (89%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          ||||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 13 tgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 59




>32262_mmu-mir-669d:mirbase
          Length = 121

 Score = 46.1 bits (23), Expect = 4e-06
 Identities = 42/47 (89%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          ||||||| |||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 45 tgtgtgtgcatgtatatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 91




>32273_mmu-mir-669l:mirbase
          Length = 98

 Score = 46.1 bits (23), Expect = 4e-06
 Identities = 42/47 (89%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          ||||||| |||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 22 tgtgtgtgcatgtatatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 68




>31970_mmu-mir-297a-3:mirbase
          Length = 102

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 44/50 (88%), Gaps = 1/50 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                            
Query: 12 atgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          |||| ||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 11 atgtatgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatacatatacatacac 60




>31971_mmu-mir-297a-4:mirbase
          Length = 98

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 44/50 (88%), Gaps = 1/50 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                            
Query: 12 atgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          |||| ||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 11 atgtatgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgagtatacatatacatacac 60




>32128_mmu-mir-466f-2:mirbase
          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 56/66 (84%), Gaps = 1/66 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgca 63
          |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||  ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




>32129_mmu-mir-466f-2:mirbase
          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
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 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgca 63
          |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||  ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




>32130_mmu-mir-466f-3:mirbase
          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 56/66 (84%), Gaps = 1/66 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgca 63
          |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||  ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




>32131_mmu-mir-466f-3:mirbase
          Length = 94

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 56/66 (84%), Gaps = 1/66 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                      
Query: 5  tgtgttgatgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacacgca 63
          |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||  ||||||||||| ||
Sbjct: 5  tgtgtttacgtgtgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgaatatatgtatacatacacaca 64

                
Query: 64 cacata 69
          ||||||
Sbjct: 65 cacata 70




>32924_rno-mir-466b-2:mirbase
          Length = 82

 Score = 44.1 bits (22), Expect = 1e-05
 Identities = 44/50 (88%), Gaps = 1/50 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                            
Query: 12 atgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatgat-atacatatacatacac 60
          ||||||||||  |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 12 atgtgtgtgtgtatgtccatgtgtgtatatgattatacatatacatacac 61




>32139_mmu-mir-466k:mirbase
          Length = 122

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 6e-05
 Identities = 21/21 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                               
Query: 13 tgtgtgtgtacatgtacatgt 33
          |||||||||||||||||||||
Sbjct: 20 tgtgtgtgtacatgtacatgt 40




>32144_mmu-mir-466n:mirbase
          Length = 94

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 6e-05
 Identities = 40/45 (88%), Gaps = 1/45 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                       
Query: 13 tgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatg-atatacatatacat 56
          |||||| |||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||
Sbjct: 20 tgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatgcatatacat 64




>32145_mmu-mir-466n:mirbase
          Length = 94

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 6e-05
 Identities = 40/45 (88%), Gaps = 1/45 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                       
Query: 13 tgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatg-atatacatatacat 56
          |||||| |||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||
Sbjct: 20 tgtgtgcgtacatgtacatgtgtgtatatgaatatgcatatacat 64




>31972_mmu-mir-297a-5:mirbase
          Length = 90

 Score = 40.1 bits (20), Expect = 2e-04
 Identities = 42/48 (87%), Gaps = 1/48 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                          
Query: 12 atgtgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatac 58
          |||| ||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||
Sbjct: 11 atgtatgtgtgcatgtgcatgtgtgtatatgagtatacatatacatac 58




>26039_gga-mir-466:mirbase
          Length = 69

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 0.001
 Identities = 28/31 (90%)
 Strand = Plus / Plus

                                         
Query: 43 atatacatatacatacacgcacacataagac 73
          ||||| ||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct: 39 atatatatatatatacacacacacataagac 69




>32263_mmu-mir-669d-2:mirbase
          Length = 86

 Score = 38.2 bits (19), Expect = 0.001
 Identities = 41/47 (87%), Gaps = 1/47 (2%)
 Strand = Plus / Plus

                                                         
Query: 15 tgtgtgtacatgtacatgtctgaatatga-tatacatatacatacac 60
          ||||||| |||||| |||| |  |||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 18 tgtgtgtgcatgtatatgtgtctatatgaatatacatatacatacac 64