miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>54523_sbi-miR821d:pmrd
Length = 264
Score = 523 bits (264), Expect = e-149
Identities = 264/264 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 241 ttcatgaatttttcgaatgaaatc 264
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Sbjct: 241 ttcatgaatttttcgaatgaaatc 264
Score = 113 bits (57), Expect = 7e-26
Identities = 204/253 (80%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 193 atttgttcatccgagaaagtgatagtaatattgttcacaaaatttacatatctctcttat 134
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
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Sbjct: 133 agtttatgaaaccatacgagggatttgtaaaatttatgaacaatgttgctatcactttat 74
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
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Sbjct: 73 cgaatggataaatgaccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactttgttg 14
Query: 241 ttcatgaattttt 253
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Sbjct: 13 ttgatgacttttt 1
>54521_sbi-miR821b:pmrd
Length = 273
Score = 216 bits (109), Expect = 7e-57
Identities = 220/256 (85%), Gaps = 2/256 (0%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 271 aaaaagttatcaacaacaaagttatagaagtcatcaagatctataactattattttggtc 212
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
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Sbjct: 211 attttttcatccgatagagtgatactaacattgttcataaattttacatctctctcatat 152
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Sbjct: 151 ggttttataaactataagagtgagatatataaattttgtgaacaatgttactatcatttc 92
Query: 179 ctcggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaactttta 238
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Sbjct: 91 attggatgaacaaatgaccaaaataaaaggtgtagatcttaatcagttctacaactttta 32
Query: 239 tgttcatgaatttttc 254
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Sbjct: 31 tgttcataactttttc 16
Score = 93.7 bits (47), Expect = 7e-20
Identities = 191/238 (80%), Gaps = 2/238 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
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Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaa--tccctcgt 118
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Sbjct: 77 atttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatttatatatctcactctt 136
Query: 119 atggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcacttt 178
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Sbjct: 137 atagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactct 196
Query: 179 ctcggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttt 236
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Sbjct: 197 atcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatgacttctataacttt 254
>54520_sbi-miR821a:pmrd
Length = 285
Score = 184 bits (93), Expect = 2e-47
Identities = 207/245 (84%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
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Sbjct: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctccaatttttattttagtc 76
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
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Sbjct: 77 attttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatat 136
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
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Sbjct: 137 agtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgt 196
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
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Sbjct: 197 cggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtata 256
Query: 241 ttcat 245
|||||
Sbjct: 257 ttcat 261
Score = 157 bits (79), Expect = 5e-39
Identities = 196/235 (83%)
Strand = Plus / Minus
Query: 19 aagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtcatttatccattcgataaa 78
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Query: 79 gtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactataag 138
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Sbjct: 191 gtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaactatatc 132
Query: 139 agagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaataccta 198
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Sbjct: 131 agagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatgacta 72
Query: 199 aaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcatgaattttt 253
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Sbjct: 71 aaataaaaattggagatcttgaccagttttacaacttttatgttgatgacttttt 17
>54524_sbi-miR821e:pmrd
Length = 269
Score = 165 bits (83), Expect = 2e-41
Identities = 197/235 (83%)
Strand = Plus / Minus
Query: 19 aagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtcatttatccattcgataaa 78
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Sbjct: 235 aagttgtacaactcatcaagatctacaacttttattttgatcatttattcatctgacaaa 176
Query: 79 gtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactataag 138
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Sbjct: 175 gtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttcataaactatatc 116
Query: 139 agagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaataccta 198
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Sbjct: 115 agagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatgacta 56
Query: 199 aaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcatgaattttt 253
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Sbjct: 55 aaataaaaatgggagatcttgactagttctacaacttttattttgatgacttttt 1
Score = 133 bits (67), Expect = 8e-32
Identities = 166/199 (83%)
Strand = Plus / Plus
Query: 48 ttttattttggtcatttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttac 107
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Sbjct: 48 ttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttac 107
Query: 108 aaatccctcgtatggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatatt 167
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Sbjct: 108 atatctctgatatagtttatgaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgtt 167
Query: 168 actatcactttctcggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttc 227
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Sbjct: 168 actattactttgtcagatgaataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttg 227
Query: 228 tacaacttttatgttcatg 246
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Sbjct: 228 tacaacttgtatattcatg 246
>54522_sbi-miR821c:pmrd
Length = 285
Score = 165 bits (83), Expect = 2e-41
Identities = 206/247 (83%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
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Sbjct: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctctaatttttattttagtc 76
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
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Sbjct: 77 attttttcatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatat 136
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
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Sbjct: 137 agtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgc 196
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
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Sbjct: 197 cggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtata 256
Query: 241 ttcatga 247
|||||||
Sbjct: 257 ttcatga 263
Score = 141 bits (71), Expect = 3e-34
Identities = 194/235 (82%)
Strand = Plus / Minus
Query: 19 aagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtcatttatccattcgataaa 78
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Sbjct: 251 aagttgtacaactcatcaagatctacaacttttattctggtcatttattcatccggcaaa 192
Query: 79 gtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactataag 138
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Sbjct: 191 gtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaactatatc 132
Query: 139 agagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaataccta 198
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Sbjct: 131 agagatatgtaaaatttatgaccaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatgacta 72
Query: 199 aaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcatgaattttt 253
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Sbjct: 71 aaataaaaattagagatcttgaccagttctacaacttttatgttgatgacttttt 17
>49089_osa-miR821a:pmrd
Length = 274
Score = 151 bits (76), Expect = 3e-37
Identities = 218/264 (82%), Gaps = 1/264 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
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Sbjct: 12 aaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataactcatcaagatctaaaacttttattttggtc 71
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
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Sbjct: 72 atttcttcatacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatctcttatct 131
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
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Sbjct: 132 ggttttataaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgt 191
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
| |||||| ||||| |||||||||||| || || |||||||||| | ||||||| ||
Sbjct: 192 cagatgaagaaata-aaaaaataaaagttatagatcttgatgagttattcaactttgttg 250
Query: 241 ttcatgaatttttcgaatgaaatc 264
|| |||| |||||| | |||||||
Sbjct: 251 ttgatgactttttcaattgaaatc 274
Score = 95.6 bits (48), Expect = 2e-20
Identities = 99/116 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 139 agagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaataccta 198
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Sbjct: 126 agagatatgtcaattctgtgaacaatgttactatcactttgtcgtatgaagaaatgacca 67
Query: 199 aaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcatgaatttttc 254
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Sbjct: 66 aaataaaagttttagatcttgatgagttattcaacttttttgttgatgactttttc 11
>49090_osa-miR821b:pmrd
Length = 287
Score = 135 bits (68), Expect = 2e-32
Identities = 215/264 (81%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
|||||||||||||||||||||||| | || || | || |||||||||||||||| ||||
Sbjct: 270 aaaaagtcatcaacaacaaagttgaataactcttcaagatctaaaacttttattgtggtt 211
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
|||| | ||| ||| |||||||| | |||||| || ||||| || || ||| || | |
Sbjct: 210 atttcttcatacgacaaagtgatggtaacattatttataaaattgtcatatctcttatct 151
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
||||| ||||||| ||| | | ||||||||| |||||||| |||||||||| || || |
Sbjct: 150 ggttttataaactttaacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgt 91
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
|||||||| ||||| | |||||||||||| || || ||||| |||| | |||||||| ||
Sbjct: 90 cggatgaagaaataacaaaaataaaagttttagatcttgataagttattcaacttttttg 31
Query: 241 ttcatgaatttttcgaatgaaatc 264
|| |||| |||||| | |||||||
Sbjct: 30 ttgatgactttttcaattgaaatc 7
Score = 56.0 bits (28), Expect = 1e-08
Identities = 49/56 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttatttt 56
|||||||||||||||| ||||||| | || | || || ||||||||||||||||||
Sbjct: 18 aaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataacttatcaagatctaaaacttttatttt 73
>49091_osa-miR821c:pmrd
Length = 266
Score = 123 bits (62), Expect = 7e-29
Identities = 207/254 (81%), Gaps = 1/254 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
|||||||||||||||| ||||||| | || |||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct: 8 aaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataactcatcaacatctaaaacttttattttggtt 67
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
|||| | ||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||| || ||| | | || | |
Sbjct: 68 atttcttcatacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaattgacataactcttatct 127
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
||||| ||||||||||| | | ||||||||| |||||||| ||| || ||| || ||| |
Sbjct: 128 ggttttataaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataat-tttctaacattttgt 186
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
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Sbjct: 187 cagatgaagaaacaacaaaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactttgttg 246
Query: 241 ttcatgaatttttc 254
|| |||| ||||||
Sbjct: 247 ttgatgactttttc 260
Score = 99.6 bits (50), Expect = 1e-21
Identities = 204/254 (80%), Gaps = 1/254 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 aaaaagtcatcaacaacaaagttgtagaaatcattaatatctaaaacttttattttggtc 60
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Sbjct: 259 aaaaagtcatcaacaacaaagttgaataactcatcaagatctaaaacttttatttttgtt 200
Query: 61 atttatccattcgataaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtat 120
||| | ||| || ||| || ||| || ||| |||| |||||||||| || | |||
Sbjct: 199 gtttcttcatctgacaaaatgttagaaa-attattcacaaattttacatatatgtgttat 141
Query: 121 ggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttct 180
|||| |||| | | |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
Sbjct: 140 agtttataaaaccagataagagttatgtcaattttgtgaataatgttactatcactttgt 81
Query: 181 cggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatg 240
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Sbjct: 80 cgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttagatgttgatgagttattcaacttttttg 21
Query: 241 ttcatgaatttttc 254
|| |||| ||||||
Sbjct: 20 ttgatgactttttc 7
