miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST
BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>54520_sbi-miR821a:pmrd
Length = 285
Score = 440 bits (222), Expect = e-124
Identities = 264/285 (92%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60
Query: 61 aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
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Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
Query: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
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Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
Query: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240
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Sbjct: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240
Query: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285
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Sbjct: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285
Score = 208 bits (105), Expect = 2e-54
Identities = 174/197 (88%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 197 gacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaac 138
Query: 149 tatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaa 208
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Sbjct: 137 tatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaaa 78
Query: 209 taaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataacttta 268
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Sbjct: 77 tgactaaaataaaaattggagatcttgaccagttttacaacttttatgttgatgactttt 18
Query: 269 tcaactaaaatcattta 285
| | || ||||||||||
Sbjct: 17 ttagctgaaatcattta 1
>54522_sbi-miR821c:pmrd
Length = 285
Score = 369 bits (186), Expect = e-103
Identities = 255/285 (89%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60
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Sbjct: 1 taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctct 60
Query: 61 aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
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Sbjct: 61 aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120
Query: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
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Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
Query: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240
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Sbjct: 181 gttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgag 240
Query: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285
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Sbjct: 241 ttgtacaacttgtatattcatgactttatcacctaaaatcattta 285
Score = 196 bits (99), Expect = 7e-51
Identities = 171/195 (87%)
Strand = Plus / Minus
Query: 91 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaacta 150
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Sbjct: 195 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaacta 136
Query: 151 tatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaata 210
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Sbjct: 135 tatcagagatatgtaaaatttatgaccaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatg 76
Query: 211 accaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataactttatc 270
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Sbjct: 75 actaaaataaaaattagagatcttgaccagttctacaacttttatgttgatgactttttt 16
Query: 271 aactaaaatcattta 285
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Sbjct: 15 agctaaaatcattta 1
>54524_sbi-miR821e:pmrd
Length = 269
Score = 337 bits (170), Expect = 3e-93
Identities = 194/202 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
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Sbjct: 68 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
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Sbjct: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgg 247
Query: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
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Sbjct: 248 ctttatcaactaaaatcattta 269
Score = 222 bits (112), Expect = 1e-58
Identities = 151/164 (92%)
Strand = Plus / Minus
Query: 88 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaa 147
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Sbjct: 182 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttcataaa 123
Query: 148 ctatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataa 207
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Sbjct: 122 ctatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaa 63
Query: 208 ataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 62 atgactaaaataaaaatgggagatcttgactagttctacaactt 19
>54523_sbi-miR821d:pmrd
Length = 264
Score = 170 bits (86), Expect = 4e-43
Identities = 149/170 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 92 aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
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Sbjct: 76 aaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactat 135
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataa 211
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Sbjct: 136 aagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaatac 195
Query: 212 ccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcat 261
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Sbjct: 196 ctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcat 245
Score = 127 bits (64), Expect = 5e-30
Identities = 136/160 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 92 aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
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Sbjct: 178 aaagtgatagtaatattgttcacaaaatttacatatctctcttatagtttatgaaaccat 119
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataa 211
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Sbjct: 118 acgagggatttgtaaaatttatgaacaatgttgctatcactttatcgaatggataaatga 59
Query: 212 ccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 58 ccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactt 19
>54521_sbi-miR821b:pmrd
Length = 273
Score = 157 bits (79), Expect = 6e-39
Identities = 160/186 (86%), Gaps = 2/186 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 102 taacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgag--aga 159
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Sbjct: 186 taacattgttcataaattttacatctctctcatatggttttataaactataagagtgaga 127
Query: 160 tatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaata 219
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Sbjct: 126 tatataaattttgtgaacaatgttactatcatttcattggatgaacaaatgaccaaaata 67
Query: 220 aaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaat 279
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Sbjct: 66 aaaggtgtagatcttaatcagttctacaacttttatgttcataactttttcatctgaaat 7
Query: 280 cattta 285
||||||
Sbjct: 6 cattta 1
Score = 121 bits (61), Expect = 3e-28
Identities = 124/144 (86%), Gaps = 2/144 (1%)
Strand = Plus / Plus
Query: 98 atagtaacattgttcataaattttacatatctc--tgatatagtttcataaactatatga 155
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Sbjct: 98 atagtaacattgttcacaaaatttatatatctcactcttatagtttataaaaccatatga 157
Query: 156 gagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaa 215
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Sbjct: 158 gagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaa 217
Query: 216 aataaaagttgtagatcttgatga 239
||||| |||| |||||||||||||
Sbjct: 218 aataatagttatagatcttgatga 241
Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-09
Identities = 51/58 (87%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatct 58
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Sbjct: 1 taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatct 58
>49089_osa-miR821a:pmrd
Length = 274
Score = 121 bits (61), Expect = 3e-28
Identities = 130/153 (84%)
Strand = Plus / Minus
Query: 99 tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagag 158
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Sbjct: 182 tagtaatattattcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagag 123
Query: 159 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaat 218
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Sbjct: 122 atatgtcaattctgtgaacaatgttactatcactttgtcgtatgaagaaatgaccaaaat 63
Query: 219 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 62 aaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 30
Score = 103 bits (52), Expect = 7e-23
Identities = 140/168 (83%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
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Sbjct: 79 catacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatctcttatctggtttta 138
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 139 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcagatga 198
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 199 agaaataa-aaaaataaaagttatagatcttgatgagttattcaactt 245
>49091_osa-miR821c:pmrd
Length = 266
Score = 107 bits (54), Expect = 5e-24
Identities = 120/142 (84%)
Strand = Plus / Minus
Query: 110 ttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaat 169
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Sbjct: 167 ttcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagagttatgtcaatt 108
Query: 170 ttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtag 229
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Sbjct: 107 ttgtgaataatgttactatcactttgtcgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttag 48
Query: 230 atcttgatgagttgtacaactt 251
|| |||||||||| | ||||||
Sbjct: 47 atgttgatgagttattcaactt 26
Score = 95.6 bits (48), Expect = 2e-20
Identities = 139/168 (82%), Gaps = 1/168 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
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Sbjct: 75 catacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaattgacataactcttatctggtttta 134
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 135 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatttt-ctaacattttgtcagatga 193
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 194 agaaacaacaaaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 241
Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.001
Identities = 23/24 (95%)
Strand = Plus / Plus
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttg 40
||||||||||||||| ||||||||
Sbjct: 8 aaaaagtcatcaacaaaaaagttg 31
>49090_osa-miR821b:pmrd
Length = 287
Score = 99.6 bits (50), Expect = 1e-21
Identities = 164/202 (81%)
Strand = Plus / Minus
Query: 84 catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
|||| |||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||| || | |||| |
Sbjct: 203 catacgacaaagtgatggtaacattatttataaaattgtcatatctcttatctggtttta 144
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
|||||| || | | ||||||||||||| |||| ||| |||||| | || |||||||||
Sbjct: 143 taaactttaacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcggatga 84
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||| | | || || |
Sbjct: 83 agaaataacaaaaataaaagttttagatcttgataagttattcaacttttttgttgatga 24
Query: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
|||| |||| | ||||||||||
Sbjct: 23 ctttttcaattgaaatcattta 2
Score = 89.7 bits (45), Expect = 1e-18
Identities = 126/153 (82%)
Strand = Plus / Plus
Query: 99 tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagag 158
|||||| ||| |||| ||||||||||||| | || || ||||| |||| | || ||||
Sbjct: 100 tagtaatattattcacaaattttacatatatgtgttaaagtttataaaaccagataagag 159
Query: 159 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaat 218
||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||
Sbjct: 160 atatgacaattttataaataatgttaccatcactttgtcgtatgaagaaataaccacaat 219
Query: 219 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
||||||| |||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct: 220 aaaagttttagatcttgaagagttattcaactt 252
Score = 52.0 bits (26), Expect = 2e-07
Identities = 50/58 (86%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatct 58
|||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||
Sbjct: 2 taaatgatttcaattgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataacttatcaagatct 59
