miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>40887_mtr-MIR2630h:mirbase
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Sbjct: 44 acaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctatatttgcagg 2
Score = 95.6 bits (48), Expect = 1e-20
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Strand = Plus / Plus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaatt 61
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Sbjct: 147 gaccaaatccaatatgaatctattttacaaggactaaaacaaaataccaaggaccaaaac 206
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Sbjct: 207 caaattttttatatttgcag 226
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Query: 62 gat-tcatattggatttggtcattgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaa 120
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Sbjct: 167 taaatcatattggatttggtctttgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaa 108
Query: 121 tgaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatt 180
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Sbjct: 107 cgaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatt 48
Query: 181 aaaacaaaataccaaggatcaaaaccaaatattctatatttgca 224
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Sbjct: 4 tgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatca 63
Query: 63 attcatattggatttggtc 81
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Query: 63 attcatattggatttggtcattgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaatg 122
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Query: 123 aggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaa 182
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Query: 66 catattggatttggtcattgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaatgagg 125
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Query: 126 actaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaac 185
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Sbjct: 102 actaaaatgaatattatagggaccattttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaac 43
Query: 186 aaaataccaaggatcaaaaccaaatattctatatttgcag 225
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Sbjct: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaatcaattttacaaggaataaaacaaaatacaaa 196
Query: 196 ggatcaaaaccaaatattctatatttgcagg 226
|| ||||||| ||| || ||||||||||||
Sbjct: 197 ggtccaaaacccaattttttatatttgcagg 227
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Sbjct: 226 ctgcaaatattaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaatt 167
Query: 62 gattcatattggatttggtcattgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaat 121
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Sbjct: 166 gattcatattggattttgttcttgtagtatgtagaatatttgattttagaccctcaatat 107
Query: 122 gaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatta 181
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Sbjct: 106 gaggactaaaatgaatattatatggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatta 47
Query: 182 aaacaaaataccaaggatcaaaaccaaatattctatatttgcagg 226
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Sbjct: 46 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctatatttgcagg 2
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Sbjct: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
Query: 62 gattcatattggatttggtc 81
||||||||| | ||||||
Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtc 82
Score = 79.8 bits (40), Expect = 8e-16
Identities = 55/60 (91%)
Strand = Plus / Plus
Query: 167 attttacaaggattaaaacaaaataccaaggatcaaaaccaaatattctatatttgcagg 226
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Sbjct: 168 attttacaaggactaaaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatttttaatatttgcagg 227
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgtttaagttcttgtaaaatt 167
Query: 62 gattcatattggatttggtcattgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaat 121
|||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct: 166 gatttatattgaatttggtccttgtaatatgtagaatatttgattttagtccttccaaat 107
Query: 122 gaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatta 181
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Sbjct: 106 gaggactaaaatgaatattataaggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatta 47
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Identities = 80/90 (88%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaatt 61
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Sbjct: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgttttaatccttgtaaaatc 62
Query: 62 gattcatattggatttggtcattgtaatat 91
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtccttataatat 92
Score = 77.8 bits (39), Expect = 3e-15
Identities = 78/91 (85%)
Strand = Plus / Plus
Query: 136 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 195
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Sbjct: 137 atattacaaggaccaaattcaatataaatcaattttacaagaacttaaacaaaataccaa 196
Query: 196 ggatcaaaaccaaatattctatatttgcagg 226
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Sbjct: 197 ggaccaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
>40886_mtr-MIR2630g:mirbase
Length = 229
Score = 367 bits (185), Expect = e-102
Identities = 215/225 (95%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaatt 61
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Sbjct: 226 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtcctctgtattttattttagtctttgaaaaatt 167
Query: 62 gattcatattggatttggtcattgtaatatgtagaatatttgattttagtccctcaaaat 121
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Sbjct: 166 gattcatattggatttggtccttgtaatatgtaaaatatttgatttttgtccctcaaaat 107
Query: 122 gaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggatta 181
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Sbjct: 106 gaggactaaaatgaatattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattg 47
Query: 182 aaacaaaataccaaggatcaaaaccaaatattctatatttgcagg 226
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Sbjct: 46 aaacaaaataccaaggaccaaaaccaaatattctatatttgcagg 2
Score = 87.7 bits (44), Expect = 3e-18
Identities = 71/80 (88%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 ctgcaaatataaaaaatttggttttggtccttggtattttgttttagtccttgtaaaatt 61
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Sbjct: 3 ctgcaaatatagaatatttggttttggtccttggtattttgtttcaatccttgtaaaatc 62
Query: 62 gattcatattggatttggtc 81
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Sbjct: 63 atttcatattgaaattggtc 82
Score = 54.0 bits (27), Expect = 5e-08
Identities = 75/91 (82%)
Strand = Plus / Plus
Query: 136 atattatagggaccaatttcaatatgaaatgattttacaaggattaaaacaaaataccaa 195
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Sbjct: 137 atattacaaggaccaaatccaatatgaatcaatttttcaaagactaaaataaaatacaga 196
Query: 196 ggatcaaaaccaaatattctatatttgcagg 226
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Sbjct: 197 ggaccaaaaccaaattttttatatttgcagg 227
