miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>54522_sbi-miR821c:pmrd
Length = 285
Score = 440 bits (222), Expect = e-124
Identities = 264/285 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctct 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctct 60
Query: 61 aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120
Query: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
Query: 181 gttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgag 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 gttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgag 240
Query: 241 ttgtacaacttgtatattcatgactttatcacctaaaatcattta 285
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 ttgtacaacttgtatattcatgactttatcacctaaaatcattta 285
Score = 188 bits (95), Expect = 2e-48
Identities = 170/195 (87%)
Strand = Plus / Minus
Query: 91 caaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttcataaacta 150
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct: 195 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaacta 136
Query: 151 tatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataaatg 210
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||
Sbjct: 135 tatcagagatatgtaaaatttatgaccaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatg 76
Query: 211 accagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgactttatc 270
|| | ||||||| || ||||||||| |||| |||||||| ||| || |||||||| |
Sbjct: 75 actaaaataaaaattagagatcttgaccagttctacaacttttatgttgatgactttttt 16
Query: 271 acctaaaatcattta 285
| |||||||||||||
Sbjct: 15 agctaaaatcattta 1
Score = 44.1 bits (22), Expect = 6e-05
Identities = 49/58 (84%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatct 58
||||||||||||| | | |||||||| || ||| |||||||| |||| |||||||||
Sbjct: 285 taaatgattttaggtgataaagtcatgaatatacaagttgtacaactcatcaagatct 228
>54520_sbi-miR821a:pmrd
Length = 285
Score = 369 bits (186), Expect = e-103
Identities = 255/285 (89%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctct 60
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60
Query: 61 aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
Query: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
Query: 181 gttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgag 240
||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240
Query: 241 ttgtacaacttgtatattcatgactttatcacctaaaatcattta 285
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285
Score = 200 bits (101), Expect = 4e-52
Identities = 173/197 (87%)
Strand = Plus / Minus
Query: 89 gacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttcataaac 148
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct: 197 gacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaac 138
Query: 149 tatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataaa 208
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||
Sbjct: 137 tatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaaa 78
Query: 209 tgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgacttta 268
|||| | ||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||| ||| || ||||||||
Sbjct: 77 tgactaaaataaaaattggagatcttgaccagttttacaacttttatgttgatgactttt 18
Query: 269 tcacctaaaatcattta 285
| | || ||||||||||
Sbjct: 17 ttagctgaaatcattta 1
>54524_sbi-miR821e:pmrd
Length = 269
Score = 321 bits (162), Expect = 2e-88
Identities = 192/202 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 68 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatga 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
Query: 204 ataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatga 263
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgg 247
Query: 264 ctttatcacctaaaatcattta 285
|||||||| |||||||||||||
Sbjct: 248 ctttatcaactaaaatcattta 269
Score = 214 bits (108), Expect = 3e-56
Identities = 162/180 (90%)
Strand = Plus / Minus
Query: 88 tgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttcataaa 147
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 182 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttcataaa 123
Query: 148 ctatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataa 207
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct: 122 ctatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaa 63
Query: 208 atgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgacttt 267
||||| | ||||||| | | ||||||||| |||| |||||||| ||| || ||||||||
Sbjct: 62 atgactaaaataaaaatgggagatcttgactagttctacaacttttattttgatgacttt 3
>54523_sbi-miR821d:pmrd
Length = 264
Score = 143 bits (72), Expect = 9e-35
Identities = 147/172 (85%)
Strand = Plus / Plus
Query: 92 aaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||
Sbjct: 76 aaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactat 135
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataaatga 211
| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct: 136 aagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaatac 195
Query: 212 ccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatga 263
| | ||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||| |||||||
Sbjct: 196 ctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcatga 247
Score = 111 bits (56), Expect = 3e-25
Identities = 134/160 (83%)
Strand = Plus / Minus
Query: 92 aaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
||||| ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||
Sbjct: 178 aaagtgatagtaatattgttcacaaaatttacatatctctcttatagtttatgaaaccat 119
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataaatga 211
| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||| ||||||||
Sbjct: 118 acgagggatttgtaaaatttatgaacaatgttgctatcactttatcgaatggataaatga 59
Query: 212 ccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
||| |||||||||| ||||| || |||| || ||||||||
Sbjct: 58 ccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactt 19
Score = 46.1 bits (23), Expect = 1e-05
Identities = 29/31 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttgtagaact 47
||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct: 253 aaaaattcatgaacataaaagttgtagaact 223
Score = 42.1 bits (21), Expect = 2e-04
Identities = 27/29 (93%)
Strand = Plus / Plus
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttgtagaa 45
||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaa 29
>54521_sbi-miR821b:pmrd
Length = 273
Score = 133 bits (67), Expect = 8e-32
Identities = 157/186 (84%), Gaps = 2/186 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 102 taacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatga--gaga 159
|||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||| || ||||
Sbjct: 186 taacattgttcataaattttacatctctctcatatggttttataaactataagagtgaga 127
Query: 160 tatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataaatgaccagaata 219
||| |||| ||| |||||||||||||||| | || ||||||| ||||||||| ||||
Sbjct: 126 tatataaattttgtgaacaatgttactatcatttcattggatgaacaaatgaccaaaata 67
Query: 220 aaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgactttatcacctaaaat 279
|||| |||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||| ||||| ||| || ||||
Sbjct: 66 aaaggtgtagatcttaatcagttctacaacttttatgttcataactttttcatctgaaat 7
Query: 280 cattta 285
||||||
Sbjct: 6 cattta 1
Score = 105 bits (53), Expect = 2e-23
Identities = 122/144 (84%), Gaps = 2/144 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 98 atagtaacattggtcataaattttacatatctc--tgatatagtttcataaactatatga 155
|||||||||||| ||| ||| |||| ||||||| | |||||||| |||| ||||||
Sbjct: 98 atagtaacattgttcacaaaatttatatatctcactcttatagtttataaaaccatatga 157
Query: 156 gagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatgaataaatgaccag 215
|||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| |||||||||
Sbjct: 158 gagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaa 217
Query: 216 aataaaagttgtagatcttgatga 239
||||| |||| |||||||||||||
Sbjct: 218 aataatagttatagatcttgatga 241
Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-09
Identities = 51/58 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatct 58
|||||||||| || | ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct: 1 taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatct 58
>49089_osa-miR821a:pmrd
Length = 274
Score = 105 bits (53), Expect = 2e-23
Identities = 116/137 (84%)
Strand = Plus / Minus
Query: 115 aaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatg 174
||||||||||||| | || |||||||| |||| | || |||||||||| || | | ||
Sbjct: 166 aaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagagatatgtcaattctgtg 107
Query: 175 aacaatgttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatctt 234
|||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct: 106 aacaatgttactatcactttgtcgtatgaagaaatgaccaaaataaaagttttagatctt 47
Query: 235 gatgagttgtacaactt 251
|||||||| | ||||||
Sbjct: 46 gatgagttattcaactt 30
Score = 71.9 bits (36), Expect = 3e-13
Identities = 136/168 (80%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
|||| |||||||| |||||||||||| ||| | | || |||||||||| || | |||| |
Sbjct: 79 catacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatctcttatctggtttta 138
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatga 203
||||||||| | | ||||||||||||| |||| ||| |||||| | || | | |||||
Sbjct: 139 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcagatga 198
Query: 204 ataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
| |||| | | |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 199 agaaat-aaaaaaataaaagttatagatcttgatgagttattcaactt 245
Score = 46.1 bits (23), Expect = 1e-05
Identities = 41/47 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 12 agctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatct 58
|||| ||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||
Sbjct: 7 agctgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataactcatcaagatct 53
>49091_osa-miR821c:pmrd
Length = 266
Score = 81.8 bits (41), Expect = 3e-16
Identities = 113/137 (82%)
Strand = Plus / Minus
Query: 115 aaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatg 174
||||||||||||| | || |||||||| |||| | || |||| ||||| || ||| ||
Sbjct: 162 aaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagagttatgtcaattttgtg 103
Query: 175 aacaatgttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatctt 234
|| ||||||||||| |||||| || ||||| |||| |||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct: 102 aataatgttactatcactttgtcgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttagatgtt 43
Query: 235 gatgagttgtacaactt 251
|||||||| | ||||||
Sbjct: 42 gatgagttattcaactt 26
Score = 63.9 bits (32), Expect = 6e-11
Identities = 135/168 (80%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
|||| |||||||| ||||||||||| ||| ||| || ||||| |||| || | |||| |
Sbjct: 75 catacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaattgacataactcttatctggtttta 134
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatga 203
||||||||| | | ||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||| | |||||
Sbjct: 135 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataat-tttctaacattttgtcagatga 193
Query: 204 ataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
| ||| || | |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 194 agaaacaacaaaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 241
Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.001
Identities = 23/24 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttg 40
||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 8 aaaaagtcatcaacaaaaaagttg 31
>49090_osa-miR821b:pmrd
Length = 287
Score = 67.9 bits (34), Expect = 4e-12
Identities = 160/202 (79%)
Strand = Plus / Minus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
|||| |||||||| || |||||||| | ||||| || ||||||||| || | |||| |
Sbjct: 203 catacgacaaagtgatggtaacattatttataaaattgtcatatctcttatctggtttta 144
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatga 203
|||||| || | | ||||||||||||| |||| ||| |||||| | || | |||||||
Sbjct: 143 taaactttaacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcggatga 84
Query: 204 ataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatga 263
| |||| || | |||||||||| ||||||||||| |||| | |||||| | | || ||||
Sbjct: 83 agaaataacaaaaataaaagttttagatcttgataagttattcaacttttttgttgatga 24
Query: 264 ctttatcacctaaaatcattta 285
|||| ||| | ||||||||||
Sbjct: 23 ctttttcaattgaaatcattta 2
Score = 65.9 bits (33), Expect = 2e-11
Identities = 111/137 (81%)
Strand = Plus / Plus
Query: 115 aaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatg 174
||||||||||||| | || || ||||| |||| | || ||||||||| || |||||
Sbjct: 116 aaattttacatatatgtgttaaagtttataaaaccagataagagatatgacaattttata 175
Query: 175 aacaatgttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatctt 234
|| |||||||| || |||||| || ||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||
Sbjct: 176 aataatgttaccatcactttgtcgtatgaagaaataaccacaataaaagttttagatctt 235
Query: 235 gatgagttgtacaactt 251
|| ||||| | ||||||
Sbjct: 236 gaagagttattcaactt 252
Score = 44.1 bits (22), Expect = 6e-05
Identities = 37/42 (88%)
Strand = Plus / Plus
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatct 58
||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||
Sbjct: 18 aaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataacttatcaagatct 59
