miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>40887_mtr-MIR2630h:mirbase
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Query: 181 taaaacaaaatatcaaggatcaaaaccaaattttttatatttgca 225
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Score = 93.7 bits (47), Expect = 6e-20
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggatcaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattatatatttgcagg 2
Score = 91.7 bits (46), Expect = 2e-19
Identities = 55/58 (94%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacta 120
Query: 121 aaatcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggac 180
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Sbjct: 121 aaataaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgatccaattttacaaggac 180
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Sbjct: 181 taaaacaaaataccaatgaccaaaaccaaattttttatatttgc 224
Score = 93.7 bits (47), Expect = 6e-20
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgcagg 2
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Sbjct: 2 cctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaat 61
Query: 62 catttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaa 121
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 62 catttcatattaaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaa 121
Query: 122 aatcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggact 181
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 122 aatcaaatattcgacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggact 181
Query: 182 aaaacaaaatatcaaggatcaaaaccaaattttttatatttgca 225
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Sbjct: 182 aaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctatatttgca 225
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Sbjct: 165 attcatattggatttggtccttgtaatat 137
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 6 caaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatctttgtaaaatcatt 65
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 66 tcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaaatc 125
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct: 126 aaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcacttttacaaggactaaaa 185
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Sbjct: 186 caaaataccaaggaccaaaaccaaattttctatatttgca 225
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Score = 77.8 bits (39), Expect = 3e-15
Identities = 75/87 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggactaaaacaaaatatcaa 196
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagattaaaacaaaataccaa 33
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttg 6
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Sbjct: 92 atattataaggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgcag 3
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Sbjct: 168 ttgatttatattgaatttggtccttgtaatat 137
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Score = 359 bits (181), Expect = e-100
Identities = 211/221 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 6 caaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttataaaatcatt 65
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Sbjct: 6 caaataaagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatctttgtaaaatcatt 65
Query: 66 tcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaaatc 125
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Sbjct: 66 tcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcgttttgagggactaaaatc 125
Query: 126 aaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggactaaaa 185
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Sbjct: 126 aaatattctacctattacaaagaccaaatccaatatgaatctattttacaaggactaaaa 185
Query: 186 caaaatatcaaggatcaaaaccaaattttttatatttgcag 226
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Sbjct: 186 caaaataccaaggaccaaaaccaaattttttatatttgcag 226
Score = 87.7 bits (44), Expect = 3e-18
Identities = 71/80 (88%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttataaaatc 62
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaata 167
Query: 63 atttcatattgaaattggtc 82
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Sbjct: 166 gattcatattggatttggtc 147
Score = 69.9 bits (35), Expect = 8e-13
Identities = 65/75 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggactaaaacaaaatatcaa 196
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagattaaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggatcaaaaccaaat 211
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaat 18
>40886_mtr-MIR2630g:mirbase
Length = 229
Score = 355 bits (179), Expect = 9e-99
Identities = 215/227 (94%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 ccctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttataaaa 60
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Sbjct: 1 ccctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgtttcaatccttgtaaaa 60
Query: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacta 120
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Sbjct: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacaa 120
Query: 121 aaatcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggac 180
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Sbjct: 121 aaatcaaatattttacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaatttttcaaagac 180
Query: 181 taaaacaaaatatcaaggatcaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
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Sbjct: 181 taaaataaaatacagaggaccaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
Score = 85.7 bits (43), Expect = 1e-17
Identities = 79/91 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaattaattttacaaggactaaaacaaaatatcaa 196
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattgaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggatcaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgcagg 2
Score = 56.0 bits (28), Expect = 1e-08
Identities = 43/48 (89%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 ccctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgtttta 48
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Sbjct: 228 ccctgcaaatataaaaaatttggttttggtcctctgtattttatttta 181
