miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>42625_sbi-MIR821a:mirbase
Length = 285
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Strand = Plus / Minus
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Query: 269 tcaactaaaatcattta 285
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctct 60
Query: 61 aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
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Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120
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Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
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Sbjct: 181 gttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgag 240
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Identities = 171/195 (87%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 195 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaacta 136
Query: 151 tatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaata 210
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Sbjct: 135 tatcagagatatgtaaaatttatgaccaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatg 76
Query: 211 accaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataactttatc 270
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Sbjct: 75 actaaaataaaaattagagatcttgaccagttctacaacttttatgttgatgactttttt 16
Query: 271 aactaaaatcattta 285
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Sbjct: 15 agctaaaatcattta 1
>42629_sbi-MIR821e:mirbase
Length = 269
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Strand = Plus / Plus
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Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
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Sbjct: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgg 247
Query: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
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Score = 222 bits (112), Expect = 1e-58
Identities = 151/164 (92%)
Strand = Plus / Minus
Query: 88 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaa 147
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Sbjct: 182 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttcataaa 123
Query: 148 ctatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataa 207
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Sbjct: 122 ctatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaa 63
Query: 208 ataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 62 atgactaaaataaaaatgggagatcttgactagttctacaactt 19
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Length = 264
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Identities = 149/170 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 92 aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
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Sbjct: 76 aaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactat 135
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataa 211
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Sbjct: 136 aagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaatac 195
Query: 212 ccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcat 261
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Sbjct: 196 ctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcat 245
Score = 127 bits (64), Expect = 5e-30
Identities = 136/160 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 92 aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
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Sbjct: 178 aaagtgatagtaatattgttcacaaaatttacatatctctcttatagtttatgaaaccat 119
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataa 211
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Sbjct: 118 acgagggatttgtaaaatttatgaacaatgttgctatcactttatcgaatggataaatga 59
Query: 212 ccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 58 ccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactt 19
>42626_sbi-MIR821b:mirbase
Length = 273
Score = 157 bits (79), Expect = 6e-39
Identities = 160/186 (86%), Gaps = 2/186 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 102 taacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgag--aga 159
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Sbjct: 186 taacattgttcataaattttacatctctctcatatggttttataaactataagagtgaga 127
Query: 160 tatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaata 219
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Sbjct: 126 tatataaattttgtgaacaatgttactatcatttcattggatgaacaaatgaccaaaata 67
Query: 220 aaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaat 279
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Sbjct: 66 aaaggtgtagatcttaatcagttctacaacttttatgttcataactttttcatctgaaat 7
Query: 280 cattta 285
||||||
Sbjct: 6 cattta 1
Score = 121 bits (61), Expect = 3e-28
Identities = 124/144 (86%), Gaps = 2/144 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 98 atagtaacattgttcataaattttacatatctc--tgatatagtttcataaactatatga 155
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Sbjct: 98 atagtaacattgttcacaaaatttatatatctcactcttatagtttataaaaccatatga 157
Query: 156 gagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaa 215
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Sbjct: 158 gagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaa 217
Query: 216 aataaaagttgtagatcttgatga 239
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Sbjct: 218 aataatagttatagatcttgatga 241
Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-09
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Strand = Plus / Plus
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>42183_osa-MIR821a:mirbase
Length = 274
Score = 121 bits (61), Expect = 3e-28
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Strand = Plus / Minus
Query: 99 tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagag 158
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Query: 159 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaat 218
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Sbjct: 122 atatgtcaattctgtgaacaatgttactatcactttgtcgtatgaagaaatgaccaaaat 63
Query: 219 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 62 aaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 30
Score = 103 bits (52), Expect = 7e-23
Identities = 140/168 (83%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
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Sbjct: 79 catacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatctcttatctggtttta 138
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 139 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcagatga 198
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 199 agaaataa-aaaaataaaagttatagatcttgatgagttattcaactt 245
>42185_osa-MIR821c:mirbase
Length = 266
Score = 107 bits (54), Expect = 5e-24
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Strand = Plus / Minus
Query: 110 ttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaat 169
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Sbjct: 167 ttcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagagttatgtcaatt 108
Query: 170 ttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtag 229
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Sbjct: 107 ttgtgaataatgttactatcactttgtcgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttag 48
Query: 230 atcttgatgagttgtacaactt 251
|| |||||||||| | ||||||
Sbjct: 47 atgttgatgagttattcaactt 26
Score = 95.6 bits (48), Expect = 2e-20
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Sbjct: 75 catacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaattgacataactcttatctggtttta 134
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 135 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatttt-ctaacattttgtcagatga 193
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 194 agaaacaacaaaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 241
Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.001
Identities = 23/24 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttg 40
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Sbjct: 8 aaaaagtcatcaacaaaaaagttg 31
>42184_osa-MIR821b:mirbase
Length = 287
Score = 99.6 bits (50), Expect = 1e-21
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Strand = Plus / Minus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
|||| |||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||| || | |||| |
Sbjct: 203 catacgacaaagtgatggtaacattatttataaaattgtcatatctcttatctggtttta 144
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
|||||| || | | ||||||||||||| |||| ||| |||||| | || |||||||||
Sbjct: 143 taaactttaacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcggatga 84
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||| | | || || |
Sbjct: 83 agaaataacaaaaataaaagttttagatcttgataagttattcaacttttttgttgatga 24
Query: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
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Sbjct: 23 ctttttcaattgaaatcattta 2
Score = 89.7 bits (45), Expect = 1e-18
Identities = 126/153 (82%)
Strand = Plus / Plus
Query: 99 tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagag 158
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Query: 159 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaat 218
||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||
Sbjct: 160 atatgacaattttataaataatgttaccatcactttgtcgtatgaagaaataaccacaat 219
Query: 219 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
||||||| |||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct: 220 aaaagttttagatcttgaagagttattcaactt 252
Score = 52.0 bits (26), Expect = 2e-07
Identities = 50/58 (86%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatct 58
|||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||
Sbjct: 2 taaatgatttcaattgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataacttatcaagatct 59
