miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: deep sequencing predictions



Please select library, species and/or miRNA sequence.


selected mature miRNA sequence: AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG

selected species: Caenorhabditis elegans



8 records found  

#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
1 Caenorhabditis elegans GSM427344-5691 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	51
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	26
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	2
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACC 	2
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACCC 	2


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
2 Caenorhabditis elegans GSM427332-5684 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	417
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	132
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	11
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGG 	2
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACCC 	9
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACC 	8


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
3 Caenorhabditis elegans GSM378784 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	227
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	23
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	1


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
4 Caenorhabditis elegans GSM427346-5695 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	259
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	90
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	6
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGG 	3
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACCC 	7
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACC 	4
-----------------------------------------------------------CGGCTACCTTCACTGCCACCC 	2


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
5 Caenorhabditis elegans GSM427345-5693 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	34
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	13
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	3


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
6 Caenorhabditis elegans GSM297751-9445 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	540
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	5952
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	1911
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGG 	58
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGC 	2
----------------------GGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	1
-----------------------GCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	1
-----------------------GCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	2
------------------------CAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	5
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCA 	1
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCAC 	1
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACCC 	80
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACC 	77
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACCCC 	1
-----------------------------------------------------------CGGCTACCTTCACTGCCACCC 	1
-----------------------------------------------------------CGGCTACCTTCACTGCCACC 	2


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
7 Caenorhabditis elegans GSM297752-9446 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
--------------------GAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	1
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGT 	422
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	3972
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	1538
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGC 	3
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGG 	45
------------------------CAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	7
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACCC 	80
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCAC 	1
----------------------------------------------------------ACGGCTACCTTCACTGCCACC 	43
-----------------------------------------------------------CGGCTACCTTCACTGCCACCC 	2


HuntMi prediction: true miRNA



#specieslibrarymiRNAmiRNA*armmismatchesbulges
8 Caenorhabditis elegans GSM427301-5681 AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG ACGGCTACCTTCACTGCCACC up 2 3


Secondary structure

TTATAACGGACAATGCTCGAGAGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGCATATTTCCTTGACAACGGCTACCTTCACTGCCACCCCGAACATGTCGTCCATC
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTG 	5
---------------------AGGCAGTGTGGTTAGCTGGTT 	2


HuntMi prediction: true miRNA