miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>48469_cre-miR1173:pmrd
Length = 532
Score = 1055 bits (532), Expect = 0.0
Identities = 532/532 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gtttggcctggtgtttaatttgcttccacacatttgcaatgccagcaaattgcgcatgcc 60
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Sbjct: 1 gtttggcctggtgtttaatttgcttccacacatttgcaatgccagcaaattgcgcatgcc 60
Query: 61 aatgcatttataggttattgcatacgccctggattggcagcgtgagtgaaagtgtgctgg 120
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Sbjct: 61 aatgcatttataggttattgcatacgccctggattggcagcgtgagtgaaagtgtgctgg 120
Query: 121 gctgcgtgctactgtagatgagtgggtacttgcgaaatgtattggcggccattgtatggt 180
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Sbjct: 121 gctgcgtgctactgtagatgagtgggtacttgcgaaatgtattggcggccattgtatggt 180
Query: 181 tgcaatagaaatcatgcaggggatactgtgaattatataccatgtaccatgtgcaatgtt 240
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Sbjct: 181 tgcaatagaaatcatgcaggggatactgtgaattatataccatgtaccatgtgcaatgtt 240
Query: 241 tcagatgtccctgcactagcaggcattcagacatcccagcatcccagcgctggcaggcat 300
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Sbjct: 241 tcagatgtccctgcactagcaggcattcagacatcccagcatcccagcgctggcaggcat 300
Query: 301 gcctgaaacattgcacatggtacataattcacagtatccccttcatgatttccattgtaa 360
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Sbjct: 301 gcctgaaacattgcacatggtacataattcacagtatccccttcatgatttccattgtaa 360
Query: 361 ccatacaatggcagccaatacatttctcaagtacccactcatctgtacagcagcacgcac 420
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Sbjct: 361 ccatacaatggcagccaatacatttctcaagtacccactcatctgtacagcagcacgcac 420
Query: 421 cttcactcatgctgccaatccagggcgtatgctataacctataaatgctttggcatgcac 480
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Sbjct: 421 cttcactcatgctgccaatccagggcgtatgctataacctataaatgctttggcatgcac 480
Query: 481 aatttgctggcattacaactgtgtggatgcagattaacttgtaaccacaaac 532
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Sbjct: 481 aatttgctggcattacaactgtgtggatgcagattaacttgtaaccacaaac 532
Score = 204 bits (103), Expect = 5e-53
Identities = 185/213 (86%), Gaps = 12/213 (5%)
Strand = Plus / Minus
Query: 315 acatggtacataattcacagtatccccttcatgatttccattgtaaccatacaatggcag 374
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Sbjct: 225 acatggtatataattcacagtatcccctgcatgatttctattgcaaccatacaatggccg 166
Query: 375 ccaatacatttctcaagtacccactcatctgtacagcagcacg----------caccttc 424
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Sbjct: 165 ccaatacatttcgcaagtacccactcatc--tacagtagcacgcagcccagcacactttc 108
Query: 425 actcatgctgccaatccagggcgtatgctataacctataaatgctttggcatgcacaatt 484
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Sbjct: 107 actcacgctgccaatccagggcgtatgcaataacctataaatgcattggcatgcgcaatt 48
Query: 485 tgctggcattacaactgtgtggatgcagattaa 517
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Sbjct: 47 tgctggcattgcaaatgtgtggaagcaaattaa 15
Score = 204 bits (103), Expect = 5e-53
Identities = 185/213 (86%), Gaps = 12/213 (5%)
Strand = Plus / Minus
Query: 15 ttaatttgcttccacacatttgcaatgccagcaaattgcgcatgccaatgcatttatagg 74
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Sbjct: 517 ttaatctgcatccacacagttgtaatgccagcaaattgtgcatgccaaagcatttatagg 458
Query: 75 ttattgcatacgccctggattggcagcgtgagtgaaagtgtgctgggctgcgtgctactg 134
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Sbjct: 457 ttatagcatacgccctggattggcagcatgagtgaaggtg----------cgtgctgctg 408
Query: 135 ta--gatgagtgggtacttgcgaaatgtattggcggccattgtatggttgcaatagaaat 192
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Sbjct: 407 tacagatgagtgggtacttgagaaatgtattggctgccattgtatggttacaatggaaat 348
Query: 193 catgcaggggatactgtgaattatataccatgt 225
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Sbjct: 347 catgaaggggatactgtgaattatgtaccatgt 315
