miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>40904_mtr-MIR2630y:mirbase
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Sbjct: 123 atcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatataaatcaattttacaaggatta 182
Query: 183 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatttttcatatttgcaagga 229
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Sbjct: 183 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaattttttatatttgcaagga 229
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 123 atcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggacta 182
Query: 183 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatttttcatatttgca 225
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Sbjct: 183 aaacaaaatatcaaggatcaaaaccaaattttttatatttgca 225
Score = 91.7 bits (46), Expect = 2e-19
Identities = 79/90 (87%)
Strand = Plus / Minus
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Query: 63 atttcatattgaaattggtccctataatat 92
| ||||||||| | ||||||| | ||||||
Sbjct: 166 aattcatattggatttggtccttgtaatat 137
Score = 81.8 bits (41), Expect = 2e-16
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgca 4
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaa 122
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Sbjct: 123 atcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaagacta 182
Query: 183 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatttttcatatttgcaagga 229
|||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||
Sbjct: 183 aaacaaaataccgaggaccaaaatcaaattttttatatttgtaagga 229
Score = 97.6 bits (49), Expect = 4e-21
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Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaacaaaataccaa 196
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
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Query: 6 caaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatcatt 65
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Sbjct: 223 caaatataaaaaatttgattttggtcctcggtattttgttttagtctttgtaaaattgat 164
Query: 66 tcatattgaaattggtccctataatat 92
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Sbjct: 163 tcatattggatttggtccttgtaatat 137
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
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Sbjct: 63 atttcttattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcgttttgagggactaaa 122
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Query: 168 attttacaaggactaaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaat 211
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Sbjct: 61 attttacaaggattaaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaat 18
Score = 75.8 bits (38), Expect = 1e-14
Identities = 77/90 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaattgggttttggacctttgtattttgttttattccttgtaaaatt 167
Query: 63 atttcatattgaaattggtccctataatat 92
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Sbjct: 166 gattcatattggatttggtccttgtaatat 137
>40886_mtr-MIR2630g:mirbase
Length = 229
Score = 371 bits (187), Expect = e-103
Identities = 214/223 (95%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgtttcaatccttgtaaaatc 62
Query: 63 atttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaa 122
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacaaaa 122
Query: 123 atcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggacta 182
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Sbjct: 123 atcaaatattttacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaatttttcaaagacta 182
Query: 183 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatttttcatatttgca 225
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Sbjct: 183 aaataaaatacagaggaccaaaaccaaattttttatatttgca 225
Score = 81.8 bits (41), Expect = 2e-16
Identities = 77/89 (86%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattgaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggaccaaaaccaaatttttcatatttgca 225
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgca 4
Score = 60.0 bits (30), Expect = 8e-10
Identities = 75/90 (83%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtcctctgtattttattttagtctttgaaaaatt 167
Query: 63 atttcatattgaaattggtccctataatat 92
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Sbjct: 166 gattcatattggatttggtccttgtaatat 137
