miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>40882_mtr-MIR2630c:mirbase
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Identities = 66/75 (88%)
Strand = Plus / Plus
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Score = 69.9 bits (35), Expect = 8e-13
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Strand = Plus / Plus
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Query: 196 ggaccaaaaccaaat 210
|||||||||||||||
Sbjct: 197 ggaccaaaaccaaat 211
>40885_mtr-MIR2630f:mirbase
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Sbjct: 225 tgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaattg 166
Query: 63 attcatattggatttggtctttgtaataggtagaatatttgattttagtccctcaaaacg 122
||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
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||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 45 aacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattatatatttg 6
Score = 95.6 bits (48), Expect = 1e-20
Identities = 72/80 (90%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaata 61
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 3 ctgcaaatatataatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
Query: 62 gattcatattggatttggtc 81
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Query: 62 gat-tcatattggatttggtctttgtaataggtagaatatttgattttagtccctcaaaa 120
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 167 taaatcatattggatttggtctttgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaa 108
Query: 121 cgaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagatt 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct: 107 cgaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatt 48
Query: 181 aaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctttatttgaatgg 227
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
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Identities = 71/79 (89%)
Strand = Plus / Plus
Query: 3 tgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaatag 62
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
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Query: 63 attcatattggatttggtc 81
||||||||| | ||||||
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Score = 63.9 bits (32), Expect = 5e-11
Identities = 41/44 (93%)
Strand = Plus / Plus
Query: 167 attttacaaagattaaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaat 210
||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 169 attttacaaggactaaaacaaaatactaaggaccaaaaccaaat 212
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Score = 359 bits (181), Expect = e-100
Identities = 211/221 (95%)
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Sbjct: 137 atattacaaggaccaaattcaatataaatcaattttacaagaacttaaacaaaataccaa 196
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Sbjct: 197 ggaccaaaaccaaat 211
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Sbjct: 166 gattcatattggattttgttcttgtagtatgtagaatatttgattttagaccctcaatat 107
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Sbjct: 106 gaggactaaaatgaatattatatggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatta 47
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtc 82
Score = 71.9 bits (36), Expect = 2e-13
Identities = 42/44 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 167 attttacaaagattaaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaat 210
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Sbjct: 168 attttacaaggactaaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaat 211
>40886_mtr-MIR2630g:mirbase
Length = 229
Score = 327 bits (165), Expect = 2e-90
Identities = 207/221 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaata 61
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtcctctgtattttattttagtctttgaaaaatt 167
Query: 62 gattcatattggatttggtctttgtaataggtagaatatttgattttagtccctcaaaac 121
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Sbjct: 166 gattcatattggatttggtccttgtaatatgtaaaatatttgatttttgtccctcaaaat 107
Query: 122 gaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagatta 181
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Sbjct: 106 gaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattg 47
Query: 182 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctttatttg 222
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Sbjct: 46 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctatatttg 6
Score = 87.7 bits (44), Expect = 3e-18
Identities = 71/80 (88%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaata 61
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Sbjct: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgtttcaatccttgtaaaatc 62
Query: 62 gattcatattggatttggtc 81
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtc 82
Score = 54.0 bits (27), Expect = 5e-08
Identities = 63/75 (84%)
Strand = Plus / Plus
Query: 136 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaagattaaaacaaaataccaa 195
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Sbjct: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaatcaatttttcaaagactaaaataaaatacaga 196
Query: 196 ggaccaaaaccaaat 210
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Sbjct: 197 ggaccaaaaccaaat 211
