miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: BLAST


BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
>54520_sbi-miR821a:pmrd
          Length = 285

 Score =  440 bits (222), Expect = e-124
 Identities = 264/285 (92%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 1   taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1   taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60

                                                                       
Query: 61  aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
           ||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61  aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120

                                                                       
Query: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180

                                                                       
Query: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240

                                                        
Query: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285



 Score =  208 bits (105), Expect = 2e-54
 Identities = 174/197 (88%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 89  gacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaac 148
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||
Sbjct: 197 gacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaac 138

                                                                       
Query: 149 tatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaa 208
           ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||
Sbjct: 137 tatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaaa 78

                                                                       
Query: 209 taaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataacttta 268
           | || ||||||||| ||| |||||||||  |||| |||||||| ||| || || ||||| 
Sbjct: 77  tgactaaaataaaaattggagatcttgaccagttttacaacttttatgttgatgactttt 18

                            
Query: 269 tcaactaaaatcattta 285
           | | || ||||||||||
Sbjct: 17  ttagctgaaatcattta 1




>54522_sbi-miR821c:pmrd
          Length = 285

 Score =  369 bits (186), Expect = e-103
 Identities = 255/285 (89%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 1   taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatctcc 60
           |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
Sbjct: 1   taaatgattttagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtagaactggtcaagatctct 60

                                                                       
Query: 61  aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattt 120
           ||                     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct: 61  aatttttattttagtcattttttcatatgacaaagtaatagtaacattggtcataaattt 120

                                                                       
Query: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaat 180

                                                                       
Query: 181 gttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgag 240
           ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 gttactattactttgccggatgaataaatgaccagaataaaagttgtagatcttgatgag 240

                                                        
Query: 241 ttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaatcattta 285
           ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct: 241 ttgtacaacttgtatattcatgactttatcacctaaaatcattta 285



 Score =  196 bits (99), Expect = 7e-51
 Identities = 171/195 (87%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 91  caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaacta 150
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||
Sbjct: 195 caaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttatgaaacta 136

                                                                       
Query: 151 tatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaata 210
           ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||| 
Sbjct: 135 tatcagagatatgtaaaatttatgaccaatgttactattactttgtcatatgaaaaaatg 76

                                                                       
Query: 211 accaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataactttatc 270
           || ||||||||| ||  |||||||||  |||| |||||||| ||| || || ||||| | 
Sbjct: 75  actaaaataaaaattagagatcttgaccagttctacaacttttatgttgatgactttttt 16

                          
Query: 271 aactaaaatcattta 285
           | |||||||||||||
Sbjct: 15  agctaaaatcattta 1




>54524_sbi-miR821e:pmrd
          Length = 269

 Score =  337 bits (170), Expect = 3e-93
 Identities = 194/202 (96%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 84  catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct: 68  catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttat 127

                                                                       
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 128 gaaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcagatga 187

                                                                       
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
           |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct: 188 ataaatgatcaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcatgg 247

                                 
Query: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
           ||||||||||||||||||||||
Sbjct: 248 ctttatcaactaaaatcattta 269



 Score =  222 bits (112), Expect = 1e-58
 Identities = 151/164 (92%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 88  tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaa 147
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 182 tgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctcatatagtttcataaa 123

                                                                       
Query: 148 ctatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataa 207
           |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||
Sbjct: 122 ctatatcagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcatatgaaaaa 63

                                                       
Query: 208 ataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
           || || ||||||||| | | |||||||||  |||| ||||||||
Sbjct: 62  atgactaaaataaaaatgggagatcttgactagttctacaactt 19




>54523_sbi-miR821d:pmrd
          Length = 264

 Score =  170 bits (86), Expect = 4e-43
 Identities = 149/170 (87%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 92  aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
           ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||| ||||||||||||||
Sbjct: 76  aaagtgatagcaacattgttcataaattttacaaatccctcgtatggtttcataaactat 135

                                                                       
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataa 211
           | |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||| 
Sbjct: 136 aagagagatatgtaaattttgtgaacaatattactatcactttctcggatgaacaaatac 195

                                                             
Query: 212 ccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcat 261
           | ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||| |||||
Sbjct: 196 ctaaaataaaagttgtatatattgatgagttctacaacttttatgttcat 245



 Score =  127 bits (64), Expect = 5e-30
 Identities = 136/160 (85%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 92  aaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactat 151
           ||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||   |||| ||
Sbjct: 178 aaagtgatagtaatattgttcacaaaatttacatatctctcttatagtttatgaaaccat 119

                                                                       
Query: 152 atgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataa 211
           | ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||| |||||| |
Sbjct: 118 acgagggatttgtaaaatttatgaacaatgttgctatcactttatcgaatggataaatga 59

                                                   
Query: 212 ccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
           |||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||
Sbjct: 58  ccaaaataaaagttttagatattaatgatttctacaactt 19




>54521_sbi-miR821b:pmrd
          Length = 273

 Score =  157 bits (79), Expect = 6e-39
 Identities = 160/186 (86%), Gaps = 2/186 (1%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 102 taacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgag--aga 159
           |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||| |||  |||
Sbjct: 186 taacattgttcataaattttacatctctctcatatggttttataaactataagagtgaga 127

                                                                       
Query: 160 tatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaata 219
           ||| |||| ||| |||||||||||||||| | ||  | ||||||| |||| |||||||||
Sbjct: 126 tatataaattttgtgaacaatgttactatcatttcattggatgaacaaatgaccaaaata 67

                                                                       
Query: 220 aaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataactttatcaactaaaat 279
           |||| |||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||||| ||| || ||||
Sbjct: 66  aaaggtgtagatcttaatcagttctacaacttttatgttcataactttttcatctgaaat 7

                 
Query: 280 cattta 285
           ||||||
Sbjct: 6   cattta 1



 Score =  121 bits (61), Expect = 3e-28
 Identities = 124/144 (86%), Gaps = 2/144 (1%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 98  atagtaacattgttcataaattttacatatctc--tgatatagtttcataaactatatga 155
           |||||||||||||||| ||| |||| |||||||  |  ||||||||   |||| ||||||
Sbjct: 98  atagtaacattgttcacaaaatttatatatctcactcttatagtttataaaaccatatga 157

                                                                       
Query: 156 gagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaa 215
           |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| |||| |||||
Sbjct: 158 gagagatgtaaaatttatgaacaatgttagtatcactctatcggatgaaaaaatgaccaa 217

                                   
Query: 216 aataaaagttgtagatcttgatga 239
           ||||| |||| |||||||||||||
Sbjct: 218 aataatagttatagatcttgatga 241



 Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-09
 Identities = 51/58 (87%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                    
Query: 1  taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatct 58
          ||||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||||||
Sbjct: 1  taaatgatttcagatgaaaaagttatgaacataaaagttgtagaactgattaagatct 58




>49089_osa-miR821a:pmrd
          Length = 274

 Score =  121 bits (61), Expect = 3e-28
 Identities = 130/153 (84%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 99  tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagag 158
           |||||| ||| |||| ||||||||||||| | || ||||||||   |||| | || ||||
Sbjct: 182 tagtaatattattcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagag 123

                                                                       
Query: 159 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaat 218
           |||||| || | | |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||
Sbjct: 122 atatgtcaattctgtgaacaatgttactatcactttgtcgtatgaagaaatgaccaaaat 63

                                            
Query: 219 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
           ||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 62  aaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 30



 Score =  103 bits (52), Expect = 7e-23
 Identities = 140/168 (83%), Gaps = 1/168 (0%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 84  catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
           |||| |||||||| |||||||||||||||| | | || |||||||||| || | |||| |
Sbjct: 79  catacgacaaagtgatagtaacattgttcacagaattgacatatctcttatctggtttta 138

                                                                       
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
           |||||||||  | | ||||||||||||| |||| ||| ||||||  | || ||| |||||
Sbjct: 139 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcagatga 198

                                                           
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
           | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct: 199 agaaataa-aaaaataaaagttatagatcttgatgagttattcaactt 245




>49091_osa-miR821c:pmrd
          Length = 266

 Score =  107 bits (54), Expect = 5e-24
 Identities = 120/142 (84%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 110 ttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagagatatgtaaaat 169
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Sbjct: 167 ttcacaaattttacatatatgtgttatagtttataaaaccagataagagttatgtcaatt 108

                                                                       
Query: 170 ttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaataaaagttgtag 229
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Sbjct: 107 ttgtgaataatgttactatcactttgtcgtatgaagaaataaccaaaataaaagttttag 48

                                 
Query: 230 atcttgatgagttgtacaactt 251
           || |||||||||| | ||||||
Sbjct: 47  atgttgatgagttattcaactt 26



 Score = 95.6 bits (48), Expect = 2e-20
 Identities = 139/168 (82%), Gaps = 1/168 (0%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 84  catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
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Sbjct: 75  catacgacaaagtgatagtaacattattcacaaaattgacataactcttatctggtttta 134

                                                                       
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 135 taaactataacacatatatgtaaaatttgtgaataatttt-ctaacattttgtcagatga 193

                                                           
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
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Sbjct: 194 agaaacaacaaaaataaaagttttagatcttgatgagttattcaactt 241



 Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.001
 Identities = 23/24 (95%)
 Strand = Plus / Plus

                                  
Query: 17 aaaaagtcatcaacataaaagttg 40
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Sbjct: 8  aaaaagtcatcaacaaaaaagttg 31




>49090_osa-miR821b:pmrd
          Length = 287

 Score = 99.6 bits (50), Expect = 1e-21
 Identities = 164/202 (81%)
 Strand = Plus / Minus

                                                                       
Query: 84  catatgacaaagtaatagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttca 143
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Sbjct: 203 catacgacaaagtgatggtaacattatttataaaattgtcatatctcttatctggtttta 144

                                                                       
Query: 144 taaactatatgagagatatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatga 203
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Sbjct: 143 taaactttaacacatatatgtaaaatttgtgaataatattactaacatttcgtcggatga 84

                                                                       
Query: 204 ataaataaccaaaataaaagttgtagatcttgatgagttgtacaacttgtatattcataa 263
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Sbjct: 83  agaaataacaaaaataaaagttttagatcttgataagttattcaacttttttgttgatga 24

                                 
Query: 264 ctttatcaactaaaatcattta 285
           |||| |||| | ||||||||||
Sbjct: 23  ctttttcaattgaaatcattta 2



 Score = 89.7 bits (45), Expect = 1e-18
 Identities = 126/153 (82%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 99  tagtaacattgttcataaattttacatatctctgatatagtttcataaactatatgagag 158
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Sbjct: 100 tagtaatattattcacaaattttacatatatgtgttaaagtttataaaaccagataagag 159

                                                                       
Query: 159 atatgtaaaatttatgaacaatgttactattactttgtcggatgaataaataaccaaaat 218
           |||||  || ||||| || |||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||
Sbjct: 160 atatgacaattttataaataatgttaccatcactttgtcgtatgaagaaataaccacaat 219

                                            
Query: 219 aaaagttgtagatcttgatgagttgtacaactt 251
           ||||||| |||||||||| ||||| | ||||||
Sbjct: 220 aaaagttttagatcttgaagagttattcaactt 252



 Score = 52.0 bits (26), Expect = 2e-07
 Identities = 50/58 (86%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                    
Query: 1  taaatgatttcagctaaaaaagtcatcaacataaaagttgtaaaactggtcaagatct 58
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Sbjct: 2  taaatgatttcaattgaaaaagtcatcaacaaaaaagttgaataacttatcaagatct 59