miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>40887_mtr-MIR2630h:mirbase
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Sbjct: 197 ggaccaaaaccaaatattctatatttgcagg 227
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Sbjct: 66 tcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaaatc 125
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Sbjct: 126 aaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaa 185
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Sbjct: 186 caaaataccaaggaccataaccaaattttttatatttgca 225
Score = 97.6 bits (49), Expect = 4e-21
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Strand = Plus / Minus
Query: 4 tgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatca 63
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Sbjct: 225 tgcaaatataaaaaatttggttatggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaattg 166
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Query: 137 atattacaaggaccaaattcaatataaatcaattttacaagaacttaaacaaaataccaa 196
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaa 122
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Sbjct: 183 aaacaaaatatcaaggatcaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
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Identities = 79/89 (88%)
Strand = Plus / Plus
Query: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
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Sbjct: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaata 61
Query: 63 atttcatattgaaattggtccttataata 91
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Sbjct: 62 gattcatattggatttggtctttgtaata 90
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Identities = 64/75 (85%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 136 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagattaaaacaaaataccaa 195
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 6 caaataaagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatctttgtaaaatcatt 65
Query: 66 tcatattgaaattggtccttataatattcattttagtcctcatttggaaggactaaaatc 125
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Sbjct: 66 tcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcgttttgagggactaaaatc 125
Query: 126 aaatattctacatattacaaggaccaaattcaatataaatcaattttacaagaacttaaa 185
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Sbjct: 126 aaatattctacctattacaaagaccaaatccaatatgaatctattttacaaggactaaaa 185
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Sbjct: 186 caaaataccaaggaccaaaaccaaattttttatatttgcag 226
Score = 97.6 bits (49), Expect = 4e-21
Identities = 79/89 (88%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaata 167
Query: 63 atttcatattgaaattggtccttataata 91
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagattaaaacaaaataccaa 33
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaat 18
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Length = 229
Score = 331 bits (167), Expect = 1e-91
Identities = 212/227 (93%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgtttcaatccttgtaaaatc 62
Query: 63 atttcatattgaaattggtccttataatattcattttagtcctcatttggaaggactaaa 122
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacaaaa 122
Query: 123 atcaaatattctacatattacaaggaccaaattcaatataaatcaattttacaagaactt 182
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Sbjct: 123 atcaaatattttacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaatttttcaaagacta 182
Query: 183 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaattttttatatttgcaggga 229
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Sbjct: 183 aaataaaatacagaggaccaaaaccaaattttttatatttgcaggga 229
Score = 87.7 bits (44), Expect = 3e-18
Identities = 80/92 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaattcaatataaatcaattttacaagaacttaaacaaaataccaa 196
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattgaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggaccaaaaccaaattttttatatttgcaggg 228
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgcaggg 1
Score = 67.9 bits (34), Expect = 3e-12
Identities = 76/90 (84%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtcctctgtattttattttagtctttgaaaaatt 167
Query: 63 atttcatattgaaattggtccttataatat 92
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Sbjct: 166 gattcatattggatttggtccttgtaatat 137
