miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>54524_sbi-miR821e:pmrd
Length = 269
Score = 408 bits (206), Expect = e-115
Identities = 248/269 (92%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 1 aaaaagtcatcaaaataaaagttgtagaactagtcaagatctcccatttttattttagtc 60
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Sbjct: 61 attttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatat 120
Query: 121 agtttatgaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgt 180
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Sbjct: 121 agtttatgaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgt 180
Query: 181 cagatgaataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtata 240
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Sbjct: 181 cagatgaataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtata 240
Query: 241 ttcatggctttatcaactaaaatcattta 269
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Sbjct: 241 ttcatggctttatcaactaaaatcattta 269
Score = 206 bits (104), Expect = 6e-54
Identities = 149/164 (90%)
Strand = Plus / Minus
Query: 72 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaa 131
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Sbjct: 182 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttcataaa 123
Query: 132 ctatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataa 191
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Sbjct: 122 ctatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaa 63
Query: 192 atgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 235
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Sbjct: 62 atgactaaaataaaaatgggagatcttgactagttctacaactt 19
>54520_sbi-miR821a:pmrd
Length = 285
Score = 337 bits (170), Expect = 3e-93
Identities = 194/202 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 68 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127
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Sbjct: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
Query: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
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Sbjct: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
Query: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgg 247
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Sbjct: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
Query: 248 ctttatcaactaaaatcattta 269
||||||||||||||||||||||
Sbjct: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
Score = 240 bits (121), Expect = 5e-64
Identities = 178/197 (90%)
Strand = Plus / Minus
Query: 73 gacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaac 132
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Sbjct: 197 gacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaac 138
Query: 133 tatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaa 192
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Sbjct: 137 tatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaaa 78
Query: 193 tgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatggcttta 252
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Sbjct: 77 tgactaaaataaaaattggagatcttgaccagttttacaacttttatgttgatgactttt 18
Query: 253 tcaactaaaatcattta 269
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Sbjct: 17 ttagctgaaatcattta 1
>54522_sbi-miR821c:pmrd
Length = 285
Score = 321 bits (162), Expect = 2e-88
Identities = 192/202 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 68 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127
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Sbjct: 84 catatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
Query: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
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Sbjct: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgccggatga 203
Query: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgg 247
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Sbjct: 204 ataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatga 263
Query: 248 ctttatcaactaaaatcattta 269
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Sbjct: 264 ctttatcacctaaaatcattta 285
Score = 228 bits (115), Expect = 2e-60
Identities = 175/195 (89%)
Strand = Plus / Minus
Query: 75 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaacta 134
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Sbjct: 195 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaacta 136
Query: 135 tatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatg 194
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Sbjct: 135 tatcagagatatgtaaaatttatgaccaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatg 76
Query: 195 atcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatggctttatc 254
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Sbjct: 75 actaaaataaaaattagagatcttgaccagttctacaacttttatgttgatgactttttt 16
Query: 255 aactaaaatcattta 269
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Sbjct: 15 agctaaaatcattta 1
>54523_sbi-miR821d:pmrd
Length = 264
Score = 143 bits (72), Expect = 8e-35
Identities = 138/160 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 76 aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaactat 135
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Sbjct: 178 aaagtgatagtaatattgttcacaaaatttacatatctctcttatagtttatgaaaccat 119
Query: 136 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatga 195
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Sbjct: 118 acgagggatttgtaaaatttatgaacaatgttgctatcactttatcgaatggataaatga 59
Query: 196 tcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 235
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Sbjct: 58 ccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactt 19
Score = 125 bits (63), Expect = 2e-29
Identities = 144/171 (84%)
Strand = Plus / Plus
Query: 76 aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaactat 135
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Sbjct: 76 aaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactat 135
Query: 136 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatga 195
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Sbjct: 136 aagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaatac 195
Query: 196 tcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatg 246
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Sbjct: 196 ctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcatg 246
>54521_sbi-miR821b:pmrd
Length = 273
Score = 129 bits (65), Expect = 1e-30
Identities = 125/144 (86%), Gaps = 2/144 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 82 atagtaacattgttcataaattttacatatctc--tgatatagtttatgaaactatatga 139
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Sbjct: 98 atagtaacattgttcacaaaatttatatatctcactcttatagtttataaaaccatatga 157
Query: 140 gagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatgatcaa 199
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Sbjct: 158 gagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaa 217
Query: 200 aataaaagttgtagatcttgatga 223
||||| |||| |||||||||||||
Sbjct: 218 aataatagttatagatcttgatga 241
Score = 117 bits (59), Expect = 5e-27
Identities = 155/186 (83%), Gaps = 2/186 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 86 taacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaactatatgag--aga 143
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Sbjct: 186 taacattgttcataaattttacatctctctcatatggttttataaactataagagtgaga 127
Query: 144 tatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatgatcaaaata 203
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Sbjct: 126 tatataaattttgtgaacaatgttactatcatttcattggatgaacaaatgaccaaaata 67
Query: 204 aaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatggctttatcaactaaaat 263
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Sbjct: 66 aaaggtgtagatcttaatcagttctacaacttttatgttcataactttttcatctgaaat 7
Query: 264 cattta 269
||||||
Sbjct: 6 cattta 1
>49089_osa-miR821a:pmrd
Length = 274
Score = 129 bits (65), Expect = 1e-30
Identities = 131/153 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 83 tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaactatatgagag 142
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Sbjct: 182 tagtaatattattcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagag 123
Query: 143 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatgatcaaaat 202
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Sbjct: 122 atatgtcaattctgtgaacaatgttactatcactttgtcgtatgaagaaatgaccaaaat 63
Query: 203 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 235
||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 62 aaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 30
Score = 87.7 bits (44), Expect = 4e-18
Identities = 138/168 (82%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 68 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127
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Sbjct: 79 catacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatctcttatctggtttta 138
Query: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
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Sbjct: 139 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcagatga 198
Query: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 235
| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 199 agaaataaa-aaaataaaagttatagatcttgatgagttattcaactt 245
>49091_osa-miR821c:pmrd
Length = 266
Score = 99.6 bits (50), Expect = 1e-21
Identities = 119/142 (83%)
Strand = Plus / Minus
Query: 94 ttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaactatatgagagatatgtaaaat 153
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Sbjct: 167 ttcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagagttatgtcaatt 108
Query: 154 ttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatgatcaaaataaaagttgtag 213
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Sbjct: 107 ttgtgaataatgttactatcactttgtcgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttag 48
Query: 214 atcttgatgagttgtacaactt 235
|| |||||||||| | ||||||
Sbjct: 47 atgttgatgagttattcaactt 26
Score = 71.9 bits (36), Expect = 2e-13
Identities = 136/168 (80%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 68 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127
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Sbjct: 75 catacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaattgacataactcttatctggtttta 134
Query: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
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Sbjct: 135 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatttt-ctaacattttgtcagatga 193
Query: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 235
| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 194 agaaacaacaaaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 241
>49090_osa-miR821b:pmrd
Length = 287
Score = 81.8 bits (41), Expect = 3e-16
Identities = 125/153 (81%)
Strand = Plus / Plus
Query: 83 tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttatgaaactatatgagag 142
|||||| ||| |||| ||||||||||||| | || || ||||||| |||| | || ||||
Sbjct: 100 tagtaatattattcacaaattttacatatatgtgttaaagtttataaaaccagataagag 159
Query: 143 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatgatcaaaat 202
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Sbjct: 160 atatgacaattttataaataatgttaccatcactttgtcgtatgaagaaataaccacaat 219
Query: 203 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 235
||||||| |||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct: 220 aaaagttttagatcttgaagagttattcaactt 252
Score = 61.9 bits (31), Expect = 2e-10
Identities = 103/127 (81%)
Strand = Plus / Minus
Query: 143 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatgaataaatgatcaaaat 202
||||||||||||| |||| ||| |||||| | || ||| |||||| |||| | |||||
Sbjct: 128 atatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcggatgaagaaataacaaaaat 69
Query: 203 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatggctttatcaactaaaa 262
||||||| ||||||||||| |||| | |||||| | | || ||| |||| |||| | |||
Sbjct: 68 aaaagttttagatcttgataagttattcaacttttttgttgatgactttttcaattgaaa 9
Query: 263 tcattta 269
|||||||
Sbjct: 8 tcattta 2
