miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>48392_bol-miR824:pmrd
Length = 634
Score = 1251 bits (631), Expect = 0.0
Identities = 634/634 (100%)
Strand = Plus / Plus
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>48411_bra-miR824:pmrd
Length = 632
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Identities = 612/637 (96%), Gaps = 8/637 (1%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 181 ttatgtatatctgtattatcccggctaccaaaacgttaagaaataaggtgaacat---cc 237
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Query: 238 taaaacctgcatccaattagaaaggtctaggtcacagatattacttgttatctcttgatt 297
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Query: 298 aagctattttatttctatcagcatgatcagatcattcaggagttaagtataaactaaaat 357
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Query: 358 acattaagtccattcatgacatttctggatgctgcatacataatattttccttgtttttg 417
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Query: 418 gactatgccacacttcggacagacattttgcctaagagatgtcaaacctctgtctggagt 477
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Sbjct: 417 gactatgccacacttcggacagacatttttcctacgagatgtcaaacctctgtctggagt 476
Query: 478 gttagaggtatttcatgatagctaagaacttgaatcttgcactacttagctacactagat 537
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Sbjct: 477 gttagaggtatttcatgatagctaagaacttgaatcttgcactacttagctacactagtt 536
Query: 538 tacttcatagtaaataacttggggagtgggggaaggtgctgggntattattcccttctca 597
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Sbjct: 537 tacttcatagtaaataacttggggagt-ggggaaggtgctgggttattagtcccttctca 595
Query: 598 tcgatggtctagatgtgcgaggtgactctcattgagg 634
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>48378_bna-miR824:pmrd
Length = 632
Score = 1053 bits (531), Expect = 0.0
Identities = 612/637 (96%), Gaps = 8/637 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 cctcgagttgtctttcatgtctagaccatttgtgagaagggattttttgtttgcaccgtt 60
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Sbjct: 1 cctcgagttgtctttcatgtctagaccatttgtgagaagggattttttgtttgcaccgtt 60
Query: 61 caccccactttcaatctgtagtgagtattaaggaaaatagcttgttcaacatatcacact 120
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Sbjct: 61 caccccactctcaatctgtagtgagtattaaggaaaatagcttgttcaacatatcacact 120
Query: 121 actcttttagaaacaatactatattttagatgcttttccagcttgatatacgttgttttg 180
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Sbjct: 121 actcttttagaaacaaaactatattttagatgcttttccagcttgatatacgttgttttg 180
Query: 181 ttatgtatatctgtattatcccggctaccaaaacgttaagaaataaggtgaacat---cc 237
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Sbjct: 181 ttatgtatacctgtattctcccggctaccaaaacgttaagaaataaggtgaacatctccc 240
Query: 238 taaaacctgcatccaattagaaaggtctaggtcacagatattacttgttatctcttgatt 297
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Sbjct: 241 caaaacctgcatccaattagaaaggtctaggtcacagccattacttgctatctctcgatt 300
Query: 298 aagctattttatttctatcagcatgatcagatcattcaggagttaagtataaactaaaat 357
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Sbjct: 301 aagctattttatttctatcatcatcatcagatcattcaggagttaagtataaaataaaat 360
Query: 358 acattaagtccattcatgacatttctggatgctgcatacataatattttccttgtttttg 417
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Sbjct: 361 acattaagtccattcatgacatttctggatgctgcatacataatatt----ttgtttttg 416
Query: 418 gactatgccacacttcggacagacattttgcctaagagatgtcaaacctctgtctggagt 477
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Sbjct: 417 gactatgccacacttcggacagacatttttcctacgagatgtcaaacctctgtctggagt 476
Query: 478 gttagaggtatttcatgatagctaagaacttgaatcttgcactacttagctacactagat 537
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Sbjct: 477 gttagaggtatttcatgatagctaagaacttgaatcttgcactacttagctacactagtt 536
Query: 538 tacttcatagtaaataacttggggagtgggggaaggtgctgggntattattcccttctca 597
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Sbjct: 537 tacttcatagtaaataacttggggagt-ggggaaggtgctgggttattagtcccttctca 595
Query: 598 tcgatggtctagatgtgcgaggtgactctcattgagg 634
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Sbjct: 596 tcgatggtctagatgtgcgaggtgactctcattgagg 632
>47057_ath-miR824:pmrd
Length = 689
Score = 91.7 bits (46), Expect = 6e-19
Identities = 49/50 (98%)
Strand = Plus / Plus
Query: 585 tattcccttctcatcgatggtctagatgtgcgaggtgactctcattgagg 634
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Sbjct: 623 tattcccttctcatcgatggtctagatgtgcgaggtgactctcatggagg 672
Score = 81.8 bits (41), Expect = 6e-16
Identities = 50/53 (94%)
Strand = Plus / Plus
Query: 5 gagttgtctttcatgtctagaccatttgtgagaagggattttttgtttgcacc 57
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Sbjct: 18 gagttgtctctcatgtctagaccatttgtgagaagggagtttttgtttacacc 70
Score = 42.1 bits (21), Expect = 5e-04
Identities = 36/41 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 360 attaagtccattcatgacatttctggatgctgcatacataa 400
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Sbjct: 457 attaagttcattcatgacttttccagatgttgcatacataa 497
