miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>33964_ssc-mir-105-2:mirbase
Length = 80
Score = 151 bits (76), Expect = 9e-38
Identities = 79/80 (98%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactccttggtggctgcttatgcaccatggatgtttg 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactccttggtggctgcttatgcaccacggatgtttg 60
Query: 61 agcatgtgctatggtgtcta 80
||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 agcatgtgctatggtgtcta 80
>26681_cfa-mir-105b:mirbase
Length = 80
Score = 143 bits (72), Expect = 2e-35
Identities = 78/80 (97%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactccttggtggctgcttatgcaccatggatgtttg 60
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcatggtcaaatgctcagactccttggtggctgcttatgcaccatgaatgtttg 60
Query: 61 agcatgtgctatggtgtcta 80
||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 agcatgtgctatggtgtcta 80
>27710_mml-mir-105-2:mirbase
Length = 81
Score = 137 bits (69), Expect = 1e-33
Identities = 79/81 (97%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgcttatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctatggtgtcta 81
>28422_hsa-mir-105-2:mirbase
Length = 81
Score = 137 bits (69), Expect = 1e-33
Identities = 79/81 (97%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgcttatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctatggtgtcta 81
>30203_ptr-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 137 bits (69), Expect = 1e-33
Identities = 79/81 (97%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgcttatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctatggtgtcta 81
>30810_ppy-mir-105-2:mirbase
Length = 81
Score = 137 bits (69), Expect = 1e-33
Identities = 79/81 (97%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgcttatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctatggtgtcta 81
>27566_lla-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>27612_sla-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>27709_mml-mir-105-1:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>28204_mne-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>28296_ggo-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>28421_hsa-mir-105-1:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>30083_ppa-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>30809_ppy-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 121 bits (61), Expect = 8e-29
Identities = 77/81 (95%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>26680_cfa-mir-105a:mirbase
Length = 81
Score = 113 bits (57), Expect = 2e-26
Identities = 76/81 (93%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtagtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>33192_bta-mir-105a:mirbase
Length = 81
Score = 113 bits (57), Expect = 2e-26
Identities = 76/81 (93%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtagtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>33963_ssc-mir-105-1:mirbase
Length = 81
Score = 113 bits (57), Expect = 2e-26
Identities = 76/81 (93%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtagtcaaatgctcagactcctgtggtggctgctcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||| ||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctacggtgtcta 81
>27001_eca-mir-105:mirbase
Length = 81
Score = 105 bits (53), Expect = 5e-24
Identities = 75/81 (92%), Gaps = 1/81 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tgtgcatcgtggtcaaatgctcagactcct-tggtggctgcttatgcaccatggatgttt 59
|||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||| ||||||||
Sbjct: 1 tgtgcatcgtagtcaaatgctcagactcctgtggtggccgttcatgcaccacggatgttt 60
Query: 60 gagcatgtgctatggtgtcta 80
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gagcatgtgctatggtgtcta 81
>32713_rno-mir-105:mirbase
Length = 73
Score = 67.9 bits (34), Expect = 1e-12
Identities = 46/50 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 31 tggtggctgcttatgcaccatggatgtttgagcatgtgctatggtgtcta 80
||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct: 23 tggtggctgcttatgtatcacggatgtttgagcatgtgctatggtatcta 72
>31833_mmu-mir-105:mirbase
Length = 80
Score = 65.9 bits (33), Expect = 4e-12
Identities = 42/45 (93%)
Strand = Plus / Plus
Query: 31 tggtggctgcttatgcaccatggatgtttgagcatgtgctatggt 75
|||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct: 30 tggtggctgcttatgcaccacgaatgcttgagcatgtgctatggt 74
