miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>40887_mtr-MIR2630h:mirbase
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Sbjct: 126 aaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaa 185
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Strand = Plus / Minus
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Query: 197 ggaccataaccaaattttttatatttgca 225
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattatatatttgca 4
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Sbjct: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcgttttgagggacta 120
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Sbjct: 121 aaatcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatataaatcaattttacaaggat 180
Query: 181 taaaacaaaataccaaggaccataaccaaattttttatatttgca 225
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Sbjct: 181 taaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaattttttatatttgca 225
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|||||| | ||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggaccataaccaaattttttatatttgca 225
|||||| |||||||| || ||||||||||
Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattatatatttgca 4
Score = 87.7 bits (44), Expect = 3e-18
Identities = 53/56 (94%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 223 caaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaat 168
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Sbjct: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacta 120
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Sbjct: 121 aaataaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgatccaattttacaaggac 180
Query: 181 taaaacaaaataccaaggaccataaccaaattttttatatttgc 224
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 taaaacaaaataccaatgaccaaaaccaaattttttatatttgc 224
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Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaacaaaataccaa 196
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
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Query: 66 tcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaaatc 125
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Sbjct: 66 tcatattaaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggactaaaatc 125
Query: 126 aaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaa 185
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Sbjct: 126 aaatattcgacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaa 185
Query: 186 caaaataccaaggaccataaccaaattttttatatttgca 225
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Sbjct: 186 caaaataccaaggaccaaaaccaaatattctatatttgca 225
Score = 101 bits (51), Expect = 2e-22
Identities = 78/87 (89%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6 caaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatcattgtaaaatcatt 65
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |
Sbjct: 223 caaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaattgat 164
Query: 66 tcatattgaaattggtccctataatat 92
|||||||| | ||||||| | ||||||
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Identities = 79/89 (88%)
Strand = Plus / Minus
Query: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggactaaaacaaaataccaa 196
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Sbjct: 92 atattataaggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 33
Query: 197 ggaccataaccaaattttttatatttgca 225
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Sbjct: 32 ggaccaaaaccaaatattctatatttgca 4
Score = 71.9 bits (36), Expect = 2e-13
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 228 ccctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgtttaagttcttgtaaaa 169
Query: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatat 92
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>40886_mtr-MIR2630g:mirbase
Length = 229
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 61 tcatttcatattgaaattggtccctataatattcattttagtcctcattttgagggacaa 120
Query: 121 aaatcaaatattctacatattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggac 180
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Sbjct: 181 taaaataaaatacagaggaccaaaaccaaattttttatatttgca 225
Score = 81.8 bits (41), Expect = 2e-16
Identities = 77/89 (86%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 92 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattgaaacaaaataccaa 33
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Score = 56.0 bits (28), Expect = 1e-08
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Strand = Plus / Minus
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