miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>32958_rno-mir-568:mirbase
Length = 96
Score = 107 bits (54), Expect = 1e-24
Identities = 75/82 (91%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacacttctatatatgtccacatatatgcggtgtg 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||
Sbjct: 5 acactatattatgtataaatgtatacacacttctatatgtgcccacatatatacagtgta 64
Query: 61 tgtattatacaggtataggtgt 82
| |||||||| |||||||||||
Sbjct: 65 tctattatactggtataggtgt 86
>26882_cfa-mir-568:mirbase
Length = 86
Score = 87.7 bits (44), Expect = 1e-18
Identities = 75/84 (89%), Gaps = 1/84 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatatgcggtgt 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||
Sbjct: 3 acactatattatgtataaatgtatacacacttcctatatatatccatatatatatagtgt 62
Query: 60 gtgtattatacaggtataggtgtg 83
| ||||||||| |||||||||||
Sbjct: 63 atatattatacatgtataggtgtg 86
>28017_mml-mir-568:mirbase
Length = 94
Score = 87.7 bits (44), Expect = 1e-18
Identities = 75/84 (89%), Gaps = 1/84 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatatgcggtgt 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct: 5 acactatattatgtataaatgtatacacacttcctatatgtatccacatatatatagtgt 64
Query: 60 gtgtattatacaggtataggtgtg 83
| ||||||||| |||||||||||
Sbjct: 65 atatattatacatgtataggtgtg 88
>28880_hsa-mir-568:mirbase
Length = 95
Score = 87.7 bits (44), Expect = 1e-18
Identities = 75/84 (89%), Gaps = 1/84 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatatgcggtgt 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct: 6 acactatattatgtataaatgtatacacacttcctatatgtatccacatatatatagtgt 65
Query: 60 gtgtattatacaggtataggtgtg 83
| ||||||||| |||||||||||
Sbjct: 66 atatattatacatgtataggtgtg 89
>30507_ptr-mir-568:mirbase
Length = 94
Score = 87.7 bits (44), Expect = 1e-18
Identities = 75/84 (89%), Gaps = 1/84 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatatgcggtgt 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct: 6 acactatattatgtataaatgtatacacacttcctatatgtatccacatatatatagtgt 65
Query: 60 gtgtattatacaggtataggtgtg 83
| ||||||||| |||||||||||
Sbjct: 66 atatattatacatgtataggtgtg 89
>31149_ppy-mir-568:mirbase
Length = 95
Score = 87.7 bits (44), Expect = 1e-18
Identities = 75/84 (89%), Gaps = 1/84 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatatgcggtgt 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct: 6 acactatattatgtataaatgtatacacacttcctatatgtatccacatatatatagtgt 65
Query: 60 gtgtattatacaggtataggtgtg 83
| ||||||||| |||||||||||
Sbjct: 66 atatattatacatgtataggtgtg 89
>33422_bta-mir-568:mirbase
Length = 94
Score = 87.7 bits (44), Expect = 1e-18
Identities = 75/84 (89%), Gaps = 1/84 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 acactatattatgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatatgcggtgt 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||
Sbjct: 5 acactatattatgtataaatgtatacacacttcctatatatatccatatatatatagtgt 64
Query: 60 gtgtattatacaggtataggtgtg 83
| ||||||||| |||||||||||
Sbjct: 65 atatattatacatgtataggtgtg 88
>27235_eca-mir-568:mirbase
Length = 61
Score = 54.0 bits (27), Expect = 2e-08
Identities = 40/43 (93%), Gaps = 1/43 (2%)
Strand = Plus / Plus
Query: 11 atgtataaatgtatacacactt-ctatatatgtccacatatat 52
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||
Sbjct: 1 atgtataaatgtatacacacttcctatatatatccatatatat 43
