miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>42626_sbi-MIR821b:mirbase
Length = 273
Score = 541 bits (273), Expect = e-155
Identities = 273/273 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Identities = 210/261 (80%), Gaps = 4/261 (1%)
Strand = Plus / Minus
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>42628_sbi-MIR821d:mirbase
Length = 264
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Identities = 220/256 (85%), Gaps = 2/256 (0%)
Strand = Plus / Minus
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Query: 196 tatcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatgacttctataactttg 255
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Sbjct: 76 tatcgaatggataaatgaccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactttg 17
Query: 256 ttgttgataacttttt 271
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Sbjct: 16 ttgttgatgacttttt 1
Score = 93.7 bits (47), Expect = 7e-20
Identities = 191/238 (80%), Gaps = 2/238 (0%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 137 atagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactct 196
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Sbjct: 119 atggtttcataaactataagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcacttt 178
Query: 197 atcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatgacttctataacttt 254
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Sbjct: 179 ctcggatgaacaaatacctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttt 236
>42625_sbi-MIR821a:mirbase
Length = 285
Score = 174 bits (88), Expect = 2e-44
Identities = 226/271 (83%), Gaps = 2/271 (0%)
Strand = Plus / Minus
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Query: 61 accttttattttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatt 120
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Query: 241 acttctataactttgttgttgataacttttt 271
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Sbjct: 47 agttttacaacttttatgttgatgacttttt 17
Score = 163 bits (82), Expect = 9e-41
Identities = 202/241 (83%), Gaps = 2/241 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctac 60
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Sbjct: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60
Query: 61 accttttattttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatt 120
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Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
Query: 121 tatatatctcactcttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaaca 180
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Sbjct: 121 tacatatctc--tgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaaca 178
Query: 181 atgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatg 240
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Sbjct: 179 atgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatg 238
Query: 241 a 241
|
Sbjct: 239 a 239
>42627_sbi-MIR821c:mirbase
Length = 285
Score = 167 bits (84), Expect = 6e-42
Identities = 225/271 (83%), Gaps = 2/271 (0%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 285 taaatgattttaggtgataaagtcatgaatatacaagttgtacaactcatcaagatctac 226
Query: 61 accttttattttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatt 120
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Sbjct: 225 aacttttattctggtcatttattcatccggcaaagtaatagtaacattgttcataaattt 166
Query: 121 tatatatctcactcttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaaca 180
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Sbjct: 165 tacatatctc--tcatatagtttatgaaactatatcagagatatgtaaaatttatgacca 108
Query: 181 atgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatg 240
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Sbjct: 107 atgttactattactttgtcatatgaaaaaatgactaaaataaaaattagagatcttgacc 48
Query: 241 acttctataactttgttgttgataacttttt 271
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Sbjct: 47 agttctacaacttttatgttgatgacttttt 17
Score = 139 bits (70), Expect = 1e-33
Identities = 199/241 (82%), Gaps = 2/241 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctac 60
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Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120
Query: 121 tatatatctcactcttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaaca 180
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Sbjct: 179 atgttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatg 238
Query: 241 a 241
|
Sbjct: 239 a 239
>42629_sbi-MIR821e:mirbase
Length = 269
Score = 139 bits (70), Expect = 1e-33
Identities = 187/225 (83%), Gaps = 2/225 (0%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 119 atagtttatgaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattacttt 178
Query: 197 atcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatga 241
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Sbjct: 179 gtcagatgaataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatga 223
Score = 133 bits (67), Expect = 8e-32
Identities = 184/222 (82%), Gaps = 2/222 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctac 60
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Query: 61 accttttattttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatt 120
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Sbjct: 209 aacttttattttgatcatttattcatctgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 150
Query: 121 tatatatctcactcttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaaca 180
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Sbjct: 149 tacatatctc--tcatatagtttcataaactatatcagagatatgtaaaatttatgaaca 92
Query: 181 atgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaaaataa 222
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Sbjct: 91 atgttactattactttgtcatatgaaaaaatgactaaaataa 50
>42184_osa-MIR821b:mirbase
Length = 287
Score = 131 bits (66), Expect = 3e-31
Identities = 222/273 (81%), Gaps = 2/273 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctac 60
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Sbjct: 2 taaatgatttcaattgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataacttatcaagatctaa 61
Query: 61 accttttattttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatt 120
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Sbjct: 62 aacttttatttttgttatttcttcatccgacgaaatgttagtaatattattcacaaattt 121
Query: 121 tatatatctcactcttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaaca 180
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Sbjct: 122 tacatatat--gtgttaaagtttataaaaccagataagagatatgacaattttataaata 179
Query: 181 atgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatg 240
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Sbjct: 180 atgttaccatcactttgtcgtatgaagaaataaccacaataaaagttttagatcttgaag 239
Query: 241 acttctataactttgttgttgataactttttca 273
| || | ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct: 240 agttattcaactttgttgttgatgactttttca 272
Score = 56.0 bits (28), Expect = 1e-08
Identities = 64/76 (84%)
Strand = Plus / Minus
Query: 198 tcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatgacttctataactttgtt 257
||||||||| |||| || ||||||| |||| ||||||||||| | || | |||||| ||
Sbjct: 91 tcggatgaagaaataacaaaaataaaagttttagatcttgataagttattcaactttttt 32
Query: 258 gttgataactttttca 273
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Sbjct: 31 gttgatgactttttca 16
>42183_osa-MIR821a:mirbase
Length = 274
Score = 129 bits (65), Expect = 1e-30
Identities = 219/268 (81%), Gaps = 3/268 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6 gatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctacacctt 65
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Sbjct: 274 gatttcaattgaaaaagtcatcaacaacaaagttgaataactcatcaagatctataactt 215
Query: 66 ttattttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatttatat 125
||||||| | |||| |||||| | |||||| |||||| ||| |||||||| |||| ||
Sbjct: 214 ttattttttt-atttcttcatctgacgaaatgttagtaatattattcacaaattttacat 156
Query: 126 atctcactcttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaacaatgtt 185
|| | | |||||||||||||||||| || ||||| |||| || | | |||||||||||
Sbjct: 155 atatg--tgttatagtttataaaaccagataagagatatgtcaattctgtgaacaatgtt 98
Query: 186 agtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatgacttc 245
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Sbjct: 97 actatcactttgtcgtatgaagaaatgaccaaaataaaagttttagatcttgatgagtta 38
Query: 246 tataactttgttgttgataactttttca 273
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Sbjct: 37 ttcaacttttttgttgatgactttttca 10
Score = 89.7 bits (45), Expect = 1e-18
Identities = 102/121 (84%)
Strand = Plus / Plus
Query: 10 tcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctacaccttttat 69
|||| ||||||||| || |||| |||||||| | |||| || |||||||| | |||||||
Sbjct: 5 tcagctgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataactcatcaagatctaaaacttttat 64
Query: 70 tttggtcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatttatatatct 129
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Sbjct: 65 tttggtcatttcttcatacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatct 124
Query: 130 c 130
|
Sbjct: 125 c 125
>42185_osa-MIR821c:mirbase
Length = 266
Score = 93.7 bits (47), Expect = 7e-20
Identities = 116/139 (83%)
Strand = Plus / Minus
Query: 135 ttatagtttataaaaccatatgagagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcact 194
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Query: 195 ctatcggatgaaaaaatgaccaaaataatagttatagatcttgatgacttctataacttt 254
| ||| ||||| |||| |||||||||| |||| ||||| ||||||| || | ||||||
Sbjct: 84 ttgtcgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttagatgttgatgagttattcaacttt 25
Query: 255 gttgttgataactttttca 273
|||||||| |||||||||
Sbjct: 24 tttgttgatgactttttca 6
Score = 67.9 bits (34), Expect = 4e-12
Identities = 88/106 (83%)
Strand = Plus / Plus
Query: 15 tgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatctacaccttttattttgg 74
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Sbjct: 6 tgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataactcatcaacatctaaaacttttattttgg 65
Query: 75 tcatttgttcatccaatgaaatgatagtaacattgttcacaaaatt 120
| |||| ||||| | | || ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct: 66 ttatttcttcatacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaatt 111
Score = 60.0 bits (30), Expect = 9e-10
Identities = 51/58 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 216 aaaataatagttatagatcttgatgacttctataactttgttgttgataactttttca 273
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Sbjct: 204 aaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactttgttgttgatgactttttca 261
